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第2回RDF講習会(2017年10月6日)を開催します。

NBDCとライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)では、RDF形式によるデータ統合を推進しており、2015年11月、NBDC RDF ポータルを公開しました。 昨年10月7日に、「第1回 RDF 講習会」としてRDF化への取り組みや、RDF関連技術について紹介しましたが、今年もトーゴーの日シンポジウム(10月4日・5日:NBDC主催)に合わせて「第2回 RDF 講習会」を開催します。今回のテーマは~RDFの作り方~です。ふるってご参加ください。
RDF(Resource Description Framework):ウェブ上の情報を機械可読にするための記述方法の一つ

  • 日時:2017年10月6日(金)10:00~16:00
  • 会場:JST東京本部別館2階会議室A-2(東京都千代田区五番町7)
  • 参加費:無料
  • 申込み方法:参加登録ページからの申込みとなります。
    (申込締切:10月2日(月)17:00まで)
  • 主催:情報・システム研究機構ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)
    共催:科学技術振興機構(JST)バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)
  • 問い合わせ先:NBDC 統合データベース講習会事務局(AJACS[AT]biosciencedbc.jp)([AT]を @ にかえて下さい)

詳細はRDF講習会ウェブサイトをご覧下さい。

【NBDCヒトデータベース】制限公開データ2件および非制限公開データ1件が追加されました(hum0014.v6)

158,284名のBMIゲノムワイド関連解析データ(hum0014.v6.158k.v1)、158,284名のBMIデータ(JGAD00000000124)、および182,505名のGenotypeデータ (JGAD00000000123)をhum0014(研究題目:オーダーメイド医療の実現プログラム)に追加しました。研究内容はこちら

当該データの利用の際には、NBDCヒトデータ共有ガイドラインおよびNBDCヒトデータ取扱いセキュリティガイドラインを熟読してください。
制限公開データの利用には、データ利用申請が必要です。

【NBDCヒトデータベース】東京大学大学院 医学系研究科 細胞情報学分野 からの制限公開データ(Type I)を公開しました(hum0094)

研究題目:悪性腫瘍のゲノム・エピゲノム解析による病態解明
からの制限公開データを公開しました。 研究内容はこちら

当該データの利用には、データ利用申請が必要です。申請の際には、NBDCヒトデータ共有ガイドラインおよびNBDCヒトデータ取扱いセキュリティガイドラインを熟読してください。

【プレス発表】遺伝子発現解析の基準となるデータを快適に検索できるウェブツール「RefEx」を開発

ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)の小野 浩雅 特任助教と坊農 秀雅 特任准教授による論文 RefEx, a reference gene expression dataset as a web tool for the functional analysis of genes がScientific Data誌に掲載されました。論文はオープンアクセスで、下記URLからご覧いただけます。
http://dx.doi.org/10.1038/sdata.2017.105

Ono H, Ogasawara O, Okubo K, Bono H
RefEx, a reference gene expression dataset as a web tool for the functional analysis of genes
Scientific Data, 4:170105
DOI: 10.1038/sdata.2017.105

詳細については報道発表資料PDFをご覧ください。

※本ツールはライフサイエンスデータベース統合推進事業の一環として、NBDCと DBCLS の共同研究により開発されたものです。

共同研究課題の概要
 課題名    統合データベースにおける基盤技術開発とデータベース運用に係る共同研究
 研究代表者  小原 雄治
 所属・役職  大学共同利用機関法人情報・システム研究機構データサイエンス共同利用基盤施設
        ライフサイエンス統合データベースセンター・センター長

【メンテナンス】2017年9月11日(月)09:00~18:00の間、生命科学横断検索とTogoProt、アーカイブとintegbio内の検索が停止します。

2017年9月11日(月)09:00~18:00の間、通信機器メンテナンスのため 以下のサービスがご利用できなくなります。

  • 生命科学データベース横断検索システム
  • TogoProt: 蛋白質関連データベース統合検索
  • 生命科学系データベースアーカイブ(アーカイブ内横断検索機能のみ)
  • integbio.jp: 4省合同ポータルサイト(トップページの検索機能のみ)
ご迷惑をおかけしますが、ご理解とご協力をお願いいたします。

【NBDCヒトデータベース】制限公開データ1件が追加されました(hum0006.v3)

