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H28年度 NGSハンズオン講習会カリキュラム

H28年度日程・講義資料・動画等

カリキュラム(PDF:72KB)

実施日実施時間大項目タイトル内容(予定)担当講師
(敬称略)
講義資料・
動画(統合TV)
7月19日
(火)
10:30-18:15
 
PC環境の構築
・Bio-Linux8(第2部および3部で利用するovaファイル)の導入確認
・共有フォルダ設定完了確認
・基本的なLinuxコマンドの習得状況確認
・R本体およびパッケージのインストール確認
・講師指定の事前予習内容の再確認
・講習会期間中に貸与されるノートPCを用いた各種動作確認
主催・共催機関


講義資料
(PDF:4MB)
7月20日
(水)
10:30-18:15
第1部
統計解析

(農学生命情報科学特論I)
ゲノム解析、塩基配列解析
・NGS解析手段、ウェブツール(DDBJ Pipeline)との連携
・k-mer解析(k個の連続塩基に基づく各種解析)の基礎と応用
・塩基ごとの出現頻度解析(k=1)、2連続塩基の出現頻度解析(k=2)
・塩基配列解析を行うための基本スキルの復習や作図
・de novoアセンブリ時のエラー補正やゲノムサイズ推定の基本的な考え方
7月21日
(木)
10:30-18:15
トランスクリプトーム解析1
・カウントデータ取得以降の統計解析(RNA-seq)
・サンプル間クラスタリング、結果の解釈
・発現変動解析(反復あり2群間比較)
・分布やモデル、実験デザイン
・反復なし2群間比較(TCC, DESeq2)、および結果の解釈
7月22日
(金)
10:30-18:15
トランスクリプトーム解析2
・反復あり3群間比較(TCCによるANOVA的な解析)
・デザイン行列、post-hoc test
・遺伝子間クラスタリング(MBCluster.Seq)
・反復あり3群間比較(EBSeqやbaySeqによる発現パターン分類)
・反復なし3群間比較(TCC)、および結果の解釈
・(データの正規化、TCC正規化を組み合わせた各種解析)
7月25日
(月)
10:30-18:15

NGS解析基礎
・ファイル形式
・可視化 (IGV)
・quality check
・マッピング
・アセンブル
山口 昌雄
(アメリエフ)

窪川 美雪
(アメリエフ)
7月26日
(火)
10:30-18:15




ゲノムReseq、変異解析
代表的なパイプラインについての実習:ゲノムReseq、変異解析
山口 昌雄
(アメリエフ)

三澤 拓真
(アメリエフ)
7月27日
(水)
10:30-18:15




RNA-seq
代表的なパイプラインについての実習
山口 昌雄
(アメリエフ)

尾上 広祐
(アメリエフ)
7月28日
(木)
10:30-18:15




ChIP-seq
代表的なパイプラインについての実習
山口 昌雄
(アメリエフ)

久保 竜一
(アメリエフ)
8月1日
(月)
10:30-18:15
第3部
NGS解析(中~上級)

(農学生命情報科学特論II)
Linux環境でのデータ解析:JavaやRの利用法
・日本乳酸菌学会誌のNGS連載第4回の復習(特にFastQCとFaQCs)
・乳酸菌連載第5回(W13-2まで)
・paired-endファイルのアダプター除去(FaQCs)
・Javaプログラムの設定と実行(Rockhopper2)
・Linux環境でのRの利用法(対話モードとバッチモード)
8月2日
(火)
10:30-18:15
Linux環境でのデータ解析:マッピング、トリミング、アセンブリ
・NGS連載第5回(残り)、第6回(W10-6まで)
・RパッケージQuasRを用いたRNA-seqデータのマッピング
・末端塩基のトリミング(Biostringsとfastx_trimmer)
・トリミング前後のde novoアセンブルとマッピング結果の評価
・Illumina MiSeqデータの特徴と前処理(FastQCとFaQCs)
・de novoゲノムアセンブリ(Velvet)
8月3日
(水)
10:30-18:15
クラウド環境との連携、ロングリードデータの解析
・NGS連載第6回(残り)、ゲノムサイズ推定(KmerGenie)
・配列長によるフィルタリング(Pythonプログラム実行と改変)
・DDBJ Pipeline (VelvetとPlatanus;エアーハンズオン)
・ロングリード(PacBio)データと公共DB
・ファイル形式(sra, FASTQ, bax.h5)、SRA Toolkit、FastQC
・DDBJ Pipeline (HGAP;エアーハンズオン)
8月4日
(木)
10:30-18:15
トランスクリプトームアセンブリ、発現量推定
・de novoトランスクリプトームアセンブリ(TrinityとBridger)
・前処理(アダプター除去やトリミング)との組合せによる性能比較
・発現量推定(TIGAR2)

※講師所属は講習会開催時点