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【横断検索】「生命科学データベース横断検索」から2件のDBが追加で検索できるようになりました。

「生命科学データベース横断検索」から2件のDBが追加で検索できるようになりました。
  • 「HHDB[アーカイブデータ]」:水素及び水和水を含むタンパク質や核酸の立体構造データ(中性子回折法や高分解能X線回折法による)に含まれる水素結合のデータベース。各種グラフを用いた統計情報閲覧機能、3次元表示を用いた分子構造閲覧機能を持つ。
  • 「科学技術用語形態素解析辞書[アーカイブデータ] 」:JSTシソーラス(2015年版)の見出し語と同義語 (および、語中の全角英数記号を半角化したもの)を、形態素解析エンジンMeCab(http://taku910.github.io/mecab/)のユーザー辞書として使える形にしました。辞書項目はIPA辞書に基づいており、エンコードはUTF-8です。(参考文献の記述と異なり、オリジナルのIPA辞書に基づいています。)なお、辞書中には語の間の関係に関する情報は入っていませんので、この辞書をシソーラスとして利用することはできません。

トーゴーの日シンポジウム2018 ポスター発表参加申し込みを開始しました。

2018年10月5日(金)トーゴーの日シンポジウム2018 〜バイオデータベース:つないで使う〜を開催いたします。
本シンポジウムをより実りあるものにするため、生命科学分野のデータベースを様々な形で研究に利活用しているユーザの方々、生命科学分野に限らずデータベースの開発や運用に携わる方々にご発表いただき、シンポジウム参加者とデータベースについて幅広く議論していただければと考え、ポスター発表参加者を下記募集要領のとおり広く募集いたします。特に、ユーザから活用例をご紹介いただくことは、データベースの利活用を促進し、また、今後のデータベースの開発・運用にとっても大変参考になると考えます。多くの方からの応募をお待ちしています。
詳しくはこちら

NBDCパンフレットを更新しました。

NBDCパンフレットを更新しました。

統合データベース講習会:AJACS筑波4(2018年7月10日)の受講申し込みを開始しました。

AJACS筑波4ポスター統合データベース講習会:AJACSは、生命科学分野のデータベースやツールの使い方、データベースを統合する活動を紹介する初心者向けの講習会です。生命科学分野のデータベースを利用したい、研究に役立てたい方はどなたでもご参加いただけます。たくさんの皆さまのご参加をお待ちしています。

  • 日時:2018年7月10日(火)9:30-17:30
  • 会場:物質・材料研究機構 千現地区研究本館1階第2会議室
    (茨城県つくば市千現1-2-1)
  • 定員:約50名
  • 参加費:無料
  • 応募方法:募集ページの応募フォームよりお申し込みください。
    (申込締切:7月2日(月)12:00)
  • 問い合わせ先:統合データベース講習会事務局(AJACS[AT]biosciencedbc.jp)
    ([AT]を @ にかえて下さい)

【NBDCグループ共有データベース】国立国際医療研究センター からの制限共有データを公開しました(agd0002)

研究題目:B型肝炎に関する統合的臨床ゲノムデータベースの構築を目指す研究
からの制限共有データを公開しました。 研究内容はこちら

当該データの利用には、データ利用申請が必要です。申請の際には、NBDCヒトデータグループ共有ガイドラインおよびNBDCヒトデータグループ共有データ取扱いセキュリティガイドラインを熟読してください。

【NBDCヒトデータベース】制限公開データが追加されました(hum0028.v2)

HLA-DQA1領域の遺伝子型情報および塩基配列情報を元に決定したHLA-DQA1アリル情報をhum0028(研究題目:オーダーメイド医療の実現プログラム)のJGAS00000000018 / JGAD00000000018に追加しました。研究内容はこちら

当該データの利用の際には、NBDCヒトデータ共有ガイドラインおよびNBDCヒトデータ取扱いセキュリティガイドラインを熟読してください。
制限公開データの利用には、データ利用申請が必要です。

【プレスリリース】日本人ゲノム多様性統合データベース 「TogoVar」の運用を開始しました。

2018年6月7日より、日本人ゲノム多様性統合データベース 「TogoVar」の運用を開始しました。

    TogoVarの特徴
  • ゲノム配列の個人による違い(バリアント)に関するさまざまな条件を用いて、国内外のデータベースや文献情報などのワンストップ検索を可能にしました。
  • 検索対象には、NBDCヒトデータベースに登録された日本人のゲノムデータから集計した大規模なバリアントの頻度情報が含まれており、この頻度情報のデータセットもTogoVarから公開します。

 

TogoVar URL:https://togovar.biosciencedbc.jp

プレスリリース:https://www.jst.go.jp/pr/announce/20180607/index.html

JOSS2018にてセッション「ライフサイエンス分野におけるデータの共有」を開催します(2018年6月19日11:15~12:45)。

6月18日、19日に開催されるJapan Open Science Summit 2018(JOSS2018)にて、NBDC企画のセッション「ライフサイエンス分野におけるデータの共有」を開催します。

  • セッション日時 :2018年6月19日(火) 11:15~12:45
  • セッション会場 :学術総合センター2階 中会議場B(東京都千代田区一ツ橋2-1-2)

詳しくは、こちら をご覧下さい。

NBDCブログを開設しました。第1回の記事は「あなたのデータは「よそ行き」ですか?」です。

6月6日 NBDCブログ を開設しました。
生命科学分野のデータベースの構築・利活用に関する実施事例やTipsのほか、ホットな話題に関する簡単な解説など、気軽に楽しんでいただける記事を発信していきます。

第1回の記事は「あなたのデータは「よそ行き」ですか?」です。

生命科学分野において研究データをリポジトリ等で公開することが当たり前になりつつあるなか、研究過程で産生されたままの「普段着」のデータを、利用者にとって理解しやすい「よそ行き」のデータにするにはどういった工夫が必要か、NBDC研究員が解説する記事です。

【生命科学系データベースアーカイブ】「科学技術用語形態素解析辞書」 (バイオサイエンスデータベースセンター)を追加しました。

「科学技術用語形態素解析辞書」は、JSTシソーラスの見出し語と同義語を、形態素解析エンジンMeCabのユーザー辞書として使える形にしたものです。

科学技術用語形態素解析辞書 アーカイブ

生命科学系データベースアーカイブ

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