サービス

NBDCは、共同研究開発や委託研究開発を通じ、Webサービスを開発・運用あるいは支援しています。
成果発表の際、利用されたサービスの名称・URLの記載や関連論文の引用をお願いいたします。
サービスの維持・改善のため、あなたの声が必要です。活用に関する情報提供フォームにて利用例をお寄せください。

1. データベース利用者向け

カテゴリー 用途・サービス名称 サービス 概要

データベース統合

生命科学のデータベースや特許・文献情報を全文検索

生命科学データベース横断検索

国内の生命科学のデータを検索してダウンロード

生命科学系データベース アーカイブ

生命科学のデータベース情報を検索

Integbioデータベースカタログ

国内外のRDFデータのメタデータや関係を閲覧

NBDC RDFポータル

国内外の主要データベースを検索・取得・形式変換・RDF化

TogoWS

表形式の独自データベースを検索・再利用

TogoDB

教材・資料

3D人体解剖図を検索

BodyParts3D

生命科学分野の論文の日本語解説を検索

ライフサイエンス新着論文レビュー

生命科学分野のレビューを検索

ライフサイエンス領域融合レビュー

データベースの動画マニュアルを検索

統合TV

生命科学分野イラストを検索

統合TV TogoPic

バイオインフォマティクス講習資料を検索

統合TV AJACS

バイオインフォマティクスの質問と回答を検索

ライフサイエンスQA

ヒト

ヒト試料の解析データ全般を再利用

NBDCヒトデータベース

日本人ヒトゲノムのバリアントを検索

TogoVar

ヒト遺伝子アノテーションをキーワードで検索

HOWDY-R

遺伝子発現情報、転写開始点情報の検索(ヒト・マウス)

DBKERO

ゲノム

ゲノム・生物種・表現型・環境の情報を検索(全ゲノム)

TogoGenome

ゲノムを配列で高速に検索(モデル生物)

GGGenome

ゲノム編集のガイドRNAを設計

CRISPRdirect

植物ゲノムの多型と表現型情報の検索(植物)

Plant GARDEN

メタゲノム

メタゲノム・微生物ゲノムを検索(微生物)

MicrobeDB.jp

エピゲノム

ChIP-seqデータの検索・閲覧・解析

ChIP-Atlas

遺伝子

遺伝子を配列やキーワードで検索

GGRNA

疾患関連遺伝子をエンリッチメント解析

Gendoo

遺伝子発現

正常組織・細胞の遺伝子発現情報を検索

RefEx

遺伝子発現の実験データセットを検索

AOE

NGS

NGSの生データを検索

DBCLS SRA

タンパク質

タンパク質とファミリーの情報を検索

TogoProt

蛋白質立体構造を検索

PDBj

プロテオーム

プロテオーム実験データを検索

jPOSTdb

グライコーム

糖鎖関連情報の検索

GlyCosmos Portal

メタボローム

メタボローム解析のためのデータベースやツールを利用

KOMICS

医薬品

医薬品や医薬品成分情報の検索

KEGG MEDICUS

疾患

症状から関連する希少・難治性疾患の候補を検索

PubCaseFinder

自然言語処理

論文に使われる英文表現を検索

inMeXes

論文に使われる略語を検索

Allie

論文の引用関係とコンテクストを検索

Colil

SPARQL検索

SPARQLの検索結果を表データにGUIでインタラクティブに追加

TogoTable

SPARQLエンドポイントを自然言語で検索

LODQA

2. アプリケーション開発者向け(API)

カテゴリー 用途・サービス名称 サービス 概要

データベース統合

生命科学のデータベース情報を取得

Integbioデータベースカタログ

国内外のRDFデータをSPARQLで検索

NBDC RDFポータル

国内外のデータベースをREST APIで検索・取得・形式変換・RDF化

TogoWS

表形式の独自データベースをSPARQL検索

TogoDB

ヒト

日本人ヒトゲノムのバリアントをSPARQLで検索

TogoVar

遺伝子発現情報、転写開始点情報をSPARQLで検索(ヒト・マウス)

