第42回日本分子生物学会年会

特別企画「使ってみようバイオデータベース－つながるデータ、広がる世界」

特別企画「使ってみようバイオデータベース－つながるデータ、広がる世界」では、ゲノム、蛋白質、糖鎖、代謝物、化合物などのデータの種類やヒト、マウス、植物、微生物などの生物種ごとにまとめたデータベースをポスター、配布資料やPCを用いたデモなどにより紹介します。どのようなデータベースがあるのか、ぜひお尋ねください。また、これらの多様な生命科学のコンテンツを探す、抽出する、整理する、つなげる、解析する情報技術の開発やバイオデータベースを整備して使いやすくする取り組み（データベースの統合化）についても紹介します。

会期 ： 2019年12月3日（火）～6日（金） 9:30～17:00（最終日のみ9:30～12:45）
会場 ： マリンメッセ福岡 バイオデータベースコーナー（BioDBコーナー）

＜関連企画＞フォーラム（チュートリアル企画）「生命科学のデータベース活用法2019」

会期 ：2019年12月3日（火） 18:30～20:00
会場 ：第14会場（福岡国際会議場 2F 203）

特別企画 出展者一覧

特別企画 出展情報

バイオDB1　まずはここから。誰でも使えるNBDCのデータベース

箕輪 真理、杉澤 芳隆、木下 いづみ、大波 純一
科学技術振興機構バイオサイエンスデータベースセンター（NBDC）

NBDCは生命科学データベース（DB）に関する日本の中核機関として、新たな知識の創出を促進するため、データの共有と統合に向けた研究開発とサービス提供を行っています。ポータルサイトでは目的のDBを一覧から探す「カタログ」、様々なDBを一括検索できる「横断検索」、DBを丸ごとダウンロードできる「アーカイブ」、ヒト関連データを共有するための「NBDCヒトDB」、日本人ゲノム多様性統合DB「TogoVar」等をご利用になれます。

【URL】
https://biosciencedbc.jp

バイオDB2　知識発見につながるデータベース構築へ～DBCLSからの提案～

箕輪 真理、佐久間 桂子、坊農 秀雅、小野 浩雅、大田 達郎、五斗 進
情報・システム研究機構データサイエンス共同利用基盤施設ライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS）

生命科学分野の知識発見やイノベーション推進のためには多種多様なDBを統合的に活用できる環境が必要です。私たちは、Linked Open Data技術を応用して、Web上に分散したDBから必要な情報を効率よく入手・活用できる統合利用環境の実現を目指すと共に、増加の一途をたどるNGSデータの活用ツールや研究をサポートする特徴あるコンテンツの作成・整備を行っています。今年も「データ解析のよろず相談」受け付けます！

【URL】
https://dbcls.rois.ac.jp

バイオDB3　経産省関連ライフサイエンスサイトMEDALSの利用

福井 一彦、雨宮 崇之、福西 快文、堀本 勝久
産業技術総合研究所創薬分子プロファイリング研究センター

産総研では、データベース統合に向けて経産省関連の成果や解析技術をまとめ、MEDALSより情報配信を行っています。本サイトでは、各種便覧の整備を行い、どの様なDB、ツール、プロジェクト、成果があるのかを容易に探すことができます。また解析ワークフローによるサービスでは、NBDCが進めるデータベース再構築と連携し、解析ツール群と統一化されたデータを繋げて利用可能とする連携解析のサービスを開発しています。

【URL】
https://medals.jp
https://www.molprof.jp

バイオDB4　創薬・健康・栄養研究を支援するNIBIOHNのデータベース

水口 賢司 ^{1) ,2)} 、坂手 龍一 ³⁾、五十嵐 芳暢 ⁴⁾ 、陳 怡安 ¹⁾ 、川島 和 ¹⁾、長尾 知生子 ²⁾ 、深川 明子 ¹⁾、樋口 千洋 ^1)
1) 医薬基盤・健康・栄養研究所 AI健康・医薬研究センター バイオインフォマティクスプロジェクト、²⁾ 医薬基盤・健康・栄養研究所 創薬デザイン研究センター インシリコ創薬支援プロジェクト、³⁾ 医薬基盤・健康・栄養研究所 難治性疾患研究開発・支援センター 難病資源研究室、⁴⁾ 医薬基盤・健康・栄養研究所 トキシコゲノミクス・インフォマティクスプロジェクト

