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【生命科学系データベースアーカイブ】「H-InvDB」(東海大学 今西規教授)を追加しました。

「H-InvDB」は、ヒト遺伝子の構造、選択的スプライシングバリアントなどの精査されたアノテーション情報を提供する統合データベースです。

H-InvDB アーカイブ

生命科学系データベースアーカイブ

「トーゴーの日シンポジウム2016 ~統合データベース、実りの時へ~」(2016年10月5日・10月6日)の参加申し込みを開始しました。

 NBDCでは、2011年4月よりわが国のライフサイエンス研究を推進するために、データベースをつなげて使いやすくする事業(ライフサイエンスデータベース統合推進事業)を推進しています。この事業の一環として、NBDCでは、ライフサイエンスデータベースに関するサービス提供と研究開発を行ってきました。特に、研究開発においてはこれまで、1)高度なデータベース検索プラットフォームの構築、新しいツールの提供、さらには、生命科学系コンテンツをウェブ上で分散した状態で統合的に扱うための技術開発、2)分野(ゲノム、プロテオーム、メタボローム、グライコーム、フェノーム等)ごとに産出される情報を網羅的に収集して整理することによって、生命科学のさまざまな領域の知識を集積する生命科学系コンテンツに関するプログラムを支援してきました。
 これらの活動に関する発表を行うと同時に、ライフサイエンス分野のデータ統合にまつわる問題をともに考え、議論を深めるために、NBDCでは毎年10月5日を「トーゴーの日」としてシンポジウムを開催しています。
 2016年度は、生命科学系コンテンツに関するプログラム(統合化推進プログラム)から9件、データベース統合のための基盤技術開発から2件の成果報告を行うとともに、データベース統合とその利活用について、各分野の先生方にご講演いただく予定です。さらにデータベース利用者の方々による活用事例のご紹介や、国内のデータベース関係者によるポスター発表などを通じて、ライフサイエンスにおけるデータベースの開発・運用・利活用について広く議論する場として「トーゴーの日シンポジウム2016 ~統合データベース、実りの時へ~」を2日間にわたり開催いたします。

たくさんの皆さまのご参加をお待ちしています。

  • 日時:2016年10月5日(水)13:00~17:40
    10月6日(木)10:00~17:00
  • 会場:東京大学弥生講堂 一条ホール(東京都文京区)
  • 参加費:無料
  • 応募方法:シンポジウムサイトの参加登録よりお申し込みください。
    (申込締切:9月25日(日)まで)
  • 問い合わせ先:シンポジウム事務局(sympo2016[AT]biosciencedbc.jp)
    ([AT]を @ にかえて下さい)

 

統合データベース講習会:AJACS東女医大(2016年9月12日)の参加申し込みを開始しました。

AJACS東女医大ポスター統合データベース講習会:AJACSは、生命科学分野のデータベースやツールの使い方、データベースを統合する活動を紹介する初心者向けの講習会です。生命科学分野のデータベースを利用したい、研究に役立てたい方はどなたでもご参加いただけます。たくさんの皆さまのご参加をお待ちしています。

  • 日時:2016年9月12日(月)10:30~17:10
  • 会場:東京女子医科大学TWIns 2階会議室
    (東京都新宿区河田町8-1)
  • 定員:約50名
  • 参加費:無料
  • 応募方法:募集ページの応募フォームよりお申し込みください。
    (申込締切:9月5日(月)12:00まで)
  • 問い合わせ先:統合データベース講習会事務局(AJACS[AT]biosciencedbc.jp)
    ([AT]を @ にかえて下さい)

【統合化推進プログラム】大浪チーム、石濱チームのサイトビジットを実施し、発表資料を公開しました。

 2016年7月6日から7日にかけて、統合化推進プログラムにおける研究開発課題「生命動態情報と細胞・発生画像情報の統合データベース」を実施する大浪チーム、「プロテオーム統合データベースの構築」を実施する石濱チームへのサイトビジットを実施し、実施状況や今後の研究開発計画等について研究総括、研究アドバイザーらと意見交換しました。
 発表資料は、研究開発ページに掲載しています。

大浪チーム
 
日時:
2016年7月6日
場所:
理化学研究所 生命システム研究センター
 

 

