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【横断検索】「生命科学データベース横断検索」から6件のDBが追加で検索できるようになりました。

「生命科学データベース横断検索」から6件のDBが追加で検索できるようになりました。
  • 「Pt_spiderBASE」:モデル節足動物であるオオヒメグモ (Parasteatoda tepidariorum) のESTのデータベースです。ESTシーケンスの情報閲覧、BLAST検索ができます。他生物の配列に対するEST配列のBLASTX結果も閲覧でき、Clone IDやタンパク質名等で検索できます。
  • 「FAIRsharing.org」:生命科学、環境科学、バイオメディカル分野を中心としたデータ共有のためのレジストリサイトです。2017年7月に前身であるbiosharing.orgからFAIRsharing.orgへ変更され、カバー範囲をサイエンス一般に拡大しました。Standards, Databases, Policies, Collectionsの4種の情報をカタログ型に整理し、提供しています。Standardsはオントロジーなどを、Databasesはデータベースに関する情報を、Policiesはデータ共有やメタデータに関するポリシーを、Collectionsは関連する組織等の情報をまとめています。
  • 「NBDC RDF Portal」:生命科学分野のデータベースをRDF形式で一箇所に集約したポータルサイトです。JSTバイオサイエンスデータベースセンター (NBDC) と情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS)で共同開発しています。DBCLSによって策定された質の高いRDFデータ作成のためのガイドライン (http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/RDFizingDatabaseGuideline) に準拠し、一定以上の質を保った信頼性の高いRDFを公開しています。 利用者は、NBDC RDF Portalに収められた様々な研究機関が作成したデータベースについて、データの説明を閲覧し、データのダウンロードやSPARQL (RDF形式データの標準問い合わせ言語) による検索を行うことができます。
  • 「GlyTouCan」:糖鎖構造データを収録した国際糖鎖構造リポジトリです。単糖類組成からグリコシド結合形状などの明確な構造まで、構造に不一致がない限り世界的にユニークなアクセッション番号を付けて登録することができます。キーワード、モチーフ、糖鎖構造画像からの検索、モチーフや糖鎖のリストからのブラウズが可能です。

【横断検索】4件のデータベースが検索できるようになりました。

「生命科学データベース横断検索」から4件のDBが追加で検索できるようになりました。

  • 「PHDB(PHML Model Database、timeseriesdb、morphologydb)」:PHDBは、ヒトの生体機能とシステム生物学研究に関する統合データベースです。生物学的、生体的機能に関するモジュールを収録したPHMLモデルデータベース、生体組織の形態計測モデルを収録した形態データベース、生理的および数学的実験から得られた動的なデータを収録した時系列データベースで構成されています。PHMLのモデルと関係するデータは自由にダウンロードでき、非営利の科学的目的において再利用できます。
  • 「ハイパー植物図鑑」:日本でよく見られる500種類の園芸植物の画像と簡単な説明が収録されています。和名、科名、学名で検索できます。また、植物に持つイメージ(ex. 派手な、奇妙な、現代的な)のスコアを入力して検索することも可能です。大阪花の博覧会で参考出品された「マルチメディアによる未来の植物図鑑」を実験的にWWWに移植したサイトです。

【NBDCヒトデータベース】制限公開データ1件が追加されました(hum0005.v4)

非症候群性難聴19症例(JGAS00000000123)のデータをhum0005(研究題目:難聴の遺伝子解析と臨床応用に関する研究)に追加しました。研究内容はこちら

当該データの利用には、データ利用申請が必要です。申請の際には、NBDCヒトデータ共有ガイドラインおよびNBDCヒトデータ取扱いセキュリティガイドラインを熟読してください。

ConBio2017フォーラム「生命科学のデータベース活用法」の講演スライドを公開しました。

2017年度生命科学系学会合同年次大会(ConBio2017)において企画開催したフォーラム「生命科学のデータベース活用法」の講演スライド(一部)を公開しました。

