AJACS「空間トランスクリプトーム解析を知って・学んで・使う」
- 参加受付中
「データ解析講習会：AJACS（あじゃっくす）」は、生命科学におけるデータ解析の入り口を提供します。
空間トランスクリプトーム解析は、組織切片などの画像内の位置情報と紐づけて網羅的な遺伝子発現情報を取得する手法です。本講習会では、空間トランスクリプトーム解析の基礎、「DeepSpaceDB」を含む公共データベースの特徴や利用方法に加え、SpatialKNifeY (SKNY) を用いた腫瘍微小環境における解析実例を紹介します。
プログラミング経験のない方、公共の空間トランスクリプトームデータを比較・解析してみたい方に加え、ご自身で解析に踏み出したい方、「空間トランスクリプトーム・データの読み取り方や解析手法の概略を知りたい」、「公共データベースの所在や特徴を知りたい」といった方を対象とします。
お知らせ
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2025年11月11日プログラム詳細を公開し、受講登録の受付を開始しました。
プログラム
| 13:30～13:40 | NBDCの紹介 |
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13:40～14:00 |
Python による空間解析 酒井 俊輔氏 (東京大学) |
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14:00～15:00 |
R を用いた空間解析の基礎と空間データ ベースの紹介 VANDENBON Alexis氏 (京都大学) まず、R を用いた空間トランスクリプトミクス解析の基礎から応用までを紹介します。空間遺伝子発現データの可視化・クラスタリング・空間的パターン解析など、代表的な R パッケージを用いた解析手法を解説します。また、空間トランスクリプトミクス関連データベースの概要を紹介し、最後に講師が開発した空間データベース DeepSpaceDB の機能と活用例を示します。本講義を通じて、参加者は空間トランスクリプトミクス解析の基本的な流れを理解し、主要な R ツールを用いたデータ解析 や公開データベースの活用方法を身につけることを目指します。 |
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15:10～15:50 |
解析事例（腫瘍微小環境/SKNY） 酒井 俊輔氏 (東京大学) 空間オミクス解析/シングルセル解析に関連する複数のライブラリ (scanpy、stlearn、squidpy) を組み合わせた解析事例を紹介します。また、がん胞巣や血管性ニッチェなどの局所的な微小環境解析に特化したアルゴリズムSpatialKNifeY (SKNY) を紹介します。 |
講義動画は後日公開予定です。
開催概要
| 日時 | 2025年12月18日 (木) 13:30-15:50 |
|---|---|
| 開催方法 |
Zoomウェビナーによるライブ配信 |
| 参加費 | 無料 |
| 主催 | 国立研究開発法人科学技術振興機構（JST） |
| 共催 | 大学共同利用機関法人情報・システム研究機構 データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS） |
| 問合せ先 |
AJACS[AT]biosciencedbc.jp |
