第42回日本分子生物学会年会

特別企画「使ってみようバイオデータベース-つながるデータ、広がる世界」

特別企画「使ってみようバイオデータベース-つながるデータ、広がる世界」では、ゲノム、蛋白質、糖鎖、代謝物、化合物などのデータの種類やヒト、マウス、植物、微生物などの生物種ごとにまとめたデータベースをポスター、配布資料やPCを用いたデモなどにより紹介します。どのようなデータベースがあるのか、ぜひお尋ねください。また、これらの多様な生命科学のコンテンツを探す、抽出する、整理する、つなげる、解析する情報技術の開発やバイオデータベースを整備して使いやすくする取り組み(データベースの統合化)についても紹介します。

会期 : 2019年12月3日(火)~6日(金) 9:30~17:00(最終日のみ9:30~12:45)
会場 : マリンメッセ福岡 バイオデータベースコーナー(BioDBコーナー)

第42回日本分子生物学会年会

<関連企画>フォーラム(チュートリアル企画)「生命科学のデータベース活用法2019」

会期 :2019年12月3日(火) 18:30~20:00
会場 :第14会場(福岡国際会議場 2F 203)

特別企画 出展者一覧

No 所属名 ブース名
バイオDB1 科学技術振興機構バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC) まずはここから。誰でも使えるNBDCのデータベース
バイオDB2 情報・システム研究機構データサイエンス共同利用基盤施設ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS) 知識発見につながるデータベース構築へ~DBCLSからの提案~
バイオDB3 産業技術総合研究所創薬分子プロファイリング研究センター 経産省関連ライフサイエンスサイトMEDALSの利用
バイオDB4 医薬基盤・健康・栄養研究所 AI健康・医薬研究センター バイオインフォマティクスプロジェクト、医薬基盤・健康・栄養研究所 創薬デザイン研究センター インシリコ創薬支援プロジェクト、医薬基盤・健康・栄養研究所 難治性疾患研究開発・支援センター 難病資源研究室、医薬基盤・健康・栄養研究所 トキシコゲノミクス・インフォマティクスプロジェクト 創薬・健康・栄養研究を支援するNIBIOHNのデータベース
バイオDB5 東京大学新領域メディカル情報生命 生命システム観測分野、東京医科歯科大学 難治疾患研究所 分子疫学研究室 統合ゲノム情報DB(ヒト疾患ゲノム変異情報の多階層オミクスデータの統合)
バイオDB6 京都大学化学研究所 KEGG NETWORK: ゲノム・パスウェイ・疾患・医薬品の統合データベース
バイオDB7 国立遺伝学研究所、基礎生物学研究所、東京工業大学、千葉大学 微生物統合データベース「MicrobeDB.jp」
バイオDB8 かずさDNA研究所、大阪大学大学院医学系研究科 Plant GARDEN and PGDBj (Plant Genome DataBase Japan)
バイオDB9 九州大学大学院 医学研究院 発生再生医学分野 ChIP-Atlas: 既報のChIP-seqデータをフル活用できる
バイオDB10 京都大学大学院薬学研究科、情報・システム研究機構ライフサイエンス統合データベースセンター、新潟大学大学院医歯学総合研究科、熊本大学大学院生命科学研究部 プロテオーム統合データベースjPOST
バイオDB11 創価大学、野口研究所、新潟大学、産業技術研究所、SparqLite 糖鎖科学ポータル:GlyCosmos
バイオDB12 大阪大学蛋白質研究所 Protein Data Bank Japan(PDBj; 日本蛋白質構造データバンク)

特別企画 出展情報

バイオDB1 まずはここから。誰でも使えるNBDCのデータベース

箕輪 真理、杉澤 芳隆、木下 いづみ、大波 純一
科学技術振興機構バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)

NBDCは生命科学データベース(DB)に関する日本の中核機関として、新たな知識の創出を促進するため、データの共有と統合に向けた研究開発とサービス提供を行っています。ポータルサイトでは目的のDBを一覧から探す「カタログ」、様々なDBを一括検索できる「横断検索」、DBを丸ごとダウンロードできる「アーカイブ」、ヒト関連データを共有するための「NBDCヒトDB」、日本人ゲノム多様性統合DB「TogoVar」等をご利用になれます。

【URL】
https://biosciencedbc.jp

バイオDB2 知識発見につながるデータベース構築へ~DBCLSからの提案~

箕輪 真理、佐久間 桂子、坊農 秀雅、小野 浩雅、大田 達郎、五斗 進
情報・システム研究機構データサイエンス共同利用基盤施設ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)

生命科学分野の知識発見やイノベーション推進のためには多種多様なDBを統合的に活用できる環境が必要です。私たちは、Linked Open Data技術を応用して、Web上に分散したDBから必要な情報を効率よく入手・活用できる統合利用環境の実現を目指すと共に、増加の一途をたどるNGSデータの活用ツールや研究をサポートする特徴あるコンテンツの作成・整備を行っています。今年も「データ解析のよろず相談」受け付けます!

