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サイトポリシー改定のお知らせ

2017年8月21日付でサイトポリシーを改定しますので、お知らせいたします。
改定箇所は以下をご覧ください。
 改定する条文の新旧対照表

本件についてのお問い合わせ等は、以下のフォームをご利用ください。
 お問い合わせ・ご意見・ご要望フォーム

「トーゴーの日シンポジウム2017 ~バイオデータベース:「作る」から「使う」へ~」(2017年10月4日・10月5日)の参加申し込みを開始しました。

 NBDCでは、2011 年4 月よりわが国のライフサイエンス研究を推進するために、データベースをつなげて使いやすくする事業(ライフサイエンスデータベース統合推進事業)を推進しています。この事業の一環として、NBDC では、ライフサイエンスデータベースに関するサービス提供と研究開発を行ってきました。特に、研究開発においてはこれまで、1)高度なデータベース検索プラットフォームの構築、新しいツールの提供、さらには、生命科学系コンテンツをウェブ上で分散した状態で統合的に扱うための技術開発、2)分野(ゲノム、エピゲノム、プロテオーム、メタボローム、グライコーム等)ごとに産出される情報を網羅的に収集して整理することによって、生命科学のさまざまな領域の知識を集積する生命科学系コンテンツに関するプログラムを支援してきました。
 これらの活動に関する発表を行うと同時に、ライフサイエンス分野のデータ統合にまつわる問題をともに考え、議論を深めるために、NBDC では毎年10 月5 日を「トーゴーの日」としてシンポジウムを開催しています。
 2017 年度は、生命科学系コンテンツに関するプログラム(統合化推進プログラム)から新規採択課題を含む9 件の研究紹介を行うとともに、データベースの統合および利活用に関する各分野の先生方のご講演や、データベース利用者の方々による活用事例のご発表を予定しています。また、国内の生命科学分野のデータベース関係者に広く呼びかけ、ポスター発表を募集することによって、当該分野におけるデータベースの開発・運用・利活用について活発な情報交換や議論が行われる場となることを期待して、「トーゴーの日シンポジウム2017 ~バイオデータベース:「作る」から「使う」へ~」を2 日間にわたり開催いたします。

 たくさんの皆さまのご参加をお待ちしています。

  • 日時:2017年10月4日(水)12:45~17:40
    10月5日(木)09:45~16:25
  • 会場:東京大学弥生講堂 一条ホール、アネックス(東京都文京区)
  • 参加費:無料
  • 応募方法:シンポジウムサイトの参加登録よりお申し込みください。
    (申込締切:9月24日(日)まで)
  • 問い合わせ先:シンポジウム事務局(株式会社ディーワークス内)
    togo2017 [AT] d-wks.net
    ([AT]を @ にかえて下さい)

 

第10回 国際開発者会議 BioHackathon 参加登録受付中!(8月10日まで)

biohackathon 2017NBDCとDBCLS(ライフサイエンス統合データベースセンター)では、第10回 国際開発者会議 BioHackathon*を開催します。現在、ウェブサイトの登録フォームより参加登録受付中です(8月10日まで)。皆さまのご参加をお待ちしております。

    • 公開シンポジウム
      日程:2017年9月9日(土)-10日(日)
      会場:JSTサイエンスプラザ(東京都千代田区)
    • ハッカソン
      日程:2017年9月11日(月)-16日(土)
      会場:ホテル大観(岩手県盛岡市)

*国際開発者会議 BioHackathon(バイオハッカソン)とは、先端技術を用いてシステムやプログラム開発を行っている現場の研究開発者が参集し、合宿形式で分野横断的に問題解決にあたる、ユニークな形式の国際会議です。

NBDCパンフレット(英語版)を更新しました。

NBDCパンフレット(英語版)を更新しました。

【NBDCヒトデータベース】東京医科歯科大学 難治疾患研究所 ゲノム病理学分野 からの制限公開データ(Type I)を公開しました(hum0111)

