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【統合化推進プログラム】jPOSTの論文が公開されました。

 京都大学 大学院薬学研究科 石濱 泰教授らによる、jPOSTrepoの論文が公開されました。

論文情報
 jPOSTrepo: an international standard data repository for proteomes
 Shujiro Okuda, Yu Watanabe, Yuki Moriya, Shin Kawano, Tadashi Yamamoto, Masaki Matsumoto, Tomoyo Takami, Daiki Kobayashi, Norie Araki, Akiyasu C. Yoshizawa, Tsuyoshi Tabata, Naoyuki Sugiyama, Susumu Goto and Yasushi Ishihama
 http://nar.oxfordjournals.org/content/45/D1/D1107

データベース情報
 jPOSTrepo (Japan ProteOme STandard Repository)
 https://repository.jpostdb.org/
 国内外に散在している種々のプロテオーム情報を標準化・統合・一元管理し、データベース化するjPOSTのレポジトリーパートです。MSのraw/processed dataを、プロジェクトタイトル、説明、キーワード、PubMed IDなどプロジェクトの基礎データを付けて登録することができます。登録データは論文にも記載できるunique identifer numberを付与されます。関連論文が公開されるまで登録した情報を非公開にすることも可能です。

研究開発課題の概要
 研究開発課題 プロテオーム統合データベースの構築
 研究代表者  石濱 泰
 所属・役職  京都大学 大学院薬学研究科 教授

【生命科学系データベースアーカイブ】「NBDC NikkajiRDF」 (国立研究開発法人 科学技術振興機構)のデータを更新しました。

「NBDC NikkajiRDF」は日本化学物質辞書(日化辞)のデータを化合物情報のRDF記述で標準となっているオントロジーを用いてRDF化したデータベースです。

今回の更新では、「日化辞と他のDBのリンク情報のRDFデータ(UniChem由来)」 および 「日化辞と他のDBのリンク情報のRDFデータ(PubChem由来)」について、データを更新しました。

NBDC NikkajiRDF アーカイブ

生命科学系データベースアーカイブ

【NBDCヒトデータベース】 東京医科歯科大学 医歯学総合研究科(医系)分子腫瘍医学からの制限公開データ(Type I )を公開しました(hum0041)

研究題目:肝胆膵癌の早期発見、進行、予後予測、治療効果予測に関わる因子の研究
からの制限公開データを公開しました。 研究内容はこちら

当該データの利用には、データ利用申請が必要です。申請の際には、NBDCヒトデータ共有ガイドラインおよびNBDCヒトデータ取扱いセキュリティガイドラインを熟読してください。

【NBDCヒトデータベース】 大阪大学大学院 医学系研究科 外科学講座 消化器外科学 からの制限公開データ(Type I )を公開しました(hum0039)

研究題目:消化管間質腫瘍のチロシンキナーゼ阻害剤に対する獲得耐性機構の解明 からの制限公開データを公開しました。 研究内容はこちら

当該データの利用には、データ利用申請が必要です。申請の際には、NBDCヒトデータ共有ガイドラインおよびNBDCヒトデータ取扱いセキュリティガイドラインを熟読してください。

【生命科学系データベースアーカイブ】「FANTOM5」 (理化学研究所)のデータを更新しました。

「FANTOM5」はヒトやマウスの様々な細胞種における転写産物や転写因子の活性に関するデータベースです。

今回の更新では、以下の6つのデータを新たに追加しました。

また、以下の2つのデータを更新しました。

FANTOM5 アーカイブ

生命科学系データベースアーカイブ

トーゴーの日シンポジウム2016の講演動画と講演スライドを公開しました。

「トーゴーの日シンポジウム2016~統合データベース、実りの時へ~」(2016年10月5日・10月6日)の講演動画と講演スライドを公開しました。

講演動画/講演スライド(10月5日)
講演動画/講演スライド(10月6日)

【NBDCヒトデータベース】 東京医科歯科大学大学院 脳神経病態学分野(神経内科) からの制限公開データ(Type I )を公開しました(hum0069)

研究題目:神経筋疾患、ウイルス性疾患におけるRNA発現プロファイル解析
からの制限公開データを公開しました。 研究内容はこちら

当該データの利用には、データ利用申請が必要です。申請の際には、NBDCヒトデータ共有ガイドラインおよびNBDCヒトデータ取扱いセキュリティガイドラインを熟読してください。

統合化推進プログラムの研究開発課題の平成29年度公募を開始しました。

統合化推進プログラムの研究開発課題の平成29年度公募を本日より開始いたしました。
詳細は、公募情報ページ をご覧ください。

平成28年度NGSハンズオン講習会の講義動画を公開しました。

平成28年度NGSハンズオン講習会(2016年7月19日~8月4日)の講義動画を公開しました。

詳細は→こちら

【生命科学系データベースアーカイブ】「PSCDB」(産業技術総合研究所 雨宮崇之研究員)を追加しました。

「PSCDB」は、タンパク質の立体構造変化とリガンド結合の関係を表したデータベースです。

PSCDB アーカイブ

生命科学系データベースアーカイブ