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平成29年度NGSハンズオン講習会

お知らせ

2017年08月16日 29日・30日の講義の「講義資料」(PDF:14MB)を更新し、「補足資料」(PDF:2.6MB)を追加しました。
2017年07月25日 29日・30日の講義資料と補足資料を追加しました。
2017年06月23日 受講者募集を締め切りました。
2017年05月15日 受講申込みの受付を開始しました。

本ページの目次

  ● 開催概要
  ● 受講申込み方法
  ● カリキュラム・講義資料・動画
  ● お問い合わせ先
  

開催概要

  ○概  要 : Linux 上で次世代シーケンサー(NGS)データを自在に解析するための実習を行います。今年度は、ゲノムアセンブリ後の各種解析手法について
          日本乳酸菌学会誌の連載「次世代シーケンサーデータの解析手法」第7回の一部及び第8回を中心とした講義と、メタゲノム解析、Hi-C解析に
          ついての講義を実施します。受講者には、講師指定の事前予習を行っていただきます。
          なお、NGSの概論的な講義(リード、ペアエンドなどの基本的な用語やNGS原理の説明など)は省略します。過去の年度の講義資料や参考図書
          など参照の上、基礎知識を取得しておくことをお勧めします。

  ○参  考 : 日本乳酸菌学会誌について/(Rで)塩基配列解析

  ○F A Q  : FAQ(PDF:154KB) (2017.5.15初版掲載)

  ○会  場 : 東京大学農学部 2 号館 2 階第 1 講義室(アクセスおよび構内地図

  ○日  時 : 2017年8月28日(月) ~ 9月1日(金) 10:30-18:15(予定)
          ※初日(8月28日)の自習を除いて全日程の参加を原則としますが、受講者の都合によりやむを得ない場合は1日単位での部分受講も可能です
           (「午後の2時間のみ」等は不可)。なお、8月29-30日は連続した内容となる予定ですので、予めご承知おきください。

  ○受講定員 : 50名程度
          ※応募者多数により受講定員を上回った場合、主催者が定める方式により抽選・調整させていただく可能性があります。

  ○受講料  : 無料

  ○受講対象 : 学生・社会人を問わず受講可能。

  ○受講必須要件: 1. キーボード操作等(テキスト入力、マウスによるウィンドウ操作やコピー・ペースト等)、PCの基本操作をスムーズに行うことが可能な方。
           2. 講義内容を会場後方よりビデオ撮影を行い、後日公開予定です。このビデオに映る可能性があることを了承していただける方。また講義
             風景写真の公開を了承していただける方。
           3. 受講前および受講期間中に、受講に必要なソフトウェアのインストールやデータのダウンロードをお願いすることがありますが、これら
             事前準備を行ったうえで受講可能な方。
           4. 受講者アンケートにご協力いただける方。
           5. 受講者追跡調査にご協力いただける方。
           6. 講師指定の事前予習を実施していただける方。

  ○使用PC  : 個人所有のPCを持ち込んで頂くか、アグリバイオインフォマティクス教育研究ユニットが用意するPCの貸出を受けて使用することができます。
          ※(個人所有のPCを利用する場合)必要となるスペックやご自身で準備頂くソフトウェアについては、FAQ 及び受講者へのご連絡内容をご参照
           ください。
          ※(PCの貸出を受ける場合)申込みフォームにて「貸与を希望する」を選択してください。

  ○お願い事項: ・万が一受講できなくなった場合は、速やかに事務局に連絡をお願いします。
          ・周囲に困っている人がいた場合、わかる範囲でアシストをお願いいたします。

  ○世話人  : 黒川 顕 (「先進ゲノム支援」/情報・システム研究機構 国立遺伝研究所)
          門田 幸二(東京大学 大学院農学生命科学研究科 アグリバイオインフォマティクス教育研究ユニット)

  ○主  催 : 科学技術振興機構バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)
          先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム
          東京大学大学院農学生命科学研究科アグリバイオインフォマティクス教育研究ユニット

  ○共  催 : 情報・システム研究機構 データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)

受講申込み方法

  ○受付期間 : 2017年5月15日(月)14時00分~6月23日(金)12時00分
  ○申込フォーム:受付は終了しました。たくさんのお申込ありがとうございました。

カリキュラム・講義資料・動画

  ・実施日時や内容は、やむを得ない事情等により変更する場合があります。
  ・当日の終了時刻は、講義の内容や進み具合により多少前後します。
  ・講義資料は、事前予習頂くために講習会までに公開いたします。
  ・講義動画は、講習会の全日程終了後、公開いたします。

  実施日  実施時間  大項目  タイトル       内容(予定)  講師  講義資料  補足資料講義動画
8月28日(月)
10:30-18:15
自習
予習内容および各種動作確認
・Bio-Linux8の導入確認
・共有フォルダ設定完了確認
・基本的なLinuxコマンドの習得状況確認
・講師指定の事前予習内容の再確認
・講習会期間中に貸与されるノートPCを
 用いた各種動作確認
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8月29日(火)
10:30-18:15
 (13-15時除く)
NGS解析
(初~中級)
ゲノムアセンブリ後の各種解析
日本乳酸菌学会誌の連載「次世代シーケンサーデータの解析手法」第7回(のウェブ資料W10)及び第8回の内容を中心に講習会用にアレンジして実施予定。
門田 幸二
講義資料(PDF:14MB)
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8月30日(水)
10:30-18:15
8月29日(火)
13:00-15:00
事業紹介
NBDC・DBCLSの各種サービス
NBDC事業およびNBDCが共同研究機関とともに開発・提供するサービスを紹介します。
1 NBDC紹介~NGS関連サービスを
 中心に
2 今日から使える便利な生命科学系
 公共データベース in DBCLS
3 公共NGSデータの検索と登録
 



箕輪 真理

小野 浩雅

仲里 猛留



 講義資料1
(PDF:4.5MB)
 講義資料2
(PDF:2.8MB)
 講義資料3
(PDF:8.5MB)
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8月31日(木)
10:30-18:15
NGS解析
(初~中級)
メタゲノム解析
illuminaのメタゲノム配列データから、配列のクオリティフィルタリング、系統マーカー遺伝子を用いた配列相同性検索による系統組成推定、アセンブル、遺伝子予測、遺伝子機能組成推定等を自作のPerlスクリプトと各種ツール(IDBA-UD, Bowtie2, BLAST等)を用いて行う予定です。
森 宙史
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9月1日(金)
10:30-18:15
NGS解析
(初~中級)
Hi-C解析
Chromosome Conformation Capture 実験で生成されたデータの情報解析について講習を行う予定です。ヒトゲノムを対象としたHi-Cデータを用いて、マッピング、フィルタリング、コンタクトマップ生成、正規化処理、染色体三次元構造再構成など、各種ツールやPythonスクリプトなどを用いて行う予定です。
東 光一
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一部資料は、門田 准教授が運営する「(Rで)塩基配列解析」にリンクしています。当該ページの内容は、本ページでのお知らせすることなく更新される事がありますのでご留意ください。

お問い合わせ先

  NGS講習会事務局
  nbdc-ngs[AT]jst.go.jp
  ([AT]を @ にかえて下さい。またメール本文中に氏名および返信先メールアドレスを明記して下さい。)
  ※お問い合わせの前に、FAQもご参照下さい。