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第91回日本生化学会大会でシンポジウムを開催します(2018年9月25日)

第91回日本生化学会大会(2018年9月24日~26日、国立京都国際会館)において、日本生化学会とNBDCの共催企画として、シンポジウム「統合データベース講習会:生命科学分野のデータベースとツールを使いこなす」を開催します。生命科学の研究者の方にすぐに使っていただけるデータベースやツールをご紹介します。

JBS-NBDC共催企画
統合データベース講習会:生命科学分野のデータベースとツールを使いこなす

日時 :2018年9月25日(火)12:45~14:45
会場 :国立京都国際会館 第3会場(B-2)
セッション番号:2S03a
詳細URL:https://events.biosciencedbc.jp/exhibition/jbs2018

【NBDCヒトデータベース】制限公開データが追加されました(hum0014.v10)

BBJ第1コホート1026名の全ゲノムシークエンスデータ(JGAD00000000220)をhum0014(研究題目:オーダーメイド医療の実現プログラム)に追加しました。研究内容はこちら

当該データの利用には、データ利用申請が必要です。申請の際には、NBDCヒトデータ共有ガイドラインおよびNBDCヒトデータ取扱いセキュリティガイドラインを熟読してください。

【生命科学系データベースアーカイブ】「医学・薬学予稿集全文データベース」 (ライフサイエンス統合データベースセンター 川本祥子准教授)を追加しました。

「医学・薬学予稿集全文データベース」は、医学・薬学関係の学会や研究会、医師会の年会・大会・集会の予稿集に掲載された記事の書誌情報とスキャン画像のデータベースです。

医学・薬学予稿集全文データベース アーカイブ

生命科学系データベースアーカイブ

【NBDCヒトデータベース】非制限公開データ2件が追加されました(hum0014.v9)

初潮年齢データを有する女性67,029名および閉経年齢データを有する女性43,861名のゲノムワイド関連解析データ(hum0014.v9.Men.v1、hum0014.v9.MP.v1)をhum0014(研究題目:オーダーメイド医療の実現プログラム)に追加しました。研究内容はこちら

当該データの利用の際には、NBDCヒトデータ共有ガイドラインおよびNBDCヒトデータ取扱いセキュリティガイドラインを熟読してください。

「トーゴーの日シンポジウム2018 ~バイオデータベース:つないで使う~」(2018年10月5日)の参加申し込みを開始しました。

NBDCでは2011年4月よりわが国のライフサイエンス研究を推進するために、データベースをつなげて使いやすくする事業(ライフサイエンスデータベース統合推進事業)を推進しています。この事業の一環として、NBDCでは、ライフサイエンスデータベースに関するサービス提供と研究開発を行ってきました。特に、研究開発においてはこれまで、1)高度なデータベース検索プラットフォームの構築、新しいツールの提供、さらには、生命科学系コンテンツをウェブ上で分散した状態で統合的に扱うための技術開発、2)分野(ゲノム、エピゲノム、プロテオーム、メタボローム、グライコーム等)ごとに産出される情報を網羅的に収集して整理することによって、生命科学のさまざまな領域の知識を集積する生命科学系コンテンツに関するプログラムを支援してきました。
 これらの活動に関する発表を行うと同時に、ライフサイエンス分野のデータ統合にまつわる問題をともに考え、議論を深めるために、NBDCでは10月5日を「トーゴーの日」として毎年シンポジウムを開催しています。
 2018年度は、データベースの高度な利用法として複数のデータベースを連携させる活用法や活用事例の紹介を医学に関連する生命科学データベースを中心に行うほか、データの共有と活用に関する話題として、個人情報保護に配慮したデータ共有の考え方や先端IT技術の動向等についての講演を予定しています。また、国内の生命科学分野のデータベース関係者のポスター発表や、ワークショップを予定しており、当該分野におけるデータベースの開発・運用・利活用について活発な情報交換や議論が行われる場となることを期待して、「トーゴーの日シンポジウム2018 ~バイオデータベース:つないで使う~」を開催いたします。

