NGSハンズオン講習会2015

近年、ライフサイエンス分野においては、日々、莫大・多様な研究データが産出され、研究現場で取り扱うデータ量が飛躍的に増えています。その一方で、それらのデータを整備・活用するための人材は不足し、貴重な研究成果が十分に活用されていない現状にあります。このような現状を踏まえ、NBDC運営委員会人材育成分科会において、日々、生み出される研究データを整備するとともに、十分に活用できるバイオインフォマティクス人材を育成するため、次世代シークエンサ(NGS)データに焦点を当てたNGSカリキュラムを策定しました。2014年度は、策定したカリキュラムに基づきNGS速習コースを試行的に実施し、受講者の方々から高評価をいただきました。(2014年度NGS速習コース受講者アンケート結果より)
今後、NBDCとしては研究データの整備、活用、共有化を促進する持続可能な研究基盤(知識共有基盤)を構築するうえで、次世代の科学技術を担う研究人材の育成は重要であるとの認識のもと、より多くの生命科学系の研究者及び研究支援者がバイオインフォマティクススキルを身に付けることが出来る機会を継続的に提供していきたいと考えております。

開催概要

• 開催概要

日程

• 講義日程PDF版

A日程

B日程

講義内容・動画・資料

• 参考図書一覧

一部資料は、門田 准教授が運営する「(Rで)塩基配列解析」にリンクしています。当該ページの内容は、本ページでのお知らせすることなく更新される事がありますのでご留意ください。

Bio-Linux8とRのインストール状況確認

門田 幸二、寺田 透
Linux導入、R導入、NGS解析に必要な環境構築技術

• スライド(10MB)

• はじめに
• 事前予習資料一覧(0.05MB)
• チェックリスト（0.1MB）

Linux基礎

門田 幸二
UNIXの基礎の理解

• 講義動画
• スライド(9.6MB)

• 関連資料一覧(0.03MB)

シェルスクリプト入門（スクリプト言語1）

服部 恵美

• 講義動画
• スライド(1.8MB)

Perl入門（スクリプト言語2）

服部 恵美

• 講義動画
• スライド(1.9MB)

Python入門（スクリプト言語3）

服部 恵美

• 講義動画
• スライド(3.9MB)

• 関連資料・メモ(0.1MB)

R基礎1,R基礎2、R各種パッケージ

門田 幸二
Ｒ言語の基礎（インストールから利用まで）、ファイルの読み込み、行列演算の基本、パッケージのインストール法と代表的なパッケージの利用法

• 講義動画
• スライド(6.5MB)

• 関連資料・メモ(0.03MB)

Bioconductorの利用法１、２

門田 幸二
データの型やバージョンの違い、FASTA/FASTQファイルの各種解析

• 講義動画
• スライド(6.8MB)

• 関連資料・メモ(0.1MB)

NGS解析基礎

山口 昌雄
ファイル形式、可視化 (IGV)、quality check、マッピング、アセンブル

• 講義動画
• スライド(3.1MB)

• 関連資料・メモ(0.08MB)

ゲノムReseq、変異解析

山口 昌雄
代表的なパイプラインについての実習：ゲノムReseq、変異解析

• 講義動画
• スライド(2.3MB)

• 関連資料・メモ(0.08MB)

RNA-seq 1

山口 昌雄
代表的なパイプラインについての実習：RNA-seq、マッピングから定量化まで

• 講義動画
• スライド(4.2MB)

• 関連資料・メモ(0.1MB)

RNA-seq 2

門田 幸二
代表的なパイプラインについての実習：RNA-seq、カウントデータ取得以降の統計解析

• 講義動画
• スライド(2.4MB)

• 関連資料・メモ(0.07MB)

ChIP-seq

森岡 勝樹
代表的なパイプラインについての実習：ChIP-seq、及び統合解析

• 講義動画
• スライド(1.4MB)

• 関連資料・メモ(0.04MB)

実施報告書

• 実施報告書（1.3MB）
• 受講者アンケート集計結果（データ集）（0.8MB）

関連イベント

• NGS速習コース講習会2014
• NGSハンズオン講習会2016
• NGSハンズオン講習会2017