研究開発の成果(サービス)

NBDCは関連機関との研究開発や協議・検討を通じて得られた成果を、下記のWebサービスへいち早く実装し、データベース統合を推進しています。

Integbioデータベースカタログ

基本情報

画面キャプチャ

https://integbio.jp/dbcatalog/?lang=ja

概要

Integbioデータベースカタログは、国内外の生命科学系データベースの情報を収集し、公開しています。
データベースの公開・更新・閉鎖情報は研究論文で発表されない場合があるため、文献を探索するだけでは研究分野の動向を網羅することはできません。本サービスでは、2,300件(2019年4月時点)を超えるデータベースの概要情報(収録生物種、利用条件のURL、一括ダウンロードの可否やそのURLなど)を収録しており、俯瞰的・永続的に検索・閲覧できます。
なお、 2017年からは、英国FAIRsharingと連携し、データベース情報を交換して網羅性の向上に努めています。

外部発表等

使い方の紹介動画

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生命科学データベース横断検索

基本情報

画面キャプチャ

https://biosciencedbc.jp/dbsearch/?lang=ja

概要

生命科学データベース横断検索は、多種多様なデータベースを横断的に検索できるサービスです。ある遺伝子名・生物種名が、国内特許や世界中のどのデータベースでどのように言及されているかを、ひとまとめにして知ることができます。本サービスの検索対象データベースは600件以上(2019年4月現在)で、順次追加しています。
本サービスは生命科学専門ではありますが、生命科学といえども包含される研究分野は多岐に渡ります。また、検索対象のデータベースは、それぞれ運営の主体や所在が異なります。このため、本サービスでは、横断的な検索を実現するために、各データベースの運用機関との間で、検索用の索引データの相互共有や検索仕様の共通化などを行っています。また、閲覧者の意図に沿った検索結果を提供するため、バックエンド(ページ・ランク・スコア算出方法の改善や検索ログに基づく調整など)、フロントエンド(検索キーワードの例示、検索履歴保存機能の追加など)両面での改良を続けています。

本サービスの検索データベース情報は、下記サービスと共同で管理・運用しています。

外部発表等

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生命科学系データベース アーカイブ

基本情報

画面キャプチャ

https://dbarchive.biosciencedbc.jp/

概要

生命科学系データベース アーカイブは、国内外の研究者が産生した様々なデータセットを、データ産生者本人からの寄託に基づいて公開しています。人類の共有財産である研究データを長期的・安定的に保管し、広く再利用できるかたちで公開し続けます。
データセットは一括でダウンロードできるほか、ブラウザ上で簡易的に閲覧・検索することも可能です。
本サービスでは、研究データの保管・共有・公開のモデルケースを示すべく、次のような取り組みを行っています。

  1. データセットに対する統一形式での説明(メタデータ)を掲載
  2. クリエイティブコモンズを利用し、分かり易い利用許諾条件を表示
  3. データセットの寄託に際してNBDCスタッフが研究データを精査し、寄託者と相談のうえ第三者が理解しやすいような形式・表現となるようキュレーション
  4. データセットごとにDOIを付与

外部発表等

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NBDCヒトデータベース

基本情報

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https://humandbs.biosciencedbc.jp/

概要

NBDCヒトデータベースは、個人情報の保護に配慮しつつヒトに関する研究データの共有・利用を推進するためのプラットフォームです。
国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJセンターと協力して次のような活動を行っています。

  • ヒト由来データを研究する際の利用ガイドラインの策定。そのための国内外の法制度調査。
  • ヒト由来データの登録・公開
  • 制限公開データの登録・利用に当たっての倫理審査

外部発表等

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TogoVar

基本情報

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https://togovar.biosciencedbc.jp/

概要

TogoVar(日本人ゲノム多様性統合データベース)は、日本人ゲノム配列の個人による違い(バリアント)とそれに関係する疾患情報などを収集・整理したデータベースです。
本サービスは、研究プロジェクト横断的に集約した日本人におけるバリアントの頻度情報を提供します。利用可能な2つのデータセットであるJGA-NGSとJGA-SNPは、NBDCヒトデータベース/Japanese Genotype-phenotype Archive (JGA)に登録されている個人ごとのゲノムデータを集約して得られた頻度情報です。さらに、多種多様なデータベースに散在して収録されてきた遺伝子型や表現型に関連する情報を整理統合し、遺伝学研究者や遺伝カウンセラーがバリアントを解釈する際に必要な情報をワンストップでわかりやすく提供します。
本サービスは、NBDCとライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)との共同研究で開発しています。

外部発表等

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NBDCグループ共有データベース

基本情報

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https://gr-sharingdbs.biosciencedbc.jp/

概要

論文発表等に伴う研究データの公開に先駆けて、プロジェクト内やグループ内に限定してデータを共有するためのプラットフォームです。

外部発表等

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NBDC RDFポータル

基本情報

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https://integbio.jp/rdf/

概要

NBDC RDFポータルは、RDF形式の生命科学データベースを集積したポータルサイトです。
本サービスでは、国内の研究機関が作成する生命科学系のRDF形式データを総覧することができます。全てのデータセットについて制作者や利用許諾条件やデータセット間の関係を確認し、またSPARQL言語で検索することができます。
世界的にも類を見ない規模のRDFデータを扱うため、バックエンドシステムの検討や、掲載データセットを統合利用するために必要なデータセットの調査と実装を行っています。

外部発表等

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PURL.jp

基本情報

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https://purl.biosciencedbc.jp/

概要

PURL (Persistent Uniform Resource Locators) を作成、保持するサーバーです。
PURLは、オリジナルのWebリソースにリダイレクトする永久識別子として機能するWebアドレスです。例えば、論文原稿内でWeb上の情報をPURLで記述して引用しておけば、論文公開後に当該情報の掲載先のURLが変わったとしても、当該情報のPURL登録者がリダイレクト先を修正することで、論文内でリンク切れを起こすことなく、永続性が保証されます。

外部発表等

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HOWDY-R

基本情報

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https://howdy.biosciencedbc.jp/HOWDY-R/

概要

ヒトゲノム情報に関する公共データベースを相互に関連付け、それらを統合的に利用できるようにしたヒトゲノム情報統合データベースです。
キーワードで検索すると、キーワードを含む各データベースの項目が相互に関連づけられて表示されます。JST-ALIS (Advanced Lifescience Information System) プロジェクトに関する成果と、世界で公開されている主な公共データを相互に関連付けています。
ヒトゲノム情報の統合データベース HOWDY(http://howdy.biosciencedbc.jp/)の後継サイトです。

外部発表等

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TogoProt

基本情報

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https://togoprot.biosciencedbc.jp/R/

概要

蛋白質関連データベース統合検索システムです。
キーワード検索によりまずメニューに蛋白質のファミリー名のリストが表示されます。メニューから目的の蛋白質またはファミリーを選ぶとその蛋白質(ファミリー)のデータとリンクが表示され、目的のデータベースのエントリーにたどり着くことができます。

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