NGSハンズオン講習会2015 FAQ
バイオインフォマティクス人材育成カリキュラム 次世代シークエンサ（NGS）ハンズオン講習会について
以下のFAQを一読してもご不明な点がある場合は、NGS[AT]biosciencedbc.jpまでお問い合わせ下さい。
[AT]を@にかえて下さい。
またメール本文中に氏名および返信先メールアドレスを明記の上、お問い合わせ下さい。
Q１－１. 受講に必要な条件（レベル）を教えて下さい。
学生・社会人、部分受講・全日受講を問わず受講可能です。
ただし、受講必須要件を満たす方からの受講申込を受け付けます。
また、NGSの概論的な講義は実施しません。リード、ペアエンドなどの基本的な用語やNGS原理の説明などは省略する予定です。
平成26年度の講義資料や参考図書など参照の上、受講希望項目の基礎知識を取得しておくことをお勧めします。
Q１－２. 中国人留学生(博士1年)も参加が可能であれば、登録したいと考えています。現在の彼のコミュニケーション能力ですが、日本語はまだあまりよく理解できません。また、英語も日本語よりもはやや理解できますが、難しい会話を理解することはできません。このような状況ですが、彼も参加してついていけるでしょうか？
同じ研究室内の方のオブザーバ（TA）参加、あるいは受講生同士での助け合いができれば、どうにかついていけるかもしれませんが、現実的には厳しいかもしれません。主催機関（アグリバイオインフォマティクス）から参加予定の講義補助員も中国人留学生ですので、助けてもらえることは期待できるかもしれません。があまり期待しすぎないでください。
Q１－３. 全体像を把握するのにスクリプト言語をどこまで理解しておけばよろしいのかがわかりません。
受け止め方は人それぞれだと思いますが、フリーのプログラムにはバグが多く存在します。スクリプト言語を一通り学んでおけばバグの原因がどこにあるのかについての理解や、通り一遍のやり方でない自在の解析への一歩を踏み出せることでしょう。
Q１－４. シェルスクリプト（中級）を希望しましたが、初心者でも参加しても大丈夫でしょうか。
大丈夫だと思います。
Q２. 昨年受講/TAとして参加しましたが、また受講/TAとして参加することは可能ですか？
可能です。奮ってご参加下さい。
Q３．応募者多数により受講定員を上回った場合は抽選とのことですが、昨年受講したことは影響しますか？
影響いたしません。
Q４．昨年と内容は違いますか？
基本的に同じですが、講義時間が増えた項目（4. NGSなど）については、平成26年度の内容プラスアルファとなる予定です。また、7/23の「1-3. UNIX I」については、改善要望を踏まえた内容とする予定です。
Q５．キャンセル待ちはありますか？
残念ながらキャンセル待ち予約を実施する予定はありません（キャンセルが発生した場合も追加での受け付けは行いません）。講師の許可が得られた講義については、平成26年度同様、後日講義ビデオの公開（統合TV）や講義資料のダウンロードが可能となる予定ですので、受講できなかった場合はそちらをご利用ください（ただし、公開時期については未定です）。
Q６．受講費用/参加費用はかかりますか？
受講者としての受講の場合、オブザーバー（TA）としての参加の場合、いずれの場合においても無料です。
Q７－１．オブザーバー（TA）としての参加を検討しています。参加資格や基準などはありますか？
主に普段指導する立場の方を想定していますが、実習の補助が可能であれば所属や社会人・学生にかかわらず、自己申告にもとづき参加申込を受け付けます。
Q７－２．Rの基礎等に関して、一応簡単なプログラミング言語が理解できることからTA参加を希望しておきましたが、アグリバイオインフォマティクスの基礎科目をはるかに超えるレベルの内容だと、TAではなく単なる受講生としての履修を希望させていただきたいです。
今年は部分受講可能としていますので、本当に分からないヒトの割合が昨年度に比べて高いことが予想されます。そのため、例えばRでは門田の講義または講習会を受けたことがあり、一通りついていけた方はTAとしての役割を果たしうると期待されます。もちろん、TA申込みであったとしても、ついていけない部分は多少なりとも存在すると思いますので、べったりとTAとしての立ち居振る舞いをしなければいけないと いうことはありませんので、可能な範囲で手助けしていただければ幸いです。
Q８．内容（受講日）によってオブザーバー（TA）として参加、受講者として受講することは可能ですか。
はい。可能です。
申込フォームで選択して下さい。
Q９．スケジュール（日時、詳しい講習内容、レベル、担当講師）を教えて下さい。
詳しい内容はこちらを御参照下さい。＞＞ スケジュール およびカリキュラム