医薬基盤・健康・栄養研究所は、トキシコゲノミクスデータベース Open TG-GATEs、創薬支援、統合データウェアハウス TargetMineなどの開発を行ってきました。また2012年からNBDCと連携し、創薬・疾患に関するウェブサイトを対象とした横断検索システム Sagace を開発し公開しています。これらに加え、今年度より薬物動態に関するデータベース DruMAP の公開を開始し、さらにRDF化作業も進めています。これらのデータベースの開発を通して、より効率的な創薬・健康・栄養研究を支援することを目指しています。

【URL】
Sagace：https://sagace.nibiohn.go.jp
DruMAP：https://drumap.nibiohn.go.jp

バイオDB5　統合ゲノム情報DB（ヒト疾患ゲノム変異情報の多階層オミクスデータの統合）

鈴木 穣 ¹⁾、菅野 純夫 ^2)
1) 東京大学新領域メディカル情報生命 生命システム観測分野、²⁾ 東京医科歯科大学 難治疾患研究所 分子疫学研究室

DBKEROはヒトゲノム中に見出された多型、変異における生物学的意義を検証するために、周辺領域の多層オミクスデータを集積したデータベースである。今年度、我々は、国内GWAS研究により収集された日本人ゲノムについてゲノム多型/変異のデータを拡充した。さらに、最新のゲノム解析技術を用いて解析したデータを公開しており、特に今年度は、Chromiumを用いたシングルセル解析データセット、PromethIONを用いた長鎖DNA解析データセットを拡充した。全データは、http://kero.hgc.jp/から無償で取得可能である。

【URL】
http://kero.hgc.jp
https://gwas.biosciencedbc.jp

バイオDB6　KEGG NETWORK: ゲノム・パスウェイ・疾患・医薬品の統合データベース

金久 實、田辺 麻央、古道 美穂
京都大学化学研究所

KEGG NETWORKはヒトの疾患を、生体システムを構成する分子ネットワークのゆらぎと関連づけるという新しい概念に基づくデータベースです。具体的には、KEGG PATHWAYにあるレファレンスネットワークに対して、ヒト遺伝子バリアントなどがもたらすネットワークのゆらぎを疾患と関連づけ、ネットワークバリエーションマップという形で表現しています。KEGGの新たな展開をご覧ください。

【URL】
https://www.kegg.jp/kegg/medicus/

バイオDB7　微生物統合データベース「MicrobeDB.jp」

黒川 顕 ¹⁾、森 宙史 ¹⁾、中村 保一 ¹⁾、藤澤 貴智 ¹⁾、内山 郁夫 ²⁾、山田 拓司 ³⁾、高橋 弘喜 ⁴⁾、 矢口 貴志 ^4)
1) 国立遺伝学研究所、²⁾ 基礎生物学研究所、³⁾ 東京工業大学、⁴⁾ 千葉大学

MicrobeDB.jpは、ゲノム情報を核として微生物学の様々な知識を統合したデータベースです。特に微生物の生息する環境に着目し、メタゲノムデータを活用した各種アプリケーション群が特徴的なデータベースシステムとなっています。本ブースでは、データサイエンス時代を切り拓く微生物統合データベース「MicrobeDB.jp」をご紹介いたします。

【URL】
http://microbedb.jp

バイオDB8　Plant GARDEN and PGDBj (Plant Genome DataBase Japan)

原田 大士朗 ¹⁾、Ghelfi Andrea ¹⁾、Fawcett Jeffrey ¹⁾、白澤 沙知子 ¹⁾、市原 寿子 ²⁾、中谷 明弘 ²⁾、平川 英樹 ¹⁾、磯部 祥子 ¹⁾、田畑 哲之 ^1)
1) かずさDNA研究所、²⁾ 大阪大学大学院医学系研究科

