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NBDCブログへようこそ。

私たちバイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)は、日本の生命科学研究を推進するため、データベースをつなげて使いやすくする事業を実施しています。

このブログでは、データベース構築・利活用に関する実施事例やTipsのほか、生命科学分野のホットな話題に関する簡単な解説など、みなさまのお役に立つような記事を発信していきます。

NBDCについてもっと知りたい方は、「NBDCについて」をご覧ください。

なお、本ブログの内容は執筆者個人の見解であり、所属機関の意見を示すものではありません。 

(最終更新日:2018年7月18日)

セマンティック・ウェブ技術関係の研究会議に参加して ~JIST2018&第46回SWO研究会参加報告~

櫛田達矢
バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)

NBDCの櫛田です。

2018年11月に、セマンティック・ウェブ技術関係の研究会議2件に参加しました。セマンティック・ウェブ技術とは、ウェブページの意味をコンピューターが理解し、処理できるようにするための技術のことです。コンピューターによる自動的な情報収集や分析、推論を可能にすることで、様々な応用が期待されています。

本記事では、それぞれの研究会議について概要を紹介するとともに、筆者が行った研究発表についても簡単に紹介します。

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日本人はお酒に弱いというのは本当か? ~TogoVarを使って、日本人とその他の集団のバリアント頻度を比較する~

豊岡理人
バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)

NBDCの豊岡です。

本年も12月を迎えましたが、皆様どのような一年を過ごされたでしょうか。
年末年始はその季節特有の料理を食べる機会も増えると思いますので、各食材のゲノムが解読されているかをGenomeBentoProject(用語解説①)のページで見ながら料理を味わうのも、一つの楽しみかもしれません。

今回の記事ではアルコール分解能力に関連するバリアント(ゲノム配列の個人による違い)の説明を糸口に、様々なデータベースの紹介と、併せて当センターのサービスであるTogoVarの紹介もしていきたいと思います。

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【Python3版】ワードクラウドで「トーゴーの日シンポジウム」のキーワードを可視化する方法

建石由佳
バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)

10/3の記事で、ウェブツール+Excelを使ってトーゴーの日シンポジウムのポスター要旨からワードクラウドを作る方法(以下、Excel版と呼びます)をご紹介しました。今回はPython3のライブラリを使ったワードクラウド作成方法をご紹介します。
(なお、11/21に今年のシンポジウムのポスター発表データを公開しましたので、よろしければそちらもご覧ください)

前回の記事では「2011年と2018年のワードクラウドを比較することで、シンポジウムにおけるキーワードの変遷を捉える」という話がありました。Excel版ではランダムな色付けしかできませんでしたが、wordcloudライブラリには「カラーマップからランダムに選ぶ」以外に「ユーザーが色付け関数を定義してその関数に基づいて色を付ける」という機能が用意されているので、 各単語を、2011年要旨集に出てくる頻度と2018年要旨集に出てくる頻度に基づいた色付けで表示して、視覚的に比較しやすくしてみました。

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FORCE2018参加報告 ~オープンサイエンスの未来を考える会合に参加して~

大波純一
バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)

NBDCの大波です。

2018年10月10日~12日に、カナダのモントリオールでFORCE2018が開催されました。FORCE2018はFORCE11の開催する年次会合であり、主にオープンサイエンスについて幅広い議論がなされました。

FORCE11は研究者、図書館員、アーキビスト、出版関係者、ファンディング機関関係者等から構成されているコミュニティであり、情報技術を効果的に使って学術コミュニケーションに変革をもたらすことを目的としています。データ共有の基準の一つであるFAIR原則(Findable(見つけられる)、Accessible(アクセスできる)、Interoperable(相互運用できる)、Reusable(再利用できる))は、このコミュニティがきっかけとなって生み出されました*1

NBDCではFAIR原則に関する文書*1を公開したこともあり、これまで進めてきた研究データ公開の方法に関してより幅広い知見を得るため、本会合に参加してきました。

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