Q１０-１．受講を申し込みましたが、申し込みが受付けられたのかどうか心配です。
受講申込フォームで「申込」ボタンをクリックし、「申込を受け付けました。確認メールを送信しました。確認メールが届かない場合、担当者まで御連絡ください。」という画面が表示されれば、申し込みは受け付けられています。申し込みと同時に確認メールが自動発信されますのでご確認ください。メールシステムにより配信されなかった場合、後日担当者より再送されます。受講確定のご案内は、受講申込締め切り後に別途お送り致しますので、お間違いのないようにお願い致します。
Q１０-２．受講を申し込みましたが、都合が悪くなってしまいました（申込内容を変更したいです）。
申込確認メールに返信する形で御名前、御所属および御都合（キャンセルまたは予備日での受講希望への変更等）をお知らせください。申込受付の締め切り直後に受講者選抜を行いますので、できるだけ早めにご連絡頂けますようお願い致します。
Q１０-３．受講が確定していますが、都合が悪くなってしまいました。代わりに研究室の（社内の）他のメンバーが受講しても構いませんか？
大変申し訳ありませんが、受講申込者ご本人様以外の方は、受付致しません。
Q１０-４．予備日の講義予定がわかり次第、受講申込時に受講選択を希望したいくつかを予備日に変更させていただくことは可能でしょうか？
予備日のカリキュラムについて、現時点ではカリキュラム詳細のとおり「NGS解析」を予定しております。また、カリキュラムの変更があった場合にも対応できるよう、受講申込受付の際に、全ての講義について「○月×日でと予備日のどちらでもよいので受講を希望受講を希望する」選択肢を設けてあります。受講希望の講義について、予備日への変更希望がございましたら、受講申込に際に「○月×日でと予備日のどちらでもよいので受講を希望受講を希望する」を選択して下さい。 ＊基本的に、再度、受講申込の受付および希望の調査等は行いません。
★平成27年度のみ予備日を設けました。
Q１０-５．万が一出席できない場合は予備日で対応できるのでしょうか？
「万が一、都合がつかなくなる」可能性は全ての方にあります。大変申し訳ありませんが、公平を期すため、「万が一」の予備日への変更は受け付けておりません。 なお、どうしても受講したい講義や予定変更の可能性がある講義につきましては、「○月×日と予備日のどちらでも良いので受講を希望する」を選択して下さい。 ＊受講者の抽選方法に関しましては、主催者であるNBDCに一任させていただきます。
★平成27年度のみ予備日を設けました。
Q１０-６．期間が約2週間と長いのですが、自身の専門性(例えばコンピュータリテラシーとサーバー設計)で習得済みの場合、その単元をスキップして次の単元から参加することはできるでしょうか？
平成27度の講習会は部分受講（講義ごとに受講する）が可能です。受講希望の講義のみ、お申し込み下さい。 但し、プログラムのインストール作業や、共有フォルダの設定などが完了しているという前提で別の単元を行う予定です。どのような作業を行う必要があるかまではまだ詰め切れておりませんが、概ね http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/r_seq.html#about_book_JSLABの内容プラスアルファを自在にできるスキルがあれば問題ないと思われます。
Q１１－１．次回開催予定はありますか？
未定ですができれば開催したいと思っております。
Q１１－２．この講習会以外（カリキュラムの「速習以外」に該当）の開催予定（日程・申込開始日・受講者数等）は決まっていますか？
申し訳ありませんが、本年度の開催予定はございません。また、今後の開催予定に関しましても未定です。
Q１１－３．今回のセミナーでは速習部分が対象となっているかと思いますが、上記の解析を行う上で特に重要となる講義はどの辺りになりますでしょうか？
Linuxを習得されていない場合、Linux基礎の項目が重要な意味を持ちますので、受講されることをお勧め致します。 しかし、トランスクリプトーム解析分野では、例えばRockhopper 2というアセンブリプログラムなどは、WindowsやMacintosh OS上でも動作するような時代になっておりますので、探せば環境ゲノムや比較ゲノム解析分野でも、ダブルクリックでインストールするれば実行可能なプログラムが既に存在するかもしれません。 この場合、必要なスキルは「プログラム実行結果を解釈する能力」であり、重要となる講義としては、「プログラム実行結果を解釈する能力身につける座学」かもしれません。 昨年度（平成26年度）の講習会では、座学講義がございましたが、本年度（平成27年度）の講習会は、ハンズオンに特化した講習会となっており、座学講義はございません。 宜しければ、昨年度の講習会講義を動画配信（http://biosciencedbc.jp/human/human-resources/workshop/h26）しておりますので、是非、ご参考になさって下さい。
