NGSハンズオン講習会2017
Linux 上で次世代シーケンサー(NGS)データを自在に解析するための実習を行います。今年度は、ゲノムアセンブリ後の各種解析手法について日本乳酸菌学会誌の連載「次世代シーケンサーデータの解析手法」第7回の一部及び第8回を中心とした講義と、メタゲノム解析、Hi-C解析についての講義を実施します。受講者には、講師指定の事前予習を行っていただきます。
なお、NGSの概論的な講義（リード、ペアエンドなどの基本的な用語やNGS原理の説明など）は省略します。過去の年度の講義資料や参考図書など参照の上、基礎知識を取得しておくことをお勧めします。
お知らせ
| 2018年05月 | 平成30年度以降、NGSハンズオン講習会は開催いたしません。 |
| 2018年05月14日 | 実施報告書等を掲載しました。 |
| 2017年12月06日 | 講義動画を公開しました。 |
| 2017年09月12日 | 31日・9月1日の講義資料を掲載しました。 |
| 2017年08月16日 | 29日・30日の講義の「講義資料」(PDF:14MB)を更新し、「補足資料」(PDF:2.6MB)を追加しました。 |
| 2017年07月25日 | 29日・30日の講義資料と補足資料を追加しました。 |
| 2017年06月23日 | 受講者募集を締め切りました。 |
| 2017年05月15日 | 受講申込みの受付を開始しました。 |
開催概要
| 会場 | 東京大学農学部 2 号館 2 階第 1 講義室（アクセスおよび構内地図） |
|---|---|
| 日時 | 2017年8月28日(月) ～ 9月1日(金) 10:30-18:15(予定) ※初日（8月28日）の自習を除いて全日程の参加を原則としますが、受講者の都合によりやむを得ない場合は１日単位での部分受講も可能です（「午後の2時間のみ」等は不可）。なお、8月29-30日は連続した内容となる予定ですので、予めご承知おきください。 |
| 受講定員 | 50名程度 ※応募者多数により受講定員を上回った場合、主催者が定める方式により抽選・調整させていただく可能性があります。 |
| 受講料 | 無料 |
| 受講対象 | 学生・社会人を問わず受講可能。 |
| FAQ | FAQ（154KB） （2017.5.15初版掲載） |
| 参考 | 日本乳酸菌学会誌について/(Rで)塩基配列解析 |
| 受講必須要件 |
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| 使用PC | 個人所有のPCを持ち込んで頂くか、アグリバイオインフォマティクス教育研究ユニットが用意するPCの貸出を受けて使用することができます。 ※（個人所有のPCを利用する場合）必要となるスペックやご自身で準備頂くソフトウェアについては、FAQ 及び受講者へのご連絡内容をご参照ください。 ※（PCの貸出を受ける場合）申込みフォームにて「貸与を希望する」を選択してください。 |
| お願い事項 |
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| 世話人 |
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| 主催 |
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| 共催 |
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| 受付期間 | 2017年5月15日（月）14時00分～6月23日（金）12時00分 ※受付は終了しました。たくさんのお申込ありがとうございました。 |
日程
| 8月28日 | 10:30-18:15 | 自習 予習内容および各種動作確認 |
| 8月29日 | 10:30-12:00 | NGS解析 ゲノムアセンブリ後の各種解析 [初級・中級] |
| 13:00-15:00 | 事業紹介（NBDC・DBCLSの各種サービス） 1 NBDC紹介～NGS関連サービスを中心に |
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| 事業紹介（NBDC・DBCLSの各種サービス） 2 今日から使える便利な生命科学系公共データベース in DBCLS |
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| 事業紹介（NBDC・DBCLSの各種サービス） 3 公共NGSデータの検索と登録 |
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| 15:00-18:15 | NGS解析 （続）ゲノムアセンブリ後の各種解析 [初級・中級] |
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| 8月30日 | 10:30-18:15 | NGS解析 （続）ゲノムアセンブリ後の各種解析 [初級・中級] |
| 8月31日 | 10:30-18:15 | NGS解析 メタゲノム解析 [初級・中級] |
| 9月1日 | 10:30-18:15 | NGS解析 Hi-C解析 [初級・中級] |
講義内容・動画・資料
一部資料は、門田 准教授が運営する「(Rで)塩基配列解析」にリンクしています。当該ページの内容は、本ページでのお知らせすることなく更新される事がありますのでご留意ください。
予習内容および各種動作確認
- Bio-Linux8の導入確認
- 共有フォルダ設定完了確認
- 基本的なLinuxコマンドの習得状況確認
- 講師指定の事前予習内容の再確認
- 講習会期間中に貸与されるノートPCを用いた各種動作確認
ゲノムアセンブリ後の各種解析
門田 幸二
日本乳酸菌学会誌の連載「次世代シーケンサーデータの解析手法」第7回（のウェブ資料W10）及び第8回の内容を中心に講習会用にアレンジして実施予定。
NBDC紹介～NGS関連サービスを中心に（NBDC・DBCLSの各種サービス1）
箕輪 真理
NBDC事業およびNBDCが共同研究機関とともに開発・提供するサービスを紹介します。
今日から使える便利な生命科学系公共データベース in DBCLS（NBDC・DBCLSの各種サービス2 ）
小野 浩雅
NBDC事業およびNBDCが共同研究機関とともに開発・提供するサービスを紹介します。
公共NGSデータの検索と登録（NBDC・DBCLSの各種サービス3）
仲里 猛留
NBDC事業およびNBDCが共同研究機関とともに開発・提供するサービスを紹介します。
メタゲノム解析
森 宙史
illuminaのメタゲノム配列データから、配列のクオリティフィルタリング、系統マーカー遺伝子を用いた配列相同性検索による系統組成推定、アセンブル、遺伝子予測、遺伝子機能組成推定等を自作のPerlスクリプトと各種ツール（IDBA-UD, Bowtie2, BLAST等）を用いて行う予定です。
Hi-C解析
東 光一
Chromosome Conformation Capture 実験で生成されたデータの情報解析について講習を行う予定です。ヒトゲノムを対象としたHi-Cデータを用いて、マッピング、フィルタリング、コンタクトマップ生成、正規化処理、染色体三次元構造再構成など、各種ツールやPythonスクリプトなどを用いて行う予定です。
お問い合わせ先
NGS講習会事務局
nbdc-ngs[AT]jst.go.jp
([AT]を @ にかえて下さい。またメール本文中に氏名および返信先メールアドレスを明記して下さい。)
※お問い合わせの前に、FAQもご参照下さい。
