研究開発の成果(サービス)

NBDCが開発・運用する主なWebサービスについてご紹介します。関連機関との研究開発や協議・検討の成果をこれらのWebサービスへいち早く実装し、データベース統合を推進しています。

Integbioデータベースカタログ

http://integbio.jp/dbcatalog/?lang=ja

Integbioデータベースカタログでは文部科学省、厚生労働省、農林水産省、経済産業省の4省による、生命科学系データベースの統合の一環として国内外の生命科学系データベースの所在情報と、データベースについての説明や生物種などのさまざまな属性情報(メタデータ)をまとめたリストを提供しています。また、国際的な生命科学系データベース情報を収集・公開しているFAIRsharingと2017年から連携し、データベース情報の交換を行っています。

生命科学データベース横断検索

https://biosciencedbc.jp/dbsearch/?lang=ja

生命科学データベース横断検索は、運営主体も所在も異なる多数のデータベースの中身をキーワードで一括検索できるサービスです。提携機関のサーバ内に作成した検索用索引データを相互に共有し検索仕様を共通化することで実現しています。

生命科学系データベース アーカイブ

https://dbarchive.biosciencedbc.jp/index.html

生命科学系データベース アーカイブは、国内外の研究者が産生した様々なデータセットをダウンロード可能な形(アーカイブ)で維持し、公開する活動を行っています。広く再利用されるように、データベースやデータに対する統一形式での説明(メタデータ)や、クリエイディブコモンズを利用した分かり易い利用許諾表示、データの閲覧・簡易検索ページを併せて提供しています。

NBDC RDFポータル

https://integbio.jp/rdf/

NBDC RDFポータルは、RDF形式の生命科学データベースを集積したポータルサイトです。RDF形式のデータは相互に参照したり連結することが容易であるため、多種多様な生命科学のデータベースを統合的に活用することが可能となります。本サイトでは、さまざまな研究機関から提供されたRDFデータセットをダウンロードしたり、SPARQL言語による検索を行うことができます。

NBDCヒトデータベース

https://humandbs.biosciencedbc.jp/

NBDCヒトデータベースは、個人情報の保護に配慮しつつヒトに関するデータの共有や利用を推進するために、ヒトに関する様々なデータを共有するためのプラットフォームです。国立遺伝学研究所 DNA Data Bank of Japan(DDBJ)と協力して、ヒトに関するデータを公開しています。

TogoVar

https://togovar.biosciencedbc.jp/

TogoVar(日本人ゲノム多様性統合データベース)は、日本人ゲノム配列の個人による違い(バリアント)とそれに関係する疾患情報などを収集・整理したデータベースです。
TogoVarは、研究プロジェクト横断的に集約した日本人におけるバリアントの頻度情報を提供します。利用可能な2つのデータセットであるJGA-NGSとJGA-SNPは、NBDCヒトデータベース/Japanese Genotype-phenotype Archive (JGA)に登録されている個人ごとのゲノムデータを集約して得られた頻度情報です。さらに、多種多様なデータベースに散在して収録されてきた遺伝子型や表現型に関連する情報を整理統合し、バリアントを解釈するための情報をワンストップでわかりやすく提供します。
TogoVarは、NBDCとライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)との共同研究で開発しています。

NBDCグループ共有データベース

https://gr-sharingdbs.biosciencedbc.jp/

NBDCヒトデータベースなどの公開系データベースからデータを公開するのに先駆けて、プロジェクト内やグループ内におけるデータの共有を可能にするプラットフォームです。

HOWDY-R

https://howdy.biosciencedbc.jp/HOWDY-R/

ヒトゲノム情報に関する公共データベースを相互に関連付け、それらを統合的に利用できるようにしたヒトゲノム情報統合データベースです。キーワードで検索すると、キーワードを含む各データベースの項目が相互に関連づけられて表示されます。
ヒトゲノム情報の統合データベース HOWDY (http://howdy.biosciencedbc.jp/HOWDY/top_ja.pl) の後継サイトで、JST-ALIS (Advanced Lifescience Information System) プロジェクトに関する成果と、世界で公開されている主な公共データを相互に関連付けています。

TogoProt

http://togoprot.biosciencedbc.jp/R/

蛋白質関連データベース統合検索システムです。キーワード検索によりまずメニューに蛋白質のファミリー名のリストが表示されます。メニューから目的の蛋白質またはファミリーを選ぶとその蛋白質(ファミリー)のデータとリンクが表示され、目的のデータベースのエントリーにたどり着くことができます。

PURL.jp

https://purl.biosciencedbc.jp/

PURL (Persistent Uniform Resource Locators) を作成、保持するサーバーです。オリジナルのWebリソースにリダイレクトするPURLを作成、登録、公開することで、オリジナルのWebリソースへの永続的なアクセスが可能になります。オリジナルのWebリソースのURLが変更された場合、該当するPURLのリダイレクト先を変更することで永続性が保証されます。

お問い合わせ・ご意見

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