グリオーマ(小脳17症例、視床14症例、大脳8症例)(JGAS00000000106)のデータをhum0006(研究題目:脳腫瘍のゲノム・遺伝子解析と その臨床病理学的意義の解明)に追加しました。研究内容はこちら

当該データの利用には、データ利用申請が必要です。申請の際には、NBDCヒトデータ共有ガイドラインおよびNBDCヒトデータ取扱いセキュリティガイドラインを熟読してください。

サイトポリシー改定のお知らせ

2017年8月21日付でサイトポリシーを改定しますので、お知らせいたします。
改定箇所は以下をご覧ください。
 改定する条文の新旧対照表

本件についてのお問い合わせ等は、以下のフォームをご利用ください。
 お問い合わせ・ご意見・ご要望フォーム

「トーゴーの日シンポジウム2017 ~バイオデータベース:「作る」から「使う」へ~」(2017年10月4日・10月5日)の参加申し込みを開始しました。

 NBDCでは、2011 年4 月よりわが国のライフサイエンス研究を推進するために、データベースをつなげて使いやすくする事業(ライフサイエンスデータベース統合推進事業)を推進しています。この事業の一環として、NBDC では、ライフサイエンスデータベースに関するサービス提供と研究開発を行ってきました。特に、研究開発においてはこれまで、1)高度なデータベース検索プラットフォームの構築、新しいツールの提供、さらには、生命科学系コンテンツをウェブ上で分散した状態で統合的に扱うための技術開発、2)分野(ゲノム、エピゲノム、プロテオーム、メタボローム、グライコーム等)ごとに産出される情報を網羅的に収集して整理することによって、生命科学のさまざまな領域の知識を集積する生命科学系コンテンツに関するプログラムを支援してきました。
 これらの活動に関する発表を行うと同時に、ライフサイエンス分野のデータ統合にまつわる問題をともに考え、議論を深めるために、NBDC では毎年10 月5 日を「トーゴーの日」としてシンポジウムを開催しています。
 2017 年度は、生命科学系コンテンツに関するプログラム(統合化推進プログラム)から新規採択課題を含む9 件の研究紹介を行うとともに、データベースの統合および利活用に関する各分野の先生方のご講演や、データベース利用者の方々による活用事例のご発表を予定しています。また、国内の生命科学分野のデータベース関係者に広く呼びかけ、ポスター発表を募集することによって、当該分野におけるデータベースの開発・運用・利活用について活発な情報交換や議論が行われる場となることを期待して、「トーゴーの日シンポジウム2017 ~バイオデータベース:「作る」から「使う」へ~」を2 日間にわたり開催いたします。

 たくさんの皆さまのご参加をお待ちしています。

  • 日時:2017年10月4日(水)12:45~17:40
    10月5日(木)09:45~16:25
  • 会場:東京大学弥生講堂 一条ホール、アネックス(東京都文京区)
  • 参加費:無料
  • 応募方法:シンポジウムサイトの参加登録よりお申し込みください。
    (申込締切:9月24日(日)まで)
  • 問い合わせ先:シンポジウム事務局(株式会社ディーワークス内)
    togo2017 [AT] d-wks.net
    ([AT]を @ にかえて下さい)

 

第10回 国際開発者会議 BioHackathon 参加登録受付中!(8月10日まで)

biohackathon 2017NBDCとDBCLS(ライフサイエンス統合データベースセンター)では、第10回 国際開発者会議 BioHackathon*を開催します。現在、ウェブサイトの登録フォームより参加登録受付中です(8月10日まで)。皆さまのご参加をお待ちしております。

    • 公開シンポジウム
      日程:2017年9月9日(土)-10日(日)
      会場:JSTサイエンスプラザ(東京都千代田区)
    • ハッカソン
      日程:2017年9月11日(月)-16日(土)
      会場:ホテル大観(岩手県盛岡市)

*国際開発者会議 BioHackathon(バイオハッカソン)とは、先端技術を用いてシステムやプログラム開発を行っている現場の研究開発者が参集し、合宿形式で分野横断的に問題解決にあたる、ユニークな形式の国際会議です。

NBDCパンフレット(英語版)を更新しました。

NBDCパンフレット(英語版)を更新しました。