 たくさんの皆さまのご参加をお待ちしています。

日時:2018年10月5日(金)10:00~17:40
会場:日本科学未来館7階(東京都江東区)
参加費:無料
応募方法:シンポジウムサイトの参加登録よりお申し込みください。
(申込締切:9月24日(月)まで)
問い合わせ先:シンポジウム事務局(株式会社クバプロ内)
togo2018[AT]kuba.jp
([AT]を @ にかえて下さい)

【横断検索】「生命科学データベース横断検索」から7件のDBが追加で検索できるようになりました。

「生命科学データベース横断検索」から7件のDBが追加で検索できるようになりました。
  • 「ライフサイエンス 新着論文レビュー[アーカイブデータ]」:日本人を著者とする生命科学分野の論文について、論文の著者自身の執筆による日本語のレビューを公開するサービスです。・Nature、Science、Cellなどに代表されるトップジャーナルに掲載された生命科学分野の原著論文のうち、筆頭著者が日本人である論文をいち早くとりあげます。論文の出版から1か月以内の公開を目標とし、遅くとも2か月以内には公開します。2010年9月のサービス開始からこれまでに約1,000本のレビューを公開しています。・広く生命科学全般にかかわる教員・研究者および大学院生・学生を対象とし、専門の異なる読者にも論文の先進性およびおもしろさがわかるよう、結果・結論ばかりでなく、前提となる研究の経緯・バックグラウンド、将来の展望などもあわせて示すようにしています。・原稿そのままではなく、生命科学を専門とする編集者がきちんとした編集作業を行っています。・サイエンスコミュニティの共有物として、クレジットの明記を条件に、転載・改変・再利用(営利目的での二次利用も含め)を自由に行えます。高解像度の図をJPEGファイルとしてダウンロードでき、講義や講演、論文などの著作物に自由に利用することができます。
  • 「ライフサイエンス 領域融合レビュー[アーカイブデータ]」:生命科学分野における最新の研究成果について、第一線の研究者の執筆による日本語のレビューを公開するサービスです。・日本分子生物学会、日本蛋白質科学会、日本細胞生物学会、日本植物生理学会 との協力のもと、ある学問分野・領域を広く総合的にとりあげる比較的長いレビューを公開・出版するものです。執筆者・執筆テーマの選定は、それぞれの学会から推薦された編集委員により構成される編集委員会において行います。原稿は、編集委員会の指名した1名以上の査読者により査読をうけ、必要に応じ加筆あるいは改稿のうえ原稿受理とします。2012年9月のサービス開始からこれまでに約60本のレビューを公開しています。・広く生命科学全般にかかわる教員・研究者および大学院生・学生を対象とし、専門の異なる読者にも論文の先進性およびおもしろさがわかるよう、結果・結論ばかりでなく、前提となる研究の経緯・バックグラウンド、将来の展望などもあわせて示すようにしています。・原稿そのままではなく、生命科学を専門とする編集者がきちんとした編集作業を行っています。・サイエンスコミュニティの共有物として、クレジットの明記を条件に、転載・改変・再利用(営利目的での二次利用も含め)を自由に行えます。高解像度の図をJPEGファイルとしてダウンロードでき、講義や講演、論文などの著作物に自由に利用することができます。
  • 「J-CHECK: Japan chemical collaborative knowledge database 」:J-CHECKは、「化学物質の審査及び製造等の規制に関する法律」にかかわる厚生労働省、経済産業省及び環境省が、化学物質の安全性情報の発信基盤の充実・強化を目指して化学物質の安全性情報を広く国民に発信するため作成するものです。化審法対象物質リストの他、公示物質や既存化学物質、届出不要物質のリスト、国が保有する化学物質の有害性情報等を収録しています。CAS番号、化学物質名称、法規制分類などによる検索が可能です。
  • 「NITE-CHRIP: NITE Chemical Risk Information Platform」:化学物質の番号や名称等から、国内外の法規制情報及び国内外の機関による有害性情報、リスク評価情報等を検索することができるシステムです。
  • 「微生物有害情報リスト」:微生物(細菌、真菌)の危険度/有害性の判断基準となる国内外の情報を一元化したリストです。 各微生物のバイオセーフティーレベル(BSL)分類や国内法規制の適用の有無などの情報を、学名(旧名、異名を含む)から検索することが可能です。 Web版の他に、ダウンロード可能なExcel版が搭載されています。
  • 「MiFuP Safety 」:微生物のゲノム情報から有害性に関わる遺伝子を検索し、微生物の有害性を推定するデータベースです。 微生物ゲノムの塩基配列又はアミノ酸配列を入力し検索すると、その配列中に有害性(毒素生産や薬剤耐性等)に関わる遺伝子領域が含まれていないか検出し、対象の微生物が有害性機能を有するかどうかを推定できます。
  • 「AJCSD: ASEAN-Japan Chemical Safety Database」:日ASEAN化学物質管理データベース(ASEAN-Japan Chemical Safety Database : AJCSD)は、日ASEAN経済産業協力委員会(AMEICC)化学ワーキンググループ(WG-CI)の合意に基づき、日本とASEAN各国が共同で構築したデータベースです。ASEAN各国の化学物質の規制情報や有害性情報、GHS分類結果、サンプルSDS等を収載しています。