【URL】
https://dbcls.rois.ac.jp

バイオDB3 経産省関連ライフサイエンスサイトMEDALSの利用

福井 一彦、雨宮 崇之、福西 快文、堀本 勝久
産業技術総合研究所創薬分子プロファイリング研究センター

産総研では、データベース統合に向けて経産省関連の成果や解析技術をまとめ、MEDALSより情報配信を行っています。本サイトでは、各種便覧の整備を行い、どの様なDB、ツール、プロジェクト、成果があるのかを容易に探すことができます。また解析ワークフローによるサービスでは、NBDCが進めるデータベース再構築と連携し、解析ツール群と統一化されたデータを繋げて利用可能とする連携解析のサービスを開発しています。

【URL】
https://medals.jp
https://www.molprof.jp

バイオDB4 創薬・健康・栄養研究を支援するNIBIOHNのデータベース

水口 賢司 1) ,2) 、坂手 龍一 3)、五十嵐 芳暢 4) 、陳 怡安 1) 、川島 和 1)、長尾 知生子 2) 、深川 明子 1)、樋口 千洋 1)
1) 医薬基盤・健康・栄養研究所 AI健康・医薬研究センター バイオインフォマティクスプロジェクト、2) 医薬基盤・健康・栄養研究所 創薬デザイン研究センター インシリコ創薬支援プロジェクト、3) 医薬基盤・健康・栄養研究所 難治性疾患研究開発・支援センター 難病資源研究室、4) 医薬基盤・健康・栄養研究所 トキシコゲノミクス・インフォマティクスプロジェクト

医薬基盤・健康・栄養研究所は、トキシコゲノミクスデータベース Open TG-GATEs、創薬支援、統合データウェアハウス TargetMineなどの開発を行ってきました。また2012年からNBDCと連携し、創薬・疾患に関するウェブサイトを対象とした横断検索システム Sagace を開発し公開しています。これらに加え、今年度より薬物動態に関するデータベース DruMAP の公開を開始し、さらにRDF化作業も進めています。これらのデータベースの開発を通して、より効率的な創薬・健康・栄養研究を支援することを目指しています。

【URL】
Sagace:https://sagace.nibiohn.go.jp
DruMAP:https://drumap.nibiohn.go.jp

バイオDB5 統合ゲノム情報DB(ヒト疾患ゲノム変異情報の多階層オミクスデータの統合)

鈴木 穣 1)、菅野 純夫 2)
1) 東京大学新領域メディカル情報生命 生命システム観測分野、2) 東京医科歯科大学 難治疾患研究所 分子疫学研究室

DBKEROはヒトゲノム中に見出された多型、変異における生物学的意義を検証するために、周辺領域の多層オミクスデータを集積したデータベースである。今年度、我々は、国内GWAS研究により収集された日本人ゲノムについてゲノム多型/変異のデータを拡充した。さらに、最新のゲノム解析技術を用いて解析したデータを公開しており、特に今年度は、Chromiumを用いたシングルセル解析データセット、PromethIONを用いた長鎖DNA解析データセットを拡充した。全データは、http://kero.hgc.jp/から無償で取得可能である。

【URL】
http://kero.hgc.jp
https://gwas.biosciencedbc.jp

バイオDB6 KEGG NETWORK: ゲノム・パスウェイ・疾患・医薬品の統合データベース

金久 實、田辺 麻央、古道 美穂
京都大学化学研究所

KEGG NETWORKはヒトの疾患を、生体システムを構成する分子ネットワークのゆらぎと関連づけるという新しい概念に基づくデータベースです。具体的には、KEGG PATHWAYにあるレファレンスネットワークに対して、ヒト遺伝子バリアントなどがもたらすネットワークのゆらぎを疾患と関連づけ、ネットワークバリエーションマップという形で表現しています。KEGGの新たな展開をご覧ください。

【URL】
https://www.kegg.jp/kegg/medicus/

バイオDB7 微生物統合データベース「MicrobeDB.jp」

黒川 顕 1)、森 宙史 1)、中村 保一 1)、藤澤 貴智 1)、内山 郁夫 2)、山田 拓司 3)、高橋 弘喜 4)、 矢口 貴志 4)
1) 国立遺伝学研究所、2) 基礎生物学研究所、3) 東京工業大学、4) 千葉大学