DBKERO

ゲノム

ゲノム・生物種・表現型・環境の情報をウェブアプリで再利用

TogoGenome

REST APIでゲノムを配列で高速に検索

GGGenome

遺伝子

REST APIで遺伝子を配列やキーワードで検索

GGRNA

疾患関連遺伝子をREST API でエンリッチメント解析

Gendoo

遺伝子発現

遺伝子発現の実験データセットをREST APIで検索

AOE

NGS

NGSの生データをREST APIで検索

DBCLS SRA

タンパク質

蛋白質立体構造をSPARQLで検索

PDBj

プロテオーム

プロテオーム実験データをSPARQLで検索

jPOSTdb

グライコーム

糖鎖関連情報のSPARQLで検索

GlyCosmos Portal

疾患

希少・難治性疾患の関連情報をSPARQLで検索

PubCaseFinder

自然言語処理

論文などのテキストのアノテーションを検索

PubAnnotation / TextAE

テキストマイニングに用いる辞書を検索

PubDictionaries

論文に使われる英文表現をREST APIで検索

inMeXes

論文に使われる略語をSPARQLで検索

Allie RDF Data Portal

論文の引用関係とコンテクストをSPARQLで検索

Colil RDF Data Portal

ライフサイエンス辞書をSPARQLで検索

LSD RDF Data Portal

RDF 作成

RDBデータベースをGUIで設定してRDF化

D2RQ Mapper

JSONデータをJSON-LDに変換してRDF化

JSON2LD Mapper

RDFデータを空白ノードを破綻させずに複数のファイルに分割

split4blank

データベースをRDF化する際の指針

RDF化ガイドライン

SPARQL検索

国内外のSPARQLエンドポイントの評価を閲覧

Umaka-Yummy Data

RDFデータの構造を可視化

Umaka Viewer

SPARQLの検索結果を可視化し任意のウェブページで再利用

TogoStanza

SPARQLの検索結果をJavaScriptでカスタマイズして可視化

d3sparql.js

複雑なSPARQLクエリをREST APIとして公開・再利用

SPARQList

複雑なSPARQLクエリをコマンドラインで実行

SPANG

SPARQLエンドポイントをGUIでインタラクティブに探索

Endpoint browser

SPARQLエンドポイントをGUIでクラス関係から検索

SPARQL Builder

SPARQLエンドポイントをSPARQL入力支援で検索

SPARQL support

SPARQLエンドポイントをGraphQLで検索

Grasp

SPARQLエンドポイントを効率化して安全に公開

SPARQL-proxy

RDFのデータモデルを定義してSPARQLクエリや可視化を自動生成

RDF config

3. 大規模解析者向け(一括ダウンロード)

カテゴリー 用途・サービス名称 サービス 概要

データベース統合

生命科学のデータベースをダウンロード

生命科学系データベース アーカイブ

表形式の独自データベースをダウンロード

TogoDB

国内外のRDFデータをRDFでダウンロード

NBDC RDFポータル

教材・資料

3D人体解剖図をダウンロード

BodyParts3D

生命科学分野の論文の日本語解説をダウンロード

ライフサイエンス新着論文レビュー

生命科学分野のレビューをダウンロード

ライフサイエンス領域融合レビュー

ヒト

日本人ヒトゲノムのバリアントをダウンロード

TogoVar

遺伝子発現情報、転写開始点情報をダウンロード(ヒト・マウス)

DBKERO

ゲノム

ゲノム・生物種・表現型・環境の情報をREST APIやSPARQLで検索

TogoGenome

エピゲノム

ChIP-seqデータのピークデータをダウンロード

ChIP-Atlas

遺伝子発現

正常組織・細胞の遺伝子発現情報をダウンロード

RefEx

タンパク質

蛋白質立体構造をダウンロード

PDBj

プロテオーム

プロテオーム実験データをダウンロード

jPOSTrepo

4. データ所有者向け(公開・変換)

カテゴリー 用途・サービス名称 サービス 概要

データベース統合

保有しているデータベースを寄託

生命科学系データベース アーカイブ

国内外のRDFデータをRDFで登録

NBDC RDFポータル

表形式の独自データをデータベース化・RDF化

TogoDB

教材・資料

動画マニュアルの寄託

統合TV

生命科学分野イラストの寄託

統合TV TogoPic

ヒト

ヒト試料の解析データ全般をデポジット

NBDCヒトデータベース

プロテオーム

プロテオーム実験データを登録

jPOSTrepo

グライコーム

糖鎖関連情報の登録

GlyCosmos Portal

自然言語処理

論文などのテキストのアノテーションを登録

PubAnnotation / TextAE

テキストマイニングに用いる辞書を登録

PubDictionaries

お問い合わせ・ご意見

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