石濱チーム
 
日時:
2016年7月7日
場所:
京都大学 薬学部本館
 

 

【NBDCヒトデータベース】九州大学病院 別府病院 外科 からの制限公開データ(Type I )を公開しました(hum0066)

研究題目:癌の再発・転移に関与するnon-coding RNAの同定とその機序の解明
からの制限公開データを公開しました。 研究内容はこちら

当該データの利用には、データ利用申請が必要です。申請の際には、NBDCヒトデータ共有ガイドラインおよびNBDCヒトデータ取扱いセキュリティガイドラインを熟読してください。

【NBDCヒトデータベース】大阪大学大学院 歯学研究科 からの制限公開データ(Type I )を公開しました(hum0027)

研究題目:侵襲性歯周炎のヒト全ゲノム解析と遺伝子多型解析
からの制限公開データを公開しました。研究内容はこちら

当該データの利用には、データ利用申請が必要です。申請の際には、NBDCヒトデータ共有ガイドラインおよびNBDCヒトデータ取扱いセキュリティガイドラインを熟読してください。

統合データベース講習会:AJACS京都2(2016年9月1日~2日)の参加申し込みを開始しました。

AJACS京都2ポスター統合データベース講習会:AJACSは、生命科学分野のデータベースやツールの使い方、データベースを統合する活動を紹介する初心者向けの講習会です。生命科学分野のデータベースを利用したい、研究に役立てたい方はどなたでもご参加いただけます。たくさんの皆さまのご参加をお待ちしています。

  • 日時:2016年9月1日(木)10:00-16:10
    9月2日(金)9:30-17:00
  • 会場:京都大学医学・生命科学総合研究棟2階セミナー室A
    (京都府京都市左京区吉田近衛町)
  • 定員:約50名
  • 参加費:無料
  • 応募方法:募集ページの応募フォームよりお申し込みください。
    (申込締切:8月25日(木)12:00まで)
  • 問い合わせ先:統合データベース講習会事務局(AJACS[AT]biosciencedbc.jp)
    ([AT]を @ にかえて下さい)

【生命科学系データベースアーカイブ】「SSBD」(理化学研究所 大浪修一チームリーダー)を追加しました。

「SSBD」は、顕微鏡を活用した計測や数理モデリングで得られる時空間情報を数値として有する定量データのデータベースです。

SSBD アーカイブ

生命科学系データベースアーカイブ

【NBDCヒトデータベース】 国立がん研究センター研究所 分子病理分野 からの制限公開データ(Type I )を公開しました(hum0032)

国際ヒトエピゲノムコンソーシアム (IHEC)に参画する我が国の代表研究チームより、日本人検体より得られた高度に純化した正常ヒト肝細胞のエピゲノムデータが初めて公開されました(研究題目: ヒト消化器ならびに泌尿器上皮細胞の標準エピゲノム解析)。研究内容はこちら

当該データの利用には、データ利用申請が必要です。申請の際には、NBDCヒトデータ共有ガイドラインおよびNBDCヒトデータ取扱いセキュリティガイドラインを熟読してください。

【統合化推進プログラム】SSBDの論文が公開されました

 理化学研究所 生命システム研究センターの大浪修一チームリーダーらによる、生命動態の定量データと動画像のデータベースSSBD(Systems Science of Biological Dynamics)の論文が公開されました。

論文情報
 SSBD: a database of quantitative data of spatiotemporal dynamics of biological phenomena
 Yukako Tohsato, Kenneth H. L. Ho, Koji Kyoda and Shuichi Onami
 http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/early/2016/07/12/bioinformatics.btw417.abstract

データベース情報
 SSBD(Systems Science of Biological Dynamics)
 http://ssbd.qbic.riken.jp/
 SSBDは生命動態の定量データとその取得に利用した動画像を再利用が容易なかたちで包括的に管理することを目的に構築されたデータベースです。単一分子、細胞、細胞核などのスケールにおける様々な手法により取得された様々な生物種のデータを収集しています。手法としては実験解析およびコンピュータシミュレーションともに対象としています。

研究開発課題の概要
  研究開発課題 生命動態情報と細胞・発生画像情報の統合データベース
 研究代表者 大浪 修一
 所属・役職 理化学研究所 生命システム研究センター チームリーダー