MicrobeDB.jpは、ゲノム情報を核として微生物学の様々な知識を統合したデータベースです。特に微生物の生息する環境に着目し、メタゲノムデータを活用した各種アプリケーション群が特徴的なデータベースシステムとなっています。本ブースでは、データサイエンス時代を切り拓く微生物統合データベース「MicrobeDB.jp」をご紹介いたします。

【URL】
http://microbedb.jp

バイオDB8 Plant GARDEN and PGDBj (Plant Genome DataBase Japan)

原田 大士朗 1)、Ghelfi Andrea 1)、Fawcett Jeffrey 1)、白澤 沙知子 1)、市原 寿子 2)、中谷 明弘 2)、平川 英樹 1)、磯部 祥子 1)、田畑 哲之 1)
1) かずさDNA研究所、2) 大阪大学大学院医学系研究科

ゲノム配列が解読された植物のDNAマーカーやQTL、多型情報をゲノムブラウザ上で俯瞰でき、遺伝子のクラスタリング情報を閲覧できる植物ゲノム統合ポータルサイトPlant GARDENのβ版を2019年3月に公開した。高速アノテーションを行えるHayai-Annotationや利用者が入力した配列データに対してSNP解析を行うシステムも利用できる。今後、植物種を拡張させた正式版を公開する予定である。

【URL】
https://plantgarden.jp
http://pgdbj.jp

バイオDB9 ChIP-Atlas: 既報のChIP-seqデータをフル活用できる

沖 真弥
九州大学大学院 医学研究院 発生再生医学分野

ChIP-Atlasは、論文などで報告された全てのChIP-seqデータを網羅的に統合し、データの閲覧や再解析を可能にしたWebサービスです。
- 10万件以上の実験データを収録。
- どのタンパク質がゲノムのどこに結合するかが、一目で理解できる。
- 興味の転写因子の標的遺伝子や共局在パートナーがわかる。
- 複数からなる遺伝子群のマスター制御因子がわかる。

【URL】
https://chip-atlas.org

バイオDB10 プロテオーム統合データベースjPOST

石濱 泰 1)、五斗 進 2)、奥田 修二郎 3)、松本 雅記 3)、荒木 令江 4)
1) 京都大学大学院薬学研究科、2) 情報・システム研究機構ライフサイエンス統合データベースセンター、3) 新潟大学大学院医歯学総合研究科、4) 熊本大学大学院生命科学研究部

jPOSTは国内外に散在する多様なプロテオームデータを標準化・一元管理する統合データベースであり、国際標準リポジトリProteomeXchangeメンバーとして国際連携やデータ標準化に貢献し、生命科学データ統合化の中核になることを目指します。jPOSTは(1)リポジト、(2)再解析システム、(3)データベースで構成され、登録された質量分析データを標準ワークフローに従って再解析し、集積後、ユーザーの視点からカスタマイズデータベースを作成できます。

【URL】
https://jpostdb.org

バイオDB11 糖鎖科学ポータル:GlyCosmos

木下 聖子 1) 、山田 一作 2)、奥田 修二郎 3) 、梶 裕之 4) 、青木 信行 5)
1) 創価大学、2) 野口研究所、3) 新潟大学、4) 産業技術研究所、5) SparqLite

鎖科学ポータルGlyCosmosは、(1)糖鎖科学データの標準化、(2)糖鎖・複合糖質構造、グライコプロテオミクスデータのリポジトリ、(3)糖鎖化学構造、糖鎖遺伝子、パスウェイ、糖タンパク質、レクチンなどのデータベースで構成される。 国際糖鎖構造リポジトリや標準化は欧米の糖鎖データベースプロジェクトと連携しており糖鎖科学研究の基盤となっている。また、データベースはゲノム、プロテオーム等と連携している。

【URL】
https://glycosmos.org

バイオDB12 Protein Data Bank Japan (PDBj; 日本蛋白質構造データバンク)

栗栖 源嗣、工藤 高裕、岩田武史
大阪大学蛋白質研究所

日本蛋白質構造データバンク(PDBj, https://pdbj.org/)ではJSTによる支援の下、米国・RCSBPDB、欧州・PDBe-EBI、米国・BMRBとの国際協力により、生体高分子構造データベース(PDB:Protein Data Bank)の受付・編集・管理を行っている。PDBデータはもちろんのこと、検証レポートの活用を含めた独自サービスの活用法や、ツール・二次データベースの開発について紹介する。

【URL】
https://pdbj.org

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