catch phrase
文字サイズ変更  font-L font-M font-S

NBDCブログを開設しました。第1回の記事は「あなたのデータは「よそ行き」ですか?」です。

6月6日 NBDCブログ を開設しました。
生命科学分野のデータベースの構築・利活用に関する実施事例やTipsのほか、ホットな話題に関する簡単な解説など、気軽に楽しんでいただける記事を発信していきます。

第1回の記事は「あなたのデータは「よそ行き」ですか?」です。

生命科学分野において研究データをリポジトリ等で公開することが当たり前になりつつあるなか、研究過程で産生されたままの「普段着」のデータを、利用者にとって理解しやすい「よそ行き」のデータにするにはどういった工夫が必要か、NBDC研究員が解説する記事です。

【生命科学系データベースアーカイブ】「科学技術用語形態素解析辞書」 (バイオサイエンスデータベースセンター)を追加しました。

「科学技術用語形態素解析辞書」は、JSTシソーラスの見出し語と同義語を、形態素解析エンジンMeCabのユーザー辞書として使える形にしたものです。

科学技術用語形態素解析辞書 アーカイブ

生命科学系データベースアーカイブ

【NBDCヒトデータベース】金沢大学 医薬保健研究域 医学系 細胞移植学講座 からの制限公開データ(Type I)を公開しました(hum0097)

研究題目:骨髄不全症候群における血球の質に関する検討
からの制限公開データを公開しました。 研究内容はこちら

当該データの利用には、データ利用申請が必要です。申請の際には、NBDCヒトデータ共有ガイドラインおよびNBDCヒトデータ取扱いセキュリティガイドラインを熟読してください。

統合データベース講習会:AJACS越後(2018年6月26日-27日)の受講申し込みを開始しました。

AJACS越後ポスター統合データベース講習会:AJACSは、生命科学分野のデータベースやツールの使い方、データベースを統合する活動を紹介する初心者向けの講習会です。生命科学分野のデータベースを利用したい、研究に役立てたい方はどなたでもご参加いただけます。たくさんの皆さまのご参加をお待ちしています。

  • 日時:2018年6月26日(火)10:00-16:10、6月27日(水)10:00-16:40
  • 会場:新潟大学理学部マルチメディア教室
    (新潟市西区五十嵐2の町8050 理学部棟A518)
  • 定員:約50名
  • 参加費:無料
  • 応募方法:募集ページの応募フォームよりお申し込みください。
    (申込締切:6月18日(月)12:00まで)
  • 問い合わせ先:統合データベース講習会事務局(AJACS[AT]biosciencedbc.jp)
    ([AT]を @ にかえて下さい)

【NBDCヒトデータベース】国立国際医療研究センター からの非制限公開データを公開しました(hum0136)

研究題目:B型肝炎に関する統合的臨床ゲノムデータベースの構築を目指す研究
からの非制限公開データを公開しました。 研究内容はこちら

当該データ利用の際には、NBDCヒトデータ共有ガイドラインおよびNBDCヒトデータ取扱いセキュリティガイドラインを熟読してください。

【生命科学系データベースアーカイブ】「NBDC NikkajiRDF」 (国立研究開発法人 科学技術振興機構)のデータを更新しました。

「NBDC NikkajiRDF」は日本化学物質辞書(日化辞)のデータを化合物情報のRDF記述で標準となっているオントロジーを用いてRDF化したデータベースです。

今回の更新では、以下のデータを更新しました。

NBDC NikkajiRDF アーカイブ

生命科学系データベースアーカイブ

【2017NGSハンズオン講習会】実施報告書を公開しました

2017年8月28日~9月1日に開催した「NGSハンズオン講習会」の実施報告書を公開しました。
各日の講義概要、受講者を対象としたアンケートの結果などを掲載しています。

