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【NBDCヒトデータベース】岩手医科大学 災害復興事業本部 からの非制限公開データを公開しました(hum0056)

研究題目:ヒト全ゲノム解析に基づく高精度の住民ゲノム参照パネルと3層オミックスパネルの作成
からの非制限公開データを公開しました。 研究内容はこちら

当該データ利用の際には、NBDCヒトデータ共有ガイドラインおよびNBDCヒトデータ取扱いセキュリティガイドラインを熟読してください。

【統合化推進プログラム】jPOST databaseが公開されました

2018年3月26日、京都大学 大学院薬学研究科の石濱 泰教授らのグループは、「統合化推進プログラム」における研究開発課題「プロテオーム統合データベースの構築」の研究開発の一環として、新たにjPOST databaseを公開しました。

jPOST database
http://globe.jpostdb.org/

jPOST databaseは、国内外の研究者がそれぞれ測定し、リポジトリに登録したプロテオーム・データを、統一した基準を用いて再解析したデータベースです。
jPOSTrepoなどProteomeXchangeコンソーシアムに加盟するリポジトリに登録されたデータを利用しています。

jPOST databaseには、以下のような特徴があります。
・生物種、細胞株などによるデータセットの絞り込みおよび絞り込み条件の保存
・同定されたペプチド、タンパク質翻訳後修飾等の閲覧
・絞り込んだデータセット(「スライス」と呼びます)同士の比較
・「スライス」の基本的な統計解析と可視化

jPOSTdatabase_flow

【参考】
○jPOSTrepo
https://repository.jpostdb.org/
プロテオームの質量分析や二次元電気泳動などによる測定データのリポジトリ。ProteomeXchange (PX) Consortiumに加盟しており、登録データに対し、論文投稿する際に必要となるPX IDが発行される。

○ProteomeXchange Consortium
http://www.proteomexchange.org/
世界中の質量分析プロテオミクスデータのデータ提出と普及を標準化することを目的とした国際コンソーシアム。2011年発足。欧米日中からPRIDE、PeptideAtlas、MassIVE、jPOSTおよびiProXが加盟している。

○研究開発課題の概要
研究開発課題名:プロテオーム統合データベースの構築
研究代表者:  石濱 泰(京都大学 大学院薬学研究科)
研究開発期間:2015年4月~2018年3月

【生命科学系データベースアーカイブ】「核酸医薬品データベース」 (産業技術総合研究所 福井一彦研究チーム長)を追加しました。

「核酸医薬品データベース」は、核酸医薬品について承認薬や、臨床試験における治験段階の情報をまとめたデータベースです。

核酸医薬品データベース アーカイブ

生命科学系データベースアーカイブ

【横断検索】「生命科学データベース横断検索」から8件のDBが追加で検索できるようになりました。

「生命科学データベース横断検索」から8件のDBが追加で検索できるようになりました。
  • 「GPIアンカー型タンパク質候補遺伝子データベース」:ヒト、ウシ、マウスのゲノムから新規GPIアンカー型タンパク質の遺伝子を予測した結果のデータベースです。N末端、C末端からの30残基以内の平均疎水性値、C末端から30残基以内で最も平均疎水性値が高くなる残基位置、PSSMに基づく識別スコアの一覧がダウンロードできます。
  • 「e-フォラム・ストック」:浮遊性有孔虫電子標本のデータベースです。東北大学総合学術博物館が所有する浮遊性有孔虫の電子標本について実標本(r-specimen)の詳細な情報と3次元コンピュータ・グラフィックスでの標本観察が利用できます。種、学名によるブラウズが可能です。なお仮想標本の観察には 3次元ビューワ 「Molcer」のダウンロードが必要です。
  • 「担子菌類遺伝子資源データベース」:京都大学生存圏研究所が保有する木材腐朽性担子菌類の乾燥子実体標本および生体菌株のデータベースです。乾燥子実体標本については標本情報と書誌情報を、生体菌株については遺伝子情報に関するデータを収録しています。学名や和名による検索、一覧が利用できます。
  • 「ZFIN:The Zebrafish Model Organism Database」:実験情報から研究コミュニティーの情報まで、ゼブラフィッシュに関するすべての知識と情報を入手することができます。研究リソースの配布も行っています。
  • 「FlyBase: A Database of Drosophila Genes & Genomes」:ショウジョウバエの遺伝情報のデーターベースです。BLASTやGenomeBrowser、分類情報検索やショウジョウバエの成長過程を記録、描画した画像データも含まれています。
  • 「jPOSTリポジトリメタデータ」:jPOST(Japan ProteOme STandard Repository/Database)は、ユーザによる質量分析の生データ、ピークリスト、解析データを登録するためのリポジトリです。ProtemoeXchange (PX) Consortiumに加盟しており、登録ユーザが論文投稿する際に必要となるPX IDを発行することもできます。本アーカイブでは、そのメタデータを収録しています。
  • 「YAKUZEN」:食材が持つ効能 (性味,帰経など) と薬膳レシピのデータベースです。KNApSAcK Familyの1つです。
  • 「JASPAR」:JASPAR COREデータベースは、実験で明らかにされ文献で報告された真核生物の転写結合サイトのデータをキュレートし、冗長を省いた転写結合プロファイルを収容しています。TRANSFAC等の同様のデータベースとの違いは、オープンアクセス、非冗長性、質の点で異なります。

「DBKERO」「GlyTouCan」に関する利用者アンケートご協力のお願い

DBKERO、GlyTouCanの利用者アンケートを開始しました。
DBKERO、GlyTouCanは、NBDCが「統合化推進プログラム」の一環として開発を推進する研究用データベースです。
DBKERO、GlyTouCanについて便利に感じる点、不便に感じる点について、ぜひ率直なご意見をお寄せください。

