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【生命科学系データベースアーカイブ】「SAHG」 (産業技術総合研究所 本野千恵 主任研究員)を追加しました。

「SAHG」は、ヒトゲノム由来の全タンパク質配列の立体構造モデルを予測して結果を視覚的に表示したデータベースです。

SAHGアーカイブ

生命科学系データベースアーカイブ

【プレス発表】プロテオーム統合データベースjPOSTを開発-アジア・オセアニア唯一の国際標準データリポジトリをスタート-

 京都大学大学院薬学研究科の石濱 泰 教授らは、jPOSTデータリポジトリシステムを新たに開発し、全世界に向けて公開しました。
 本システムは、アジア・オセアニア地域における初めての国際標準プロテオームデータリポジトリであり、2016年度国際ヒトプロテオーム機構・プロテオミクス標準化構想会議(HUPO-PSI、2016年4月18-20日、ベルギー・ゲント市)において、国際標準のデータリポジトリシステムを提供するProteomeXchangeコンソーシアムへの加盟が宣言されました。今後、アジアを中心に世界中のプロテオームデータをjPOSTに収集することが可能となります。

詳細はプレスリリースをご覧ください。

研究開発課題の概要
 研究開発課題 プロテオーム統合データベースの構築
 研究代表者 石濱 泰
 所属・役職 京都大学 大学院薬学研究科 教授

【生命科学系データベースアーカイブ】「eDDASs」(農研機構)のデータを更新しました。

「eDDASs」は国内の農耕地の土壌微生物を示すeDNA解析情報のデータベースです。
今回はSoilのデータを90件更新、504件追加し、DGGEのデータを144件更新、943件追加しました。

eDDASsアーカイブ

生命科学系データベースアーカイブ

【メンテナンス】2016年5月28日(土)09:00~17:00の間、生命科学横断検索とTogoProt、アーカイブ内横断検索が停止します。

2016年5月28日(土)09:00~17:00の間、サーバメンテナンスのため以下のサービスがご利用できなくなります。
  • 生命科学データベース横断検索システム
  • TogoProt: 蛋白質関連データベース統合検索
  • 生命科学系データベースアーカイブ(アーカイブ内横断検索機能のみ)
ご迷惑をおかけしますが、ご理解とご協力をお願いいたします。
※なおTogoProtは5月27日(金)14:00~16:00も停止しますのでご注意ください。

国際開発者会議 BioHackathon(バイオハッカソン)2016の国内参加者の募集を開始しました。

biohackathon 2016国際開発者会議 BioHackathon(バイオハッカソン)2016のホームページ登録フォームより、国内参加者の募集を開始しました。

国際開発者会議 BioHackathon(バイオハッカソン)とは、先端技術を用いてシステムやプログラム開発を行っている現場の研究開発者が参集し、合宿形式で分野横断的に問題解決にあたる、国内ではまだあまり例のないユニークな形式の国際会議です。

【プレス発表】精子が卵子を活性化する新しい仕組みを解明~線虫において精子導管仮説を支持する分子実体を同定~

 理化学研究所 生命システム研究センター 発生動態研究チームの大浪 修一 チームリーダーらは、線虫C.elegansの受精の際に精子のカルシウム透過性チャネルが卵子の中に「受精カルシウム波」を引き起こすことを明らかにし、精子が卵子を活性化する新しい仕組みを解明しました。
 本研究における動画像データの定量化は、統合化推進プログラムの一環として実施されました。また、本成果に関するデータの記述手法や、今後データを掲載するデータベースSSBDは同プログラムの一環として開発されたものです。

詳細はプレスリリースをご覧ください。

研究開発課題の概要
 研究開発課題 生命動態情報と細胞・発生画像情報の統合データベース
 研究代表者 大浪 修一
 所属・役職 理化学研究所 生命システム研究センター チームリーダー

2016年度「統合データベース講習会:AJACS」受入れ機関が決定しました。

2016年度の統合データベース講習会:AJACSは、下記6機関で開催することになりました。

  • 群馬大学 (2016年6月21日開催予定)
  • 広島大学 (2016年7月5日-6日開催予定)
  • 秋田県総合食品研究センター (2016年8月8日-9日開催予定)
  • 京都大学 (2016年9月1日-2日開催予定)
  • 東京女子医科大学 (2016年9月または12月開催予定)
  • 藤田保健衛生大学 (2017年1月31日-2月1日開催予定)

詳細は、こちらをご覧ください。

 

【本日より申込み受付開始!】NGSハンズオン講習会(2016年7月19日~8月4日)を開催します。

 NGS(Next Generation Sequencer)は、基礎および応用の様々な分野で導入され、ライフサイエンス研究に大きな変貌をもたらしています。NGSから産生される塩基配列データには、多様な生物を特徴付ける重要な情報が膨大かつ複雑に存在しており、このような配列データを効率的に解析するバイオインフォマティクスの重要性が増しています。しかし現状では、量産されるデータ量に対し、多様な実験データの解析と解釈が出来るバイオインフォマティクス人材の数は圧倒的に少なく、基礎研究をはじめ、医療、創薬などの分野からもバイオインフォマティクス人材の育成が強く求められています。
 NBDCでは、より多くの生命科学系の研究者及び研究支援者がバイオインフォマティクススキルを身に付けることが出来る機会として、本年度もNGSハンズオン講習会を2016年7月19日(火)~8月4日(木)(土日除く12日間)に開催いたします。
 平成27年度の受講者アンケート結果を受けて、平成28年度は、需要の多い「初~中級レベルのNGS解析(第2部:7/25-28)」を中核とした3部構成とします。第2部は、昨年度の講義内容を基本に「適度の増量」を予定しています。「統計解析(第1部:7/20-22)」の内容は、大幅な増加となる予定です。また、「中~上級レベルのNGS解析(第3部:8/1-4)」を新規に実施します。
 これまでの本講習会の枠組みでは実施できなかった内容を多く含める予定ですので、第1部および3部は既に一定のスキルをもつ受講生を対象としておりますが、新規に受講される方でも、平成27年度の講習会資料を中心に指定された予習を実施すれば、問題なく理解していただけると思います。

詳細については、こちら

【Integbioデータベースカタログ】データベースのデータ一括ダウンロードサイト関連の情報を追加しました。

Integbioデータベースカタログに収載されているデータベースのうち、データをまとめてダウンロードできるものについて、一括ダウンロードデータのあるページへのリンク、一括ダウンロードデータのデータ説明へのリンク、データの利用条件へのリンク情報を追加しました。トップページ左手にある 絞り込み検索 > その他の条件 > 一括ダウンロード可のDB でデータベースを絞り込むことができます。リンクは各データベースの詳細ページにURLが記載されています。

Integbioデータベースカタログ

【Integbioデータベースカタログ】ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) が運用する「統合TV」へのリンクを追加しました。

Integbioデータベースカタログに収載されているデータベースのうち、DBCLSの「統合TV」で紹介があるものについて、統合TVへのリンクを追加しました。トップページ左手にある 絞り込み検索 > その他の条件 > 統合TV で統合TVへリンクのあるデータベースに絞り込むことが可能です。リンク先では統合TV上で当該データベースの名称(または略称)を用いて絞り込んだ番組(動画)リストが表示され、関連動画の閲覧ができます。

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