    講演スライド掲載ページはこちら

平成30年2月16日(金)16:30~2月19(月)18:00までの間、『RDFポータルサイト』と『HOWDY-R』サービスが停止します。

サーバーメンテナンスのため、平成30年2月16日(金)16:30~2月19(月)18:00までの間
『RDFポータルサイト』と『HOWDY-R』を停止いたします。ご不便をおかけしますが、よろしくお願いいたします。
(予備も含め、通信停止時間を長めに想定しております)
また予告なく停止の日程・時刻が変更になる可能性もございますのでご理解ご協力のほど宜しくお願いします。

停止サービス
・RDFポータルサイト(http://integbio.jp/rdf/
・HOWDY-Rサイト(http://howdy.biosciencedbc.jp/HOWDY-R/

【横断検索】3件のデータベースが検索できるようになりました。

「生命科学データベース横断検索」から3件のDBが追加で検索できるようになりました。

  • 「博物図譜データベース」:東京国立博物館が所蔵する本格的な博物図譜を電子化したデータベースです。江戸時代に編纂された岩崎灌園著「本草図譜」、「本草図説」、堀田正敦編「禽譜」、武蔵石壽編「目八譜」、馬場大助著「舶上画譜」をはじめ、東京国立博物館の前身である明治時代の博物局が編纂した「博物館図譜」と称する「博物館禽譜」、「博物館獣譜」、「博物館蟲譜」、「博物館介譜」や、植物を対象とした「植物集説」、「農作物・果樹類図」などのすべてのページが画像として納められています。これらの資料は、関根雲停・服部雪斎・中島仰山といった、個性あふれる画家たちによって描かれた緻密な動植物図を多数含んでおり、画像データに加えて、図の名称や、産地・方言・日付・画家などの注記も項目ごとにデータ化しています。
  • 「SKIP幹細胞情報データベース[アーカイブデータ] 」:SKIP(Stemcell Knowledge & Information Portal)は幹細胞に関する情報を集約したポータルサイトです。 幹細胞を用いた研究や医療の最新情報への入り口を提供するサイトです。社会と協調した幹細胞研究・再生医療研究の活性化を目指し、様々な情報やサービスをご提供しています。世界中の幹細胞情報を簡単検索 理研BRC、医薬基盤研、Coriell、ATCCなどに登録されている細胞情報や大学の研究室で作製された細胞情報をOne Stop検索できます。
  • 「GENIUS II [アーカイブデータ] 」:多重媒介配列検索法(MISS法)を用いて234生物種ゲノムの全ORFを構造既知のタンパク質の立体構造に帰属したデータベースシステムです。

【NBDCヒトデータベース】鹿児島大学大学院 医歯学総合研究科 発生発達成育学講座 小児外科学分野からの制限公開データ(Type I)を公開しました(hum0008)

研究題目:ヒルシュスプルング病およびヒルシュスプルング類縁疾患の遺伝要因および発症機構解明に関する研究
からの制限公開データを公開しました。 研究内容はこちら

当該データの利用には、データ利用申請が必要です。申請の際には、NBDCヒトデータ共有ガイドラインおよびNBDCヒトデータ取扱いセキュリティガイドラインを熟読してください。

【NBDCヒトデータベース】制限公開データ1件が追加されました(hum0094.v2)

肺腺癌43症例のデータ(JGAS00000000105)をhum0094(研究題目:悪性腫瘍のゲノム・エピゲノム解析による病態解明)に追加しました。研究内容はこちら

当該データの利用には、データ利用申請が必要です。申請の際には、NBDCヒトデータ共有ガイドラインおよびNBDCヒトデータ取扱いセキュリティガイドラインを熟読してください。

トーゴーの日シンポジウム2017の講演動画と講演スライドを公開しました。

「トーゴーの日シンポジウム2017 ~バイオデータベース:「作る」から「使う」へ~」(2017年10月4日・10月5日)の講演動画と講演スライドを公開しました。

講演動画/講演スライド

【NBDCヒトデータベース】東京大学大学院 医学系研究科 からの非制限公開データを公開しました(hum0072)

研究題目:ナルコレプシーおよび各種睡眠障害の感受性遺伝子の同定と機能解析
からの非制限公開データを公開しました。 研究内容はこちら

当該データ利用の際には、NBDCヒトデータ共有ガイドラインおよびNBDCヒトデータ取扱いセキュリティガイドラインを熟読してください。

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