研究題目:胃腫瘍のゲノム・遺伝子解析とその臨床病理学的意義の解明
からの制限公開データを公開しました。 研究内容はこちら

当該データの利用には、データ利用申請が必要です。申請の際には、NBDCヒトデータ共有ガイドラインおよびNBDCヒトデータ取扱いセキュリティガイドラインを熟読してください。

統合データベース講習会:AJACS河内(2017年8月24日)の受講申し込みを開始しました。

AJACS河内ポスター統合データベース講習会:AJACSは、生命科学分野のデータベースやツールの使い方、データベースを統合する活動を紹介する初心者向けの講習会です。生命科学分野のデータベースを利用したい、研究に役立てたい方はどなたでもご参加いただけます。たくさんの皆さまのご参加をお待ちしています。

  • 日時:2017年8月24日(木)9:00-18:00
  • 会場:関西医科大学第一講義室
    (大阪府枚方市新町2-5-1 枚方学舎1階)
  • 定員:約50名
  • 参加費:無料
  • 応募方法:募集ページの応募フォームよりお申し込みください。
    (申込締切:8月14日(月)12:00まで)
  • 問い合わせ先:統合データベース講習会事務局(AJACS[AT]biosciencedbc.jp)
    ([AT]を @ にかえて下さい)

【生命科学系データベースアーカイブ】「GRIPDB」 (東京電機大学 根本航准教授)を追加しました。

「GRIPDB」は、Gタンパク質共役型受容体同士の相互作用ペアについての情報を提供するデータベースです。

GRIPDB アーカイブ

生命科学系データベースアーカイブ

JBI (Japan alliance for Bioscience Information) ポータル開設のお知らせ

NBDCは、情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 DNA Data Bank of Japan(DDBJ)、大阪大学蛋白質研究所 日本蛋白質構造データバンク(PDBj: Protein Data Bank Japan)、情報・システム研究機構 データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)と共同で、研究者に役立つサービス・情報のワンストップサービスを目指して、生命科学データベースポータルサイト「JBI (Japan alliance for Bioscience Information) ポータル」を開設いたしました。 詳細はこちら

