日本人類遺伝学会第63回大会において、スポンサードセミナーとして開催したシンポジウム「『NBDCヒトデータベース』と『TogoVar』：人類遺伝学研究への貢献を目指して」（2018年10月11日）の講演動画および発表スライドを公開しました。
詳細はイベントのページからご覧ください。
2018年11月9日、九州大学の沖真弥助教らのグループは、統合化推進プログラムにおける研究開発課題「エピゲノミクス統合データベースの開発と機能拡充」の一環として開発・運用している「ChIP-Atlas」についての論文を、EMBO Reportsで発表しました。
本論文では、ChIP-Atlasの利用方法や解析手法を述べるとともに、ChIP-Atlasの収録データの利用例を示しています。
概要は、論文発表に合わせて行ったプレスリリースをご覧ください。
〇論文情報
ChIP-Atlas: a data-mining suite powered by full integration of public ChIP-seq data
Shinya Oki, Tazro Ohta, Go Shioi, Hideki Hatanaka, Osamu Ogasawara, Yoshihiro Okuda, Hideya Kawaji, Ryo Nakaki, Jun Sese, and Chikara Meno EMBO Reports, 2018, e46255.（doi: 10.15252/embr.201846255）
〇プレスリリース
遺伝子のスイッチ役を「見える化」－バイオビッグデータを有効活用－（2018年11月9日付）
〇データベース情報
名称：ChIP-Atlas
概要 オリジナルサイト
〇研究開発課題の概要
「エピゲノミクス統合データベースの開発と機能拡充」
研究代表者 沖 真弥（九州大学 大学院医学研究院・助教）
研究期間 2017～2022年
概要・報告書等
NBDCは第41回日本分子生物学会年会において、ブース展示とワークショップを開催します。
ブースでは、様々なデータベースの開発者・運営者13チームが集まり、それぞれのサービスについてご説明します。どのようなデータベースがあるか、ご自身の研究のためにはどう使ったらいいかなど、お気軽にお尋ねください。
また、ワークショップでは、「統合化推進プログラム」に参加してデータベースの開発を行ってきた研究者8名が、それぞれのサービスについて詳しくご紹介します。 多くの皆さまのご来場をお待ちしております。
統合データベース講習会：AJACSは、生命科学分野のデータベースやツールの使い方、データベースを統合する活動を紹介する初心者向けの講習会です。生命科学分野のデータベースを利用したい、研究に役立てたい方はどなたでもご参加いただけます。たくさんの皆さまのご参加をお待ちしています。
研究題目：制御性T細胞特異的エピゲノム誘導による免疫制御の研究
からの制限公開データを公開しました。 研究内容はこちら。
当該データの利用には、データ利用申請が必要です。申請の際には、NBDCヒトデータ共有ガイドラインおよびNBDCヒトデータ取扱いセキュリティガイドラインを熟読してください。
NBDCブログに新着記事「第21回画像の認識･理解シンポジウム（MIRU2018）参加報告」を掲載しました。
画像認識・理解技術に関する国内最大規模の会合であるMIRU2018（8/5～8、札幌）に参加したNBDC研究員が、ライフサイエンスへの応用研究を中心とした一般発表と特別企画について、平易な表現で簡潔に報告した記事です。
専門家ではないけれども、画像処理分野における深層学習（ディープラーニング）等の研究動向に興味があるという方は、ぜひご覧ください。
研究題目：慢性好酸球性炎症疾患の網羅的遺伝子解析と網羅的蛋白質解析に関する研究
からの制限公開データを公開しました。 研究内容はこちら。
当該データの利用には、データ利用申請が必要です。申請の際には、NBDCヒトデータ共有ガイドラインおよびNBDCヒトデータ取扱いセキュリティガイドラインを熟読してください。
2018年 11月16日(金) の20:00 ～ 2018年 11月18日(日) 18:00の間、システムメンテナンスのため、トップページからDBCLSにリンクしている以下のサービスが一時的にご利用いただけなくなります。ご不便をおかけしますが、よろしくお願いいたします。
http://dbcls.rois.ac.jp/ja/2018/10/26/post1.html
| DB名 | 概要 |
|---|---|
| Allie | MEDLINE を対象とし、出現する略字とその正規系のペアを検索するシステムです。略字を入力することで、それの使われ方を一覧表示します。 |
| BodyParts3D | BodyParts3D(ボディパーツ3D)は人体各部位の位置や形状を3次元モデルで記述したデータベースです。Anatomography(アナトモグラフィー)を使って、BodyParts3D から解剖学用語を選択して自由に人体のモデル図を作成できます。 |
| DBCLS galaxy | 生命科学データに特化したウェブベースの対話的ツール組み合わせインタフェースです。DBCLSで開発されたツール群も組み込んでいます。 |
| inMeXes | MEDLINE を対象とし、利用者が入力した文字列とマッチする表現を逐次的(１文字入力毎)に検索するシステムです。論文中の英語表現を容易に検索できます。 |
| RefEx（Reference Expression dataset） | EST、GeneChip、CAGE、RNA-seq の4 種類の異なる手法 によって得られたヒトおよびマウス、ラットにおける遺伝子発現データを並列に表示し、遺伝子発現解析を行う上で基準となるリファレンス（参照）データベースとして利用することを目的とした遺伝子発現データベースです。 |
| DBCLS SRA | 公共データベース（SRA [NCBI]、ENA [EBI]）、DRA[DDBJ] ）に登録された「次世代シーケンサ」データについて、目的別、機器別、生物種別等、さまざまな統計情報から閲覧、比較、データのダウンロードができる目次サイトです。論文からのデータの検索も可能です。 |
| TogoDB | エクセルなどのデータを簡単に読み込み、DB 化し、自動的に共通のウェブ検索インタフェースを生成するシステムです。 |
| TogoDoc | 文献情報及び論文PDF を管理し、また、特定の文献情報群に関連する論文情報を提示するシステムです。TogoDoc Client と連携して文献を管理することも可能なほか、スマートフォンにも対応しています。 |
| TogoWS | 国内各ウェブサービスの稼働状況を継続的に監視し、サービスの連携に必要なデータ形式変換機能等を提供するウェブサービスを統合するシステムです。 |
| ライフサイエンス 領域融合レビュー | 生命科学において注目される分野・学問領域に関する、第一線の研究者の執筆による日本語レビューを公開するサービスです。 |
| 統合TV | 生命科学分野の有用なデータベースやウェブツールの活用法を動画で紹介するウェブサイトです。 |
| 統合遺伝子検索GGRNA | 遺伝子や転写産物をさまざまなキーワードから素早く検索し、その結果をわかりやすく提示することができる遺伝子検索エンジンです。遺伝子名や各種ID、タンパクの機能や特徴などのキーワードだけでなく、短い塩基配列やアミノ酸配列から遺伝子を高速に検索することも可能です。 |
高木利久NBDCセンター長のインタビュー記事が、10月19日付の日本経済新聞 電子版に掲載されました。
詳しくは、日本経済新聞 電子版をご覧ください。
