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【NBDCヒトデータベース】(独)国立病院機構 名古屋医療センター 臨床研究センター 感染・免疫研究部 からの制限公開データ(Type I)を公開しました(hum0101)

研究題目:EBウイルス関連リンパ腫を発症した原発性免疫不全症候群の原因遺伝子探索に関する研究
からの制限公開データを公開しました。 研究内容はこちら

当該データの利用には、データ利用申請が必要です。申請の際には、NBDCヒトデータ共有ガイドラインおよびNBDCヒトデータ取扱いセキュリティガイドラインを熟読してください。

【NBDCヒトデータベース】横浜市立大学大学院医学研究科・泌尿器科学 からの制限公開データ(Type I)を公開しました(hum0070)

研究題目:バート・ホッグ・デュベ症候群の分子病態解明と新規の診断マーカーおよび治療標的分子の探索研究
からの制限公開データを公開しました。 研究内容はこちら

当該データの利用には、データ利用申請が必要です。申請の際には、NBDCヒトデータ共有ガイドラインおよびNBDCヒトデータ取扱いセキュリティガイドラインを熟読してください。

【イベント】ワークショップ「International Proteogenome Workshop 2018」5月19日(京都市)

2018年5月19日(土)、京都大学 藤多記念ホールにて「International Proteogenome Workshop in Kyoto」が開催されます。

本ワークショップでは、jPOSTも加盟する国際コンソーシアムProteomeXchangeのメンバーおよび国際的な大規模データ生産プロジェクトInternational Cancer Proteogenome Consortium メンバーを迎え、アジア・オセアニア地域におけるがんプロテオゲノミクス研究の現状や、プロテオゲノミクス分野におけるバイオインフォマティクスの現状を議論します。
本ワークショップは日本質量分析学会・日本プロテオーム学会2018年合同大会のサテライトイベントとして開催されます。

日 程:2018年5月19日(土)
場 所:京都大学 藤多記念ホール(京都市)
参加費:無料(要登録)

詳細・申し込み:http://seizai.pharm.kyoto-u.ac.jp/ipgw2018/

プログラム概要(予定):
 9:50-10:00 Opening
10:00-12:30 Current status of Cancer Proteogenomics in Asia Oceania regions
14:00-16:00 Current status of Bioinformatics for Proteogenomics
16:00-17:00 Discussion

主催:日本質量分析学会・日本プロテオーム学会 2018年合同大会(MSP2018)
共催:京都大学(SPIRITS)、国立研究開発法人科学技術振興機構バイオサイエンスデータベースセンター、EMBL-EBI、日本プロテオーム学会


関連する研究開発課題
統合化推進プログラム
「プロテオームデータベースの機能深化と連携基盤強化」
石濱 泰(京都大学 大学院薬学研究科 教授)

【横断検索】「生命科学データベース横断検索」から2件のDBが追加で検索できるようになりました。

「生命科学データベース横断検索」から2件のDBが追加で検索できるようになりました。
  • 「Mouse Basement Membrane Bodymap[アーカイブデータ]」:発生中のマウス胚における基底膜タンパク質の局在性を示す画像のデータベースです。数百枚のギガピクセル単位の高解像度バーチャルスライドを収録しています。これらの画像では、マウス全身の矢状断切片及び前頭断切片を免疫組織化学的に染色し、隣接する切片をヘマトキシリン/エオシンで染色しています。さまざまな基底膜蛋白質の発現・局在を同一プラットフォームで染色してあり、臓器ごとに基底膜組成の比較が可能です。染色像は拡大・移動が自由にできるので、ユーザの興味のある部位での発現パターンが容易に観察できます。また、隣接切片のヘマトキシリン/エオシン染色像と連動させることができ、臓器の細胞形態を参照しながら観察可能です。
  • 「核酸医薬品データベース[アーカイブデータ]」:バイオ医薬品として知られる核酸医薬品に着眼し、承認薬や臨床試験における第I相試験(フェーズ I)から第III相試験(フェーズ III)の3段階の治験段階の情報を表示し、データベースとしてまとめた。核酸医薬品に関する臨床情報を製薬会社や臨床情報サイト(https://clinicaltrials.gov/, https://www.clinicaltrialsregister.eu/)より取得し、今後の実用化が検討されている核酸医薬品の情報提供(ターゲット疾患や関連タンパク質情報など)を行っている。

【生命科学系データベースアーカイブ】「HHDB」 (国立研究開発法人 量子科学技術研究開発機構)を更新しました。

「HHDB」は中性子回折法や高分解能X線回折法による生体高分子の立体構造中の、水素や水和水、水素結合のデータベースです。 今回の更新では、「分子情報」および「水素結合情報」 についてデータ更新を行いました。

HHDB アーカイブ

生命科学系データベースアーカイブ

【NBDCヒトデータベース】制限公開データ58件および非制限公開データ58件が追加されました(hum0014.v8)

162,255名の58臨床検査値のゲノムワイド関連解析データ(hum0014.v8.58qt.v1)、および162,255名の58臨床検査値のPhenotypeデータ(JGAD00000000144~JGAD00000000201)をhum0014(研究題目:オーダーメイド医療の実現プログラム)に追加しました。研究内容はこちら

当該データの利用の際には、NBDCヒトデータ共有ガイドラインおよびNBDCヒトデータ取扱いセキュリティガイドラインを熟読してください。
制限公開データの利用には、データ利用申請が必要です。

【NBDCヒトデータベース】神戸大学大学院 医学研究科 内科系講座 小児科学分野 からの非制限公開データを公開しました(hum0126)

研究題目:小児ネフローゼ症候群の疾患感受性遺伝子及び薬剤感受性遺伝子同定研究
からの非制限公開データを公開しました。 研究内容はこちら

当該データ利用の際には、NBDCヒトデータ共有ガイドラインおよびNBDCヒトデータ取扱いセキュリティガイドラインを熟読してください。

データベース等の利用状況(アクセス情報)を更新しました。

NBDC、もしくはNBDCが支援する研究開発課題が提供するサービスについて、 2018年3月期までの利用状況(アクセス情報)を公開しました。

2018年度「統合データベース講習会:AJACS」受入れ機関が決定しました。

2018年度の統合データベース講習会:AJACSの受入れ機関(5機関)が決定しました。2018年度は本機構(JST)での2回の開催も含め、以下スケジュールで実施します。

  • 新潟大学 (2018年6月26日、27日予定)
  • 物質・材料研究機構 (2018年7月10日予定)
  • 科学技術振興機構 (2018年8月29日予定)
  • 札幌医科大学 (2018年11月9日予定)
  • 愛知県がんセンター研究所 (2018年12月5日予定)
  • 協和発酵キリン株式会社 (2018年12月14日予定)
  • 科学技術振興機構 (2019年1月28日予定)

受入れ機関募集の選考結果については、こちらをご覧ください。

 

【記事】FAIR原則に関するNBDC研究員の解説記事「データ共有の基準としてのFAIR原則」を公開しました。

「データ共有の基準としてのFAIR原則」を公開しました。

データ共有の分野で世界的に話題となっている「FAIR原則(FAIR Data Principles)」について、「どのような成り立ちでできた原則なのか?」「日本語ではどのような訳となるのか?」をNBDC研究員が解説する記事です。
オープンデータや研究データ公開にご興味がある方の、理解を深めるための資料としてご活用下さい。