【横断検索】9件のデータベースが検索できるようになりました。

「生命科学データベース横断検索」から9件のDBが追加で検索できるようになりました。

  • 「水産食品の寄生虫検索データベース (D-PAF)」:魚介類に寄生する寄生虫や異物、およびそれに関連する水産食品の異常について、蓄積された最新データを公開し、一般消費者から水産研究者までが利用可能な正確な専門的知識を提供するデータベースです。 水生生物名、症状、寄生虫の種類から検索を行い、結果は写真とともに詳細情報が表示されます。
  • 「Allie 」:文献中に多く出現する略語は多義語であることが多く、特に専門外の読者には理解するのに困難を伴うことがあります。Allieはこの問題に対する一つの解となるよう開発されており、米国国立保健図書館(National Library of Medicine, NLM)の生物医学分野における書誌情報データベースであるMEDLINERに含まれる全ての題目と要旨を対象として、略語とその展開形を検索します。 MEDLINEは2千万件を超す書誌情報を収めており、実際の文献中に出現する領域固有の略語とその展開形を抽出するのに相応しいものとなっています。またAllie Portal (http://data.allie.dbcls.jp/) からSPARQLエンドポイント及びRDFデータのダウンロードサイトへのリンクもご利用いただけます。
  • 「抗体医薬品データベース[アーカイブデータ] 」:バイオ医薬品として知られる抗体医薬品に着眼し、承認薬や臨床試験における第I相試験(フェーズ I)から第III相試験(フェーズ III)の3段階の治験段階の情報を表示し、データベースとしてまとめた。現在開発中の抗体医薬品を含め、主な適応疾患ターゲットタンパク質や適応疾患と関連するパスウェイ情報をまとめている。また抗体医薬品とDrugBankやPDBデータとのID連携を可能としている。
  • 「Togo picture gallery[アーカイブデータ] 」:生命科学分野のイラストをだれでも自由に閲覧・利用できるように無料で公開しています。 研究発表のスライド作成や資料作成等にお使いください。カテゴリーとして、モデル生物、実験器具、実験装置、模式図、次世代シーケンサー、細胞、顕微鏡があり、幅広い資料にお使いいただけます。Creative Commons 表示 4.0 国際 (CC BY 4.0) の下でライセンスされていますので、クレジットを記載していただければ、どのように利用していただいても構いません。
  • 「PGDBj - オルソログデータベース[アーカイブデータ] 」:「オルソログ」とは、共通の祖先遺伝子から種分岐に伴って派生した遺伝子間の対応関係、もしくは、そのような対応関係にある遺伝子群を指し、生物種間のシンテニーに基づいたゲノム進化や遺伝子機能を推定する上で重要な手掛かりとなります。PGDBjオルソログDBは、異なる生物種間におけるアミノ酸配列の類似性に基づいた遺伝子のオルソログ情報を蓄積したデータベースです。現在、緑色植物20種とラン藻111種のオルソログ情報が含まれています。PGDBjオルソログDBは、生物種間の進化系統を反映させた階層的なデータベースであり、生物種間の「ハブ」として国内外の様々な植物ゲノムデータベースが連結されています。これにより、利用者が本DBに対して入力したキーワードやアミノ酸配列に基づいて、生物種や系統群を超えたデータの検索が可能であり、モデル植物から作物を含む多様な生物種における遺伝子の機能や特性に関する情報を一度に取得することができます。
  • 「Flybrain NDB」:ショウジョウバエの脳について、文献に発表されたすべての神経細胞に関する情報を統一したフォーマットで提供するデータベースです。既知神経の情報を各神経や経路の名称から検索・閲覧できる「ニューロンデータベース」、さまざまな抗体や発現誘導系の発現パターンを提供する「系統/抗体データベース」、脳の神経網システムを体系的に表示する「脳領域データ」、このデータベースに保存されたデータをウエブ上で自由に動かしながら見ることができる「ブレインエクスプローラー」で構成されています。
  • 「東シナ海・黄海のさかな」:西海区水産研究所で1986年に発行した図鑑「東シナ海・黄海のさかな」に掲載された330種のうち、代表的な72種を抜粋して、HP上で図鑑の記述(特徴、分布、成長、生殖、漁獲、利用、地方名など)、ならびに標本写真を閲覧できるようにしています。
  • 「ED-Genes 」:内分泌かく乱物質が女性生殖器系に及ぼす影響を遺伝子発現の変化としてとらえ、解析したデータベースです。ラットとヒトの生殖器細胞株について、ダイオキシン (TCDD) およびジエチルスティルベステロール(DES)により影響を受けた遺伝子をrepresentational difference analysis (RDA) 法とDNAマイクロアレイを用いた網羅的解析により同定しています。各組織における内分泌かく乱物質による遺伝子発現がコントロールとの比較により示されています。完全長cDNA クローンのAccession No.やUniGene IDなどの情報を合わせて掲載しています。
  • 「MiFuP 」:MiFuPはゲノム配列情報から微生物の機能を推定するデータベースです。ゲノム配列が読まれている微生物について、その推定機能を収録しており、キーワード検索により、目的の機能を持つと推定される微生物を手軽に検索できます。 機能検索では、微生物のゲノム配列、若しくはCDS配列を入力すると、その機能を推定できます。 搭載しているMiFuP wikiでは、微生物が発揮する機能情報について、文献等から得られる情報(機能を発揮するメカニズム、実用化例等)を日本語でまとめ、記事ページを作成しています。

「ライフサイエンスデータベース統合推進事業(平成23年度~平成28年度)事業評価報告書」「バイオサイエンスデータベースセンターの今後のあり方について(提言)」等を公開しました。

NBDCのこれまでの活動をまとめた「ライフサイエンス統合推進事業 事業報告書」およびその概要版、今後のNBDC事業推進のために、これまで進めてきた事業推進状況の検証を行うことを目的として、外部評価委員による事業の評価を行い、報告書としてまとめた、「ライフサイエンスデータベース統合推進事業(平成23年度~平成28年度)事業評価報告書」、NBDC運営委員会において平成29年3月にまとめられた「バイオサイエンスデータベースセンターの今後のあり方について(提言)」を公開しました。

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