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第91回日本生化学会大会で開催したシンポジウム「生命科学分野のデータベースとツールを使いこなす」の資料を公開しました。

第91回日本生化学会大会において、日本生化学会とNBDCの共催企画として開催したシンポジウム「統合データベース講習会:生命科学分野のデータベースとツールを使いこなす」(2018年9月25日)の講演動画および発表スライドを公開しました。

発表内容

  • 「データベースを使いやすく」:NBDCのサービス紹介と目指すデータベース統合の形
  • ゲノム医科学に必要な情報基盤としての日本人ゲノムデータベース
  • 今日から使える遺伝子発現データ解析ツールの紹介
  • 文献情報関連サービス活用法

詳細はイベントのページからご覧ください。

国際開発者会議 BioHackathon 2018 参加登録受付中

biohackathon 2018NBDCとDBCLS(ライフサイエンス統合データベースセンター)では、第11回 国際開発者会議 BioHackathon 2018を松江市にて開催します。BioHackathon(バイオハッカソン)とは、生命科学分野のデータベース統合のための技術基盤を確立することを目的に、世界中から研究開発者が集まり、合宿形式で情報交換と技術開発を行う国際会議です。現在、ウェブサイトの登録フォームより参加登録受付中です(11月11日まで)。皆さまのご参加をお待ちしております。

BioHackathon 2018

  • 公開シンポジウム
    日程:2018年12月9日(日)
    会場:ホテル一畑(島根県松江市)
  • ハッカソン
    日程:2018年12月10日(月)-15日(土)
    会場:ホテル一畑(島根県松江市)
  • ウェブサイト
    http://2018.biohackathon.org/

第3回RDF講習会を開催します(2018年11月1日)

NBDCとライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)では、RDF*形式によるデータ統合を推進しています。その一環として、今年も「RDF講習会」を開催します。今回のテーマは~RDFの作り方~です。ふるってご参加ください。

  • 日時:2018年11月1日(木)10:00~16:00
  • 会場:JST東京本部別館2階会議室A(東京都千代田区五番町7)
  • 参加費:無料
  • 申込み方法:参加登録ページからお申込みください。(申込締切:10月29日(月)24:00まで)
  • 主催:情報・システム研究機構ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)
    共催:科学技術振興機構(JST)バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)
  • 問い合わせ先:NBDC 統合データベース講習会事務局(AJACS[AT]biosciencedbc.jp)([AT]を @ にかえてください)

詳細はRDF講習会ウェブサイトをご覧ください。

*RDF(Resource Description Framework):ウェブ上の情報を機械可読にするための記述方法の一つ

【統合化推進プログラム】jPOST の最新論文が公開されました

2018年10月9日、京都大学の石濱 泰教授らは、jPOST プロジェクトの最新論文をNucleic Acids Research誌で公開しました。
プロテオーム測定データのリポジトリの最新状況と、2018年3月公開の横断的再解析データベースについて紹介しています。

○論文情報
The jPOST environment: an integrated proteomics data repository and database
Yuki Moriya  Shin Kawano  Shujiro Okuda  Yu Watanabe  Masaki Matsumoto Tomoyo Takami  Daiki Kobayashi  Yoshinori Yamanouchi  Norie Araki  Akiyasu C Yoshizawa Tsuyoshi Tabata  Mio Iwasaki  Naoyuki Sugiyama  Satoshi Tanaka  Susumu Goto Yasushi Ishihama
Nucleic Acids Research, gky899, https://doi.org/10.1093/nar/gky899
Published: 08 October 2018

○データベース情報
jPOST
概要
オリジナルサイト

○研究開発課題の概要
プロテオーム統合データベースの構築
研究代表者  石濱 泰(京都大学 大学院薬学研究科・教授)

○関連するお知らせ
2018年3月27日 【統合化推進プログラム】jPOST databaseが公開されました
2017年1月16日 【統合化推進プログラム】jPOSTの論文が公開されました

【NBDCヒトデータベース】制限公開データ1件が追加されました(hum0014.v11)

