「実験医学」2025年4月号にDeepSpaceDBの紹介記事が掲載されました

京都大学 VANDENBON Alexis 准教授らが執筆した DeepSpaceDBについての記事が、「実験医学」 2025年4月号 (2025年3月19日発売) の「クローズアップ実験法」に掲載されました。

組織サンプルのどの場所でどのような遺伝子がどのくらい発現しているかということを網羅的に調べる研究手法を空間トランスクリプトミクスと呼び、近年、急速に利用が拡大しています。DeepSpaceDB は、2024年9月4日に公開された空間トランスクリプトミクスの統合データベースです。DeepSpaceDBでは、特別なインフォマティクスのスキルがなくても、現在NCBI GEO などで公開されている1,700件ほどの空間トランスクリプトミクスデータを閲覧し、誰でもインタラクティブに探索・遺伝子発現解析・パスウエイ解析ができます。

本記事では、発現遺伝子に基づく各スポットのクラスタリングや、そのスポットの特徴的なパスウエイやセルタイプを表示する機能の紹介のほか、ヒト乳がん組織切片のがん部と非がん部で発現差のある遺伝子を比較する組織分析や、アルツハイマー病モデルマウスと健常マウスの海馬領域での異なるサンプル間での比較分析のやり方などを、実例を示しながらわかりやすく紹介しています。

DeepSpaceDB は、「統合化推進プログラム」の研究開発課題「空間オミックスデータ解析用データベースの開発 」において、Vandenbon Alexis准教授らが開発・運用しています。