【NBDCブログ】新着記事「Japan Open Science Summit 2018発表報告」を掲載しました。

NBDCブログに新着記事「Japan Open Science Summit 2018発表報告」を掲載しました。

2018年6月18・19日に学術総合センター(東京都千代田区)にて行われたJapan Open Science Summit(JOSS) 2018において、NBDCの八塚研究員が発表した内容を紹介する記事です。

信頼できる研究データリポジトリを認定するための仕組みや、リポジトリの信頼性を高めるために必要とされるアイテム等について、ご興味のある方はぜひご覧ください。

なお、JOSS2018においてNBDCが企画したセッション「ライフサイエンス分野におけるデータの共有」については、7/11付の新着情報にて開催報告を行っています。

【NBDCヒトデータベース】九州大学病院 別府病院 外科 からの制限公開データ(Type I)を公開しました(hum0095)

研究題目:大腸前がん病変および早期大腸がんにおける遺伝子解析および発がん機序の解明
からの制限公開データを公開しました。 研究内容はこちら

当該データの利用には、データ利用申請が必要です。申請の際には、NBDCヒトデータ共有ガイドラインおよびNBDCヒトデータ取扱いセキュリティガイドラインを熟読してください。

統合データベース講習会:AJACS番町1(2018年8月29日)の受講申し込みを開始しました。

AJACS番町1ポスター統合データベース講習会:AJACSは、生命科学分野のデータベースやツールの使い方、データベースを統合する活動を紹介する初心者向けの講習会です。生命科学分野のデータベースを利用したい、研究に役立てたい方はどなたでもご参加いただけます。たくさんの皆さまのご参加をお待ちしています。

  • 日時:2018年8月29日(水)9:30-17:20
  • 会場:科学技術振興機構 東京本部(サイエンスプラザ)B1大会議室
    (東京都千代田区四番町5-3)
  • 定員:約100名
  • 参加費:無料
  • 応募方法:募集ページの応募フォームよりお申し込みください。
    (申込締切:8月21日(火)12:00)
  • 問い合わせ先:統合データベース講習会事務局(AJACS[AT]biosciencedbc.jp)
    ([AT]を @ にかえて下さい)

【メンテナンス】2018年8月7日(火)10:00~8月8日(水)18:00の間、integbio.jpおよびHOWDY-Rが停止します。

【メンテナンス】2018年8月7日(火)10:00~8月8日(水)18:00の間、Webサーバメンテナンスのため以下のサービスがご利用できなくなります。

  • integbio.jp: 4省合同ポータルサイト
  • HOWDY-R: Human Organized Whole Genome Database
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