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【NBDCヒトデータベース】制限公開データが追加されました(hum0028.v2)

HLA-DQA1領域の遺伝子型情報および塩基配列情報を元に決定したHLA-DQA1アリル情報をhum0028(研究題目:オーダーメイド医療の実現プログラム)のJGAS00000000018 / JGAD00000000018に追加しました。研究内容はこちら

当該データの利用の際には、NBDCヒトデータ共有ガイドラインおよびNBDCヒトデータ取扱いセキュリティガイドラインを熟読してください。
制限公開データの利用には、データ利用申請が必要です。

【プレスリリース】日本人ゲノム多様性統合データベース 「TogoVar」の運用を開始しました。

2018年6月7日より、日本人ゲノム多様性統合データベース 「TogoVar」の運用を開始しました。

    TogoVarの特徴
  • ゲノム配列の個人による違い(バリアント)に関するさまざまな条件を用いて、国内外のデータベースや文献情報などのワンストップ検索を可能にしました。
  • 検索対象には、NBDCヒトデータベースに登録された日本人のゲノムデータから集計した大規模なバリアントの頻度情報が含まれており、この頻度情報のデータセットもTogoVarから公開します。

 

TogoVar URL:https://togovar.biosciencedbc.jp

プレスリリース:https://www.jst.go.jp/pr/announce/20180607/index.html

JOSS2018にてセッション「ライフサイエンス分野におけるデータの共有」を開催します(2018年6月19日11:15~12:45)。

6月18日、19日に開催されるJapan Open Science Summit 2018(JOSS2018)にて、NBDC企画のセッション「ライフサイエンス分野におけるデータの共有」を開催します。

  • セッション日時 :2018年6月19日(火) 11:15~12:45
  • セッション会場 :学術総合センター2階 中会議場B(東京都千代田区一ツ橋2-1-2)

詳しくは、こちら をご覧下さい。

NBDCブログを開設しました。第1回の記事は「あなたのデータは「よそ行き」ですか?」です。

6月6日 NBDCブログ を開設しました。
生命科学分野のデータベースの構築・利活用に関する実施事例やTipsのほか、ホットな話題に関する簡単な解説など、気軽に楽しんでいただける記事を発信していきます。

第1回の記事は「あなたのデータは「よそ行き」ですか?」です。

生命科学分野において研究データをリポジトリ等で公開することが当たり前になりつつあるなか、研究過程で産生されたままの「普段着」のデータを、利用者にとって理解しやすい「よそ行き」のデータにするにはどういった工夫が必要か、NBDC研究員が解説する記事です。

【生命科学系データベースアーカイブ】「科学技術用語形態素解析辞書」 (バイオサイエンスデータベースセンター)を追加しました。

「科学技術用語形態素解析辞書」は、JSTシソーラスの見出し語と同義語を、形態素解析エンジンMeCabのユーザー辞書として使える形にしたものです。

科学技術用語形態素解析辞書 アーカイブ

生命科学系データベースアーカイブ

【NBDCヒトデータベース】金沢大学 医薬保健研究域 医学系 細胞移植学講座 からの制限公開データ(Type I)を公開しました(hum0097)

研究題目:骨髄不全症候群における血球の質に関する検討
からの制限公開データを公開しました。 研究内容はこちら

当該データの利用には、データ利用申請が必要です。申請の際には、NBDCヒトデータ共有ガイドラインおよびNBDCヒトデータ取扱いセキュリティガイドラインを熟読してください。

統合データベース講習会:AJACS越後(2018年6月26日-27日)の受講申し込みを開始しました。

AJACS越後ポスター統合データベース講習会:AJACSは、生命科学分野のデータベースやツールの使い方、データベースを統合する活動を紹介する初心者向けの講習会です。生命科学分野のデータベースを利用したい、研究に役立てたい方はどなたでもご参加いただけます。たくさんの皆さまのご参加をお待ちしています。

  • 日時:2018年6月26日(火)10:00-16:10、6月27日(水)10:00-16:40
  • 会場:新潟大学理学部マルチメディア教室
    (新潟市西区五十嵐2の町8050 理学部棟A518)
  • 定員:約50名
  • 参加費:無料
  • 応募方法:募集ページの応募フォームよりお申し込みください。
    (申込締切:6月18日(月)12:00まで)
  • 問い合わせ先:統合データベース講習会事務局(AJACS[AT]biosciencedbc.jp)
    ([AT]を @ にかえて下さい)

【NBDCヒトデータベース】国立国際医療研究センター からの非制限公開データを公開しました(hum0136)

研究題目:B型肝炎に関する統合的臨床ゲノムデータベースの構築を目指す研究
からの非制限公開データを公開しました。 研究内容はこちら

当該データ利用の際には、NBDCヒトデータ共有ガイドラインおよびNBDCヒトデータ取扱いセキュリティガイドラインを熟読してください。

【生命科学系データベースアーカイブ】「NBDC NikkajiRDF」 (国立研究開発法人 科学技術振興機構)のデータを更新しました。

「NBDC NikkajiRDF」は日本化学物質辞書(日化辞)のデータを化合物情報のRDF記述で標準となっているオントロジーを用いてRDF化したデータベースです。

今回の更新では、以下のデータを更新しました。

NBDC NikkajiRDF アーカイブ

生命科学系データベースアーカイブ

【2017NGSハンズオン講習会】実施報告書を公開しました

2017年8月28日~9月1日に開催した「NGSハンズオン講習会」の実施報告書を公開しました。
各日の講義概要、受講者を対象としたアンケートの結果などを掲載しています。

2017NGSハンズオン講習会 実施報告書
https://biosciencedbc.jp/gadget/human/h29_ngs_report.pdf

講習会の概要:
2017年度NGSハンズオン講習会
https://biosciencedbc.jp/human/human-resources/workshop/h29
会場: 東京大学農学部2号館2階第1講義室
日時: 2017年8月28日(月) ~ 9月1日(金) 10:30-18:15
※上記ページにて講義資料・動画を掲載しています。

なお、NGSハンズオン講習会は、今年度以降実施いたしません。

本講習会は、東京大学の門田特任准教授との共同研究に基づき、2014年から実施してまいりました。4カ年度でのべ381名に受講いただき、毎回好評いただきました。
受講者の皆様および講習会開催にご尽力頂いた皆様方に、この場を借りて御礼申し上げます。

これまでに実施した講義の資料や動画は今後も以下からご参照頂けますので、ぜひご活用ください。
https://biosciencedbc.jp/human/human-resources/workshop/

また、NBDCではNGS解析に限らず、ライフサイエンス関連のデータベースや解析ツールについての講習会を開催しています。最新情報は以下に掲載していますので、近隣で開催する際には、ぜひお立ち寄りください。
https://events.biosciencedbc.jp/