Q１２．受講終了後になんらかの資格として認められるのでしょうか？
特に資格として公認されるものではありません。
Q１３．講義資料をもらうことはできるでしょうか。
抽選漏れや予め都合がつかず受講申込ができない場合、またやむを得ず欠席した場合等、理由を問わず、提供できる資料については後日ダウンロードして頂くことができるようにする予定です。
講習はビデオ撮影し、これも可能な限り公開する予定です。
また、講習会で使用した実習環境をご自身の計算機上にインストールする手順とソフトウェアについても公開予定ですので、参考にして下さい。
Q１４．昨年度（平成26年度）の講義を撮影したビデオが以下で公開されています。
【NGS速習コース】
1. コンピュータリテラシーとサーバー設計～1-1. OS、ハード構成、1-2. ネットワーク基礎
http://togotv.dbcls.jp/20141023.html
1. コンピュータリテラシーとサーバー設計～1-3. UNIX I～UNIXの基礎の理解、Linux導入
http://togotv.dbcls.jp/20141024.html
1. コンピュータリテラシーとサーバー設計～1-3. UNIX I(続)～UNIXの基礎の理解、Linux導入
http://togotv.dbcls.jp/20141025.html
1. コンピュータリテラシーとサーバー設計～1-4. スクリプト言語(シェルスクリプト)
http://togotv.dbcls.jp/20141026.html
1. コンピュータリテラシーとサーバー設計～1-4. スクリプト言語(Perl)
http://togotv.dbcls.jp/20141027.html
2. 配列インフォマティクス～2-1. 配列解析基礎
http://togotv.dbcls.jp/20141028.html
2. 配列インフォマティクス～2-2. バイオ系データベース概論
http://togotv.dbcls.jp/20141029.html
3. データ解析基礎～3-1. R基礎1、3-2. R基礎2、3-3. R各種パッケージ
http://togotv.dbcls.jp/20141030.html
3. データ解析基礎～3-4. R bioconductor I、3-5. R bioconductor II
http://togotv.dbcls.jp/20141031.html
4. 次世代シークエンサ～4-3. 次世代シークエンサ実習I
http://togotv.dbcls.jp/20141101.html
4. 次世代シークエンサ～4-4. 次世代シークエンサ実習II
http://togotv.dbcls.jp/20141102.html
6. 分子生命科学～6-1. 分子生命科学概論、6-2. オミクス概論、6-3. 遺伝/進化概論
http://togotv.dbcls.jp/20141103.html
5. ゲノム関連の倫理・法律～5-1. ゲノム情報倫理概論
http://togotv.dbcls.jp/20141104.html
4. 次世代シークエンサ～4-4. 次世代シークエンサ実習II (Reseq解析)
http://togotv.dbcls.jp/20141105.html
4. 次世代シークエンサ～4-4. 次世代シークエンサ実習II (RNA-seq解析)
http://togotv.dbcls.jp/20141106.html
YouTubeのリストが以下にあり、上記動画を連続再生することができます。
YouTube版では、Google ChromeやSafariでは倍速再生が可能です。
YouTube版 リスト
Q１５-１．実習環境について、Windows PCおよびMacintoshのどちらの方が適当でしょうか。
適当なOSに関してはなんとも言えません。貸与可能PCはWindowsです。講師の多くはmacユーザーだと思います。可能であれば両方もってきておいたほうが無難かもしれません。
Q１５-２．Mac OS Xでも大丈夫でしょうか。
OS Xでも大丈夫かどうかは、やってみないとわかりません。
Q１５-３．PCのOSは、Windows7 でも Windows8 でも良いのでしょうか？スペック（Q18.）を満たすPCであればOSに制約はありませんか？