【DBKERO用フォーム】
https://research.nttcoms.com/r/1803as16QT/1/dbkero/

【GlyTouCan用フォーム】
https://research.nttcoms.com/r/1803as16NT.html


本アンケートは、株式会社NTTデータ経営研究所に委託して実施します。
本アンケートにより頂戴した一切の情報は、株式会社NTTデータ経営研究所が厳重に管理を行い、本調査の統計データとしてのみ使用し、団体名や個人名が特定できるような公表は行いません。また、利用目的を超えて使用いたしません。

【本件に関する問い合わせ先】
株式会社NTTデータ経営研究所
ライフ・バリュー・クリエイションユニット
〒102-0093 東京都千代田区平河町2-7-9 JA共済ビル10階
TEL:03-5213-4069
FAX:03-3221-7022
E-Mail: このメールアドレスはスパムボットから保護されています。閲覧するにはJavaScriptを有効にする必要があります。


【参考】
DBKERO:http://kero.hgc.jp/
ヒトゲノム多型・変異に生物学的機能注釈を与えるべく、ゲノム変異位置、近傍のエピゲノム(ヒストン修飾、DNAメチル化パターン)、トランスクリプトーム情報(発現量、スプライスパターン)をヒトゲノム情報に統合したものです。
DBTSSの兄弟サイトであり、KEROでは特に、培養細胞系あるいは生物種を超えてマウスをはじめとする動物モデル系から得られたオミクスデータに焦点を当てています。
統合化推進プログラムの研究開発課題「疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オーミクスデータの統合」の一環として開発されています。
DBTSS/DBKERO for integrated analysis of transcriptional regulation, Nucleic Acids Research (2017)
http://doi.org/10.1093/nar/gkx1001

GlyTouCan : https://glytoucan.org/
糖鎖構造データを収録した国際糖鎖構造リポジトリです。単糖類組成からグリコシド結合形状などの明確な構造まで、構造に不一致がない限り世界的にユニークなアクセッション番号を付けて登録することができます。キーワード、モチーフ、糖鎖構造画像からの検索、モチーフや糖鎖のリストからのブラウズが可能です。
統合化推進プログラムの研究開発課題「糖鎖科学ポータルの構築」の一環として開発されています。
GlyTouCan: an accessible glycan structure repository,Glycobiology(2017)
https://doi.org/10.1093/glycob/cwx066

統合化推進プログラム:https://biosciencedbc.jp/tec-dev-prog/funding-program
統合化推進プログラムは、研究データの統合的な活用を図るため、わが国の生命科学研究等によって産出された研究データを広く収集するデータベースを対象とし、より多くの多様な研究者にとってより価値のあるものへと発展させる研究開発を推進します。具体的には、研究データの収集・標準化・品質管理・公開・共有・安定運用に関する体制の構築や、他に開発されているデータベースとの連携・統合化とそれに必要な技術開発、研究効率化のためのインターフェース設計・開発、ツール開発などを含みます。これらの研究開発の実施に当たっては、データ提供者、データ利用者(学協会をはじめとした研究者コミュニティ、食品業界、製薬業界などの産業コミュニティなどを含む)との緊密な連携・協業を必須とします。

「生命科学系データベースアーカイブ」に関する寄稿文がResearch Dataに掲載されました。

NBDC八塚茂研究員による「生命科学系データベースアーカイブ」に関する寄稿文「What is involved in archiving life science datasets?」がSpringer Nature誌のコミュティサイトであるResearch Dataに掲載されました。

RDFデータベース提供者と利用者の間の情報共有を促進するサービス「YummyData」に関する論文が公開されました

ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)の山本泰智特任准教授と山口敦子特任准教授らによる論文「YummyData: providing high-quality open life science data」がDatabase誌に掲載されました。論文はオープンアクセスで、下記URLからご覧いただけます。
https://academic.oup.com/database/article/doi/10.1093/database/bay022/4925801

Yasunori Yamamoto, Atsuko Yamaguchi, Andrea Splendiani
YummyData: providing high-quality open life science data
Database, Volume 2018, 1 January 2018, bay022
https://doi.org/10.1093/database/bay022

詳細についてはDBCLSウェブサイトをご覧ください。

※本ツールはライフサイエンスデータベース推進事業の一環として、NBDCと DBCLS の共同研究により開発されたものです。

共同研究課題の概要
 課題名    統合データベースにおける基盤技術開発とデータベース運用に係る共同研究
 研究代表者  小原 雄治
 所属・役職  大学共同利用機関法人情報・システム研究機構データサイエンス共同利用基盤施設
        ライフサイエンス統合データベースセンター・センター長

データベース等の利用状況(アクセス情報)を更新しました。

NBDC、もしくはNBDCが支援する研究開発課題が提供するサービスについて、 2017年12月期までの利用状況(アクセス情報)を公開しました。

【生命科学系データベースアーカイブ】「YAKUZEN」 (奈良先端科学技術大学院大学 金谷重彦教授)を追加しました。

「YAKUZEN」はKNApSAcK Familyの1つで、食材が持つ効能 (性味,帰経など) と薬膳レシピのデータベースです。

YAKUZEN アーカイブ

生命科学系データベースアーカイブ

【NBDCヒトデータベース】理化学研究所 統合生命医科学研究センター からの制限公開データ(Type I)を公開しました(hum0103)

研究題目:シークエンス解析によるがんゲノム研究:胆道がん
からの制限公開データを公開しました。 研究内容はこちら

当該データの利用には、データ利用申請が必要です。申請の際には、NBDCヒトデータ共有ガイドラインおよびNBDCヒトデータ取扱いセキュリティガイドラインを熟読してください。