乳癌7,104症例と対照者23,731名の遺伝性乳癌原因11遺伝子翻訳領域のターゲットシークエンスデータ(JGAD00000000209)をhum0014(研究題目:オーダーメイド医療の実現プログラム)に追加しました。研究内容はこちら

当該データの利用には、データ利用申請が必要です。申請の際には、NBDCヒトデータ共有ガイドラインおよびNBDCヒトデータ取扱いセキュリティガイドラインを熟読してください。

【NBDCブログ】新着記事「【プログラミングなし】ワードクラウドで「トーゴーの日シンポジウム」のキーワードを可視化する方法」を掲載しました。

NBDCブログに新着記事「【プログラミングなし】ワードクラウドで「トーゴーの日シンポジウム」のキーワードを可視化する方法」を掲載しました。

トーゴーの日シンポジウム2018」のポスター発表を題材として、プログラミングの知識がない方でも、ウェブツールと一般的なオフィスソフトのみを使って、ワードクラウドを手軽に作成できる方法を紹介する記事です。

 テキストデータからのキーワードの可視化に興味をお持ちの方は、ぜひご覧ください。

 

日本人類遺伝学会第63回大会でセミナーを開催します(2018年10月11日)

日本人類遺伝学会第63回大会(2018年10月10日~13日、パシフィコ横浜)において、10月11日(木)、スポンサードセミナー「『NBDCヒトデータベース』と『TogoVar』:人類遺伝学研究への貢献を目指して」を開催します。また、10月11日から13日まで、会場にてブースを出展します。

スポンサードセミナー
『NBDCヒトデータベース』と『TogoVar』:人類遺伝学研究への貢献を目指して

日時 :2018年10月11日(木)15:30~16:30
会場 :パシフィコ横浜会議センター 第3会場(3階 303)
詳細URL:https://events.biosciencedbc.jp/exhibition/jshg63

統合データベース講習会:AJACS蝦夷4(2018年11月9日)の受講申し込みを開始しました。

AJACS番町1ポスター統合データベース講習会:AJACSは、生命科学分野のデータベースやツールの使い方、データベースを統合する活動を紹介する初心者向けの講習会です。生命科学分野のデータベースを利用したい、研究に役立てたい方はどなたでもご参加いただけます。たくさんの皆さまのご参加をお待ちしています。

  • 日時:2018年11月9日(金)10:00-16:10
  • 会場:札幌医科大学医学部 教育研究棟I D302講義室
    札幌市中央区南1条西17丁目
  • 定員:約50名
  • 参加費:無料
  • 応募方法:募集ページの応募フォームよりお申し込みください。
    (申込締切:10月31日(水)12:00)
  • 問い合わせ先:統合データベース講習会事務局(AJACS[AT]biosciencedbc.jp)
    ([AT]を @ にかえて下さい)

【メンテナンス】2018年10月10日(水)10:00~10月11日(木)18:00の間、生命科学系データベースアーカイブのフロントページ及びIntegbioデータベースカタログが停止します。

【メンテナンス】2018年10月10日(水)10:00~10月11日(木)18:00の間、Webサーバメンテナンスのため以下のサービスがご利用できなくなります。

  • 生命科学系データベースアーカイブフロントページ
  • Integbioデータベースカタログ
なお、生命科学系データベースアーカイブの以下の各サービスは上記期間中もご利用いただけますので、下記リンクから直接アクセスしてください。 ご迷惑をおかけしますが、ご理解とご協力をお願いいたします。

【NBDCヒトデータベース】非制限公開データ1件が追加されました(hum0074.v2)

インターフェロン治療によるC型肝炎ウイルス排除(SVR)後の肝発癌:治療終了後1年以上経過して肝癌を発症した群(123例) vs. 治療終了後5年以上経過して肝癌を発症していない群(333例)のゲノムワイド関連解析データ(hum0074.v2.hcc.v1)をhum0074(研究題目:テーラーメイド医療を目指した肝炎ウイルスデータベース構築に関する研究)に追加しました。研究内容はこちら

当該データの利用の際には、NBDCヒトデータ共有ガイドラインおよびNBDCヒトデータ取扱いセキュリティガイドラインを熟読してください。

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