OSはよくわかりません。やってみないとわからないというのが正直なところです。Windows7で講義予定の講師もおります。Windows8でやってみて、不都合があればWindows7の代替ノートPCをお貸しできますので、お気軽にWindows8にチャレンジしてください。
Q１５-４．実習環境について Linux での持ち込みでも問題ないでしょうか。
問題無いかもしれませんし、実習によっては支障が出ることもあるかも知れません。Windowsの貸与可能PCは沢山ありますので、不都合なことがありましたらすぐにそれをお貸しすることができます。
Q１６．パソコンを持参する予定ですが、バッテリーがもちません。会場で電源は使用可能でしょうか？
電源は足元に這わせる予定です。
Q１７．実習環境には何を準備したらよいのでしょうか？
受講が確定された皆様には、後日、実習環境として用意して頂くソフトウェア等についてお知らせ致します。
なお、講習会初日（7月22日）に「PC環境の構築」を実施し、ハンズオン実習環境に必要なBio-Linux8とRのインストール及び状況確認を実施します。ご自身で「PC環境の構築」をされる方は、下記サイトの計算機環境構築の手順を参考に、講習会までに準備をお願いする予定です。「計算機環境構築（Linux系）と必要なソフトウェアのインストール」、「計算機環境構築（アプリケーション系ソフトウェア）」の2つがあります。
http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/r_seq.html#bioinfo_ngs_sokushu_2014
7月22日「PC環境の構築」に参加されない方も、LinuxおよびRに関して、下記サイトを参照し、Linux導入、R導入、NGS解析に必要な環境構築技術を修得しておいてください。下記サイトに書かれている内容はひと通り習得済みであることを前提とした内容となる予定です。
Linuxについて http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/r_seq.html#about_book_JSLAB
Rについて http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/r_seq.html#about_install
Q１８-１．パソコンを持参する予定ですが、どの程度のスペックが必要でしょうか？
64bit, メモリ 4GB以上, CPU 2コア以上, Core2 duo 以上, HD 50GB以上。（2014年度実績）
Q１８-２．MacBook Air（1.8 GHz Intel Core i7, メモリ4GB）の持ち込みを考えています。
4GBメモリマシンも一応持ち込んでやってもらって、だめならアグリバイオPCをその場で貸与します。同様の質問への回答は全て「やってみなければわかりません」になります。解析できなかったというのもまた、重要な経験だと思います。当日持ち込んだもののマシンスペックが不足した場合は、アグリバイオで60台程度は貸与可能です。
Q１８-３．Rとそのパッケージを外付けのHDなどにインストールすることは可能でしょうか。
外付けHDなどにインストール、はやったことがないのでわかりません。
Q１８-４．バイオリナックスのインストールも外付けハードディスクに入れられればと思います。その方向で検討できるようでしたら、使用するべきHDのスペックなどをご指示いただけると幸いです。
多ければ多いほど無難、という回答しかできません。外付けHDDはそれほど高価なものではありませんので、1TB程度あれば、外付けHDへのインストールができるのであればハンズオン講習会以降も引き続き利用できるものと期待されます。
Q１９-１．推奨されたすべての条件を満たすパソコンが手元にありません。受講申込時に実習環境について「貸与を希望する」を選択していた場合、パソコンをお貸し頂くことは確実に可能なのでしょうか。
十分な台数の実習用Windows PCを用意しています。
Q１９-２．受講申込時に実習環境について「持ち込む」を選択していた場合でも、当日急遽パソコンをお貸し頂くことは可能でしょうか。
スペックを多少満たさなくても、なるべくご自身の持ち込みPCでトライされるのがよろしいかと思います。持ち込みPCに不都合や不具合があった場合は、受講申込時に「PCを持ち込む」を選択していたとしても、当日速やかにWindows PCをお貸ししますのでご安心ください。
Q２０．受講申込時にPCの貸与を希望したのですが、貸し出しに関してどのようになっているでしょうか？
受講申込時に貸出希望をされているのであれば、貸与するPCは確保されています。当日貸し出すだけですので、特にソフトウェアのインストール関連で準備の必要はありません。