2017NGSハンズオン講習会 実施報告書
https://biosciencedbc.jp/gadget/human/h29_ngs_report.pdf

講習会の概要:
2017年度NGSハンズオン講習会
https://biosciencedbc.jp/human/human-resources/workshop/h29
会場: 東京大学農学部2号館2階第1講義室
日時: 2017年8月28日(月) ~ 9月1日(金) 10:30-18:15
※上記ページにて講義資料・動画を掲載しています。

なお、NGSハンズオン講習会は、今年度以降実施いたしません。

本講習会は、東京大学の門田特任准教授との共同研究に基づき、2014年から実施してまいりました。4カ年度でのべ381名に受講いただき、毎回好評いただきました。
受講者の皆様および講習会開催にご尽力頂いた皆様方に、この場を借りて御礼申し上げます。

これまでに実施した講義の資料や動画は今後も以下からご参照頂けますので、ぜひご活用ください。
https://biosciencedbc.jp/human/human-resources/workshop/

また、NBDCではNGS解析に限らず、ライフサイエンス関連のデータベースや解析ツールについての講習会を開催しています。最新情報は以下に掲載していますので、近隣で開催する際には、ぜひお立ち寄りください。
https://events.biosciencedbc.jp/

【NBDCヒトデータベース】(独)国立病院機構 名古屋医療センター 臨床研究センター 感染・免疫研究部 からの制限公開データ(Type I)を公開しました(hum0101)

研究題目:EBウイルス関連リンパ腫を発症した原発性免疫不全症候群の原因遺伝子探索に関する研究
からの制限公開データを公開しました。 研究内容はこちら

当該データの利用には、データ利用申請が必要です。申請の際には、NBDCヒトデータ共有ガイドラインおよびNBDCヒトデータ取扱いセキュリティガイドラインを熟読してください。

【NBDCヒトデータベース】横浜市立大学大学院医学研究科・泌尿器科学 からの制限公開データ(Type I)を公開しました(hum0070)

研究題目:バート・ホッグ・デュベ症候群の分子病態解明と新規の診断マーカーおよび治療標的分子の探索研究
からの制限公開データを公開しました。 研究内容はこちら

当該データの利用には、データ利用申請が必要です。申請の際には、NBDCヒトデータ共有ガイドラインおよびNBDCヒトデータ取扱いセキュリティガイドラインを熟読してください。

【イベント】ワークショップ「International Proteogenome Workshop 2018」5月19日(京都市)

2018年5月19日(土)、京都大学 藤多記念ホールにて「International Proteogenome Workshop in Kyoto」が開催されます。

本ワークショップでは、jPOSTも加盟する国際コンソーシアムProteomeXchangeのメンバーおよび国際的な大規模データ生産プロジェクトInternational Cancer Proteogenome Consortium メンバーを迎え、アジア・オセアニア地域におけるがんプロテオゲノミクス研究の現状や、プロテオゲノミクス分野におけるバイオインフォマティクスの現状を議論します。
本ワークショップは日本質量分析学会・日本プロテオーム学会2018年合同大会のサテライトイベントとして開催されます。

日 程:2018年5月19日(土)
場 所:京都大学 藤多記念ホール(京都市)
参加費:無料(要登録)

詳細・申し込み:http://seizai.pharm.kyoto-u.ac.jp/ipgw2018/

プログラム概要(予定):
 9:50-10:00 Opening
10:00-12:30 Current status of Cancer Proteogenomics in Asia Oceania regions
14:00-16:00 Current status of Bioinformatics for Proteogenomics
16:00-17:00 Discussion

主催:日本質量分析学会・日本プロテオーム学会 2018年合同大会(MSP2018)
共催:京都大学(SPIRITS)、国立研究開発法人科学技術振興機構バイオサイエンスデータベースセンター、EMBL-EBI、日本プロテオーム学会


関連する研究開発課題
統合化推進プログラム
「プロテオームデータベースの機能深化と連携基盤強化」
石濱 泰(京都大学 大学院薬学研究科 教授)