研究開発の成果(サービス)

本事業の一環としてNBDCが開発・提供するウェブサービスをご紹介します。

Integbioデータベースカタログ

基本情報

画面キャプチャ

https://integbio.jp/dbcatalog/?lang=ja

概要

Integbioデータベースカタログは、国内外の生命科学系データベースの情報を収集し、公開しています。
データベースの公開・更新・閉鎖情報は研究論文で発表されない場合があるため、文献を探索するだけでは研究分野の動向を網羅することはできません。本サービスでは、2,541件(2022年7月時点)を超えるデータベースの概要情報(URL、収録生物種、一括ダウンロードの可否やそのURLなど)を収録しており、俯瞰的・永続的に検索・閲覧できます。
なお、 2017年からは、英国FAIRsharing.orgと連携し、データベース情報を交換して網羅性の向上に努めています。

外部発表等

使い方の紹介動画

生命科学データベース横断検索

基本情報

画面キャプチャ

https://dbsearch.biosciencedbc.jp/?lang=ja

概要

生命科学データベース横断検索は、多種多様なデータベースを横断的に検索できるサービスです。ある遺伝子名・生物種名が、国内特許や世界中のどのデータベースでどのように言及されているかを、ひとまとめにして知ることができます。本サービスの検索対象データベースは766件以上(2022年7月現在)で、順次追加しています。
本サービスは生命科学専門ではありますが、生命科学といえども包含される研究分野は多岐に渡ります。また、検索対象のデータベースは、それぞれ運営の主体や所在が異なります。このため、本サービスでは、横断的な検索を実現するために、各データベースの運用機関との間で、検索用の索引データの相互共有や検索仕様の共通化などを行っています。また、閲覧者の意図に沿った検索結果を提供するため、バックエンド(ページ・ランク・スコア算出方法の改善や検索ログに基づく調整など)、フロントエンド(検索キーワードの例示、検索履歴保存機能の追加など)両面での改良を続けています。

本サービスの検索データベース情報は、下記サービスと共同で管理・運用しています。

外部発表等

使い方の紹介動画

生命科学系データベース アーカイブ

基本情報

画面キャプチャ

https://dbarchive.biosciencedbc.jp/

概要

生命科学系データベース アーカイブは、国内外の研究者が産生した様々なデータセットを、データ産生者本人からの寄託に基づいて公開しています。人類の共有財産である研究データを長期的・安定的に保管し、広く再利用できるかたちで公開し続けます。
データセットは一括でダウンロードできるほか、ブラウザ上で簡易的に閲覧・検索することも可能です。
本サービスでは、研究データの保管・共有・公開のモデルケースを示すべく、次のような取り組みを行っています。

  1. データセットに対する統一形式での説明(メタデータ)を掲載
  2. クリエイティブコモンズを利用し、分かり易い利用許諾条件を表示
  3. データセットの寄託に際してスタッフが研究データを精査し、寄託者と相談のうえ第三者が理解しやすいような形式・表現となるようキュレーション
  4. データセットごとにDOIを付与

外部発表等

使い方の紹介動画

NBDCヒトデータベース

基本情報

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https://humandbs.biosciencedbc.jp/

概要

NBDCヒトデータベースは、個人情報の保護に配慮しつつヒトに関する研究データの共有・利用を推進するためのプラットフォームです。
国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJセンターと協力して次のような活動を行っています。

  • ヒト由来試料を用いた研究から産出されたデータ(ヒト由来データ)を共有する際のガイドラインの策定。そのための国内外の法令調査。
  • セキュアな環境下でのヒト由来データの登録・公開・共有
  • ヒト由来データの登録および制限公開データの利用にあたってのヒトデータ審査委員会による審査

    ※ヒトデータ審査委員会は、NBDCヒトデータベースにおけるData Access Committee。

外部発表等

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TogoVar

基本情報

画面キャプチャ

https://togovar.org/

概要

本ウェブサービスは、2022年11月1日以降、本事業の一環でライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) が提供しています (詳細)。本ウェブサービスにかかる最新のお知らせは、DBCLS のウェブサイトをご覧ください。

TogoVar(日本人ゲノム多様性統合データベース)は、日本人ゲノム配列の個人による違い(バリアント)とそれに関係する疾患情報などを収集・整理したデータベースです。
本サービスは、研究プロジェクト横断的に集約した日本人におけるバリアントの頻度情報を提供します。利用可能な2つのデータセットであるJGA-NGSとJGA-SNPは、NBDCヒトデータベース/Japanese Genotype-phenotype Archive (JGA)に登録されている個人ごとのゲノムデータを集約して得られた頻度情報です。さらに、多種多様なデータベースに散在して収録されてきた遺伝子型や表現型に関連する情報を整理統合し、遺伝学研究者や遺伝カウンセラーがバリアントを解釈する際に必要な情報をワンストップでわかりやすく提供します。

外部発表等

使い方の紹介動画

NBDCグループ共有データベース

基本情報

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https://gr-sharingdbs.biosciencedbc.jp/

概要

論文発表等に伴う研究データの公開に先駆けて、プロジェクト内やグループ内に限定してデータを共有するためのプラットフォームです。

外部発表等

RDFポータル (旧:NBDC RDFポータル)

基本情報

画面キャプチャ

https://rdfportal.org/

概要

本ウェブサービスは、2023年7月1日以降、本事業の一環でライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) が提供しています (詳細)。本ウェブサービスにかかる最新のお知らせは、DBCLS のウェブサイトをご覧ください。

RDFポータル (旧:NBDC RDFポータル) は、RDF形式の生命科学データベースを集積したポータルサイトです。
本サービスでは、国内の研究機関が作成する生命科学系のRDF形式データを総覧することができます。全てのデータセットについて制作者や利用許諾条件やデータセット間の関係を確認し、またSPARQL言語で検索することができます。
世界的にも類を見ない規模のRDFデータを扱うため、バックエンドシステムの検討や、掲載データセットを統合利用するために必要なデータセットの調査と実装を行っています。

外部発表等

お問い合わせ・ご意見

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