ゲノム配列が解読された植物のDNAマーカーやQTL、多型情報をゲノムブラウザ上で俯瞰でき、遺伝子のクラスタリング情報を閲覧できる植物ゲノム統合ポータルサイトPlant GARDENのβ版を2019年3月に公開した。高速アノテーションを行えるHayai-Annotationや利用者が入力した配列データに対してSNP解析を行うシステムも利用できる。今後、植物種を拡張させた正式版を公開する予定である。

【URL】
https://plantgarden.jp
http://pgdbj.jp

バイオDB9　ChIP-Atlas: 既報のChIP-seqデータをフル活用できる

沖 真弥
九州大学大学院 医学研究院 発生再生医学分野

ChIP-Atlasは、論文などで報告された全てのChIP-seqデータを網羅的に統合し、データの閲覧や再解析を可能にしたWebサービスです。
- 10万件以上の実験データを収録。
- どのタンパク質がゲノムのどこに結合するかが、一目で理解できる。
- 興味の転写因子の標的遺伝子や共局在パートナーがわかる。
- 複数からなる遺伝子群のマスター制御因子がわかる。

【URL】
https://chip-atlas.org

バイオDB10　プロテオーム統合データベースjPOST

石濱 泰 ¹⁾、五斗 進 ²⁾、奥田 修二郎 ³⁾、松本 雅記 ³⁾、荒木 令江 ^4)
1) 京都大学大学院薬学研究科、²⁾ 情報・システム研究機構ライフサイエンス統合データベースセンター、³⁾ 新潟大学大学院医歯学総合研究科、⁴⁾ 熊本大学大学院生命科学研究部

jPOSTは国内外に散在する多様なプロテオームデータを標準化・一元管理する統合データベースであり、国際標準リポジトリProteomeXchangeメンバーとして国際連携やデータ標準化に貢献し、生命科学データ統合化の中核になることを目指します。jPOSTは（1）リポジト、（2）再解析システム、（3）データベースで構成され、登録された質量分析データを標準ワークフローに従って再解析し、集積後、ユーザーの視点からカスタマイズデータベースを作成できます。

【URL】
https://jpostdb.org

バイオDB11　糖鎖科学ポータル：GlyCosmos

木下 聖子 ¹⁾ 、山田 一作 ²⁾、奥田 修二郎 ³⁾ 、梶 裕之 ⁴⁾ 、青木 信行 ^5)
1) 創価大学、²⁾ 野口研究所、³⁾ 新潟大学、⁴⁾ 産業技術研究所、⁵⁾ SparqLite

鎖科学ポータルGlyCosmosは、（1）糖鎖科学データの標準化、（2）糖鎖・複合糖質構造、グライコプロテオミクスデータのリポジトリ、（3）糖鎖化学構造、糖鎖遺伝子、パスウェイ、糖タンパク質、レクチンなどのデータベースで構成される。 国際糖鎖構造リポジトリや標準化は欧米の糖鎖データベースプロジェクトと連携しており糖鎖科学研究の基盤となっている。また、データベースはゲノム、プロテオーム等と連携している。

【URL】
https://glycosmos.org

バイオDB12　Protein Data Bank Japan （PDBj; 日本蛋白質構造データバンク）

栗栖 源嗣、工藤 高裕、岩田武史
大阪大学蛋白質研究所

日本蛋白質構造データバンク（PDBj, https://pdbj.org/)ではJSTによる支援の下、米国・RCSBPDB、欧州・PDBe-EBI、米国・BMRBとの国際協力により、生体高分子構造データベース（PDB：Protein Data Bank）の受付・編集・管理を行っている。PDBデータはもちろんのこと、検証レポートの活用を含めた独自サービスの活用法や、ツール・二次データベースの開発について紹介する。

【URL】
https://pdbj.org