統合データベース講習会:AJACS番町3

統合データベース講習会:AJACSは、生命科学系のデータベースやツールの使い方、データベースを統合する活動を紹介する講習会です。

開催概要

日時 2019年8月7日(水) 9:30~17:10
会場 科学技術振興機構 東京本部別館 1階ホール
(東京都千代田区五番町7 K's五番町)
定員 約100名
参加費 無料
PC

ご自身のPCをお持ち込みください。

  • 電源、ネットワーク(無線LAN)有。ご自身のWi-Fiモバイルルーターの持ち込みも可能です。
  • ご紹介するツールは、Chrome上で動作させることを想定しています。事前にインストールをお願いいたします。
  • 沖講師の講習「ChIP-Atlasの使い方」では、ゲノムブラウザIGVを用いた講義を予定しております。事前にインストールをお願いいたします。
    推奨スペック:Mac または Windows(最新バージョンのOSが望ましい)
主催 国立研究開発法人科学技術振興機構バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)
共催 大学共同利用機関法人情報・システム研究機構データサイエンス共同利用基盤施設ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)

申込

申し込み受付は終了しました。

お問い合わせ

統合データベース講習会事務局までメールにてお問い合わせください。
AJACS[AT]biosciencedbc.jp([AT]を @ にかえてください)

プログラム

講習資料は以下のページをご覧ください。

    9:30~9:35 NBDC挨拶
    9:35~11:00 NBDCの紹介とNBDCが提供するサービス
    櫛田 達矢(NBDC)
    11:10~11:40 【How to use1】MicrobeDB.jp の使い方
    森 宙史(国立遺伝学研究所)
    目標:公共の微生物のゲノム・メタゲノム解析データ等をMicrobeDB.jpで検索する方法、および、VITCOMIC2、LEA等を用いて、自分の持つマイクロバイオームのアンプリコンシーケンスデータやメタゲノムシーケンスデータから系統組成を推定し、系統組成が似たMicrobeDB.jp上のメタゲノム解析データを検索する方法がわかる。
    11:40~12:10 【How to use2】ChIP-Atlas の使い方
    沖 真弥(九州大学大学院医学研究院)
    目標:興味のある遺伝子の周辺領域において、どの転写因子が結合し、どんなヒストン修飾を受けているかについて理解できる。複数の遺伝子群のマスター制御因子を特定できる。
    ゲノムブラウザIGVを使用します。事前にインストールをお願いいたします。
    12:10~13:20 昼食休憩
    13:20~14:50 多型データベース(TogoVar等)
    三橋 信孝(NBDC)
    目標:国内外のゲノム多型、バリアントのデータベースの概要を理解できる。
    15:00~15:30 【How to use3】jPOSTの使い方(プロテオーム関連データベース)
    小林 大樹(熊本大学大学院生命科学研究部)
    守屋 勇樹(DBCLS)
    目標:jPOST database で興味のあるプロテオームデータを閲覧、取得できるようになる。
    15:40~17:10 遺伝子発現データベース/遺伝子発現解析ツール
    坊農 秀雅(DBCLS)
    目標:公共の遺伝子発現データベースについて理解を深め、それらから必要なデータを探し出して再利用できるようになる。

    AJACS(あじゃっくす)とは

    ライフサイエンス分野のデータベース統合を担う人材、アノテーター(Annotator)、キュレーター(Curator)、システムデータベース管理者(System DB administrator)の総称です(All Japan Annotator/Curator/System DB administrator)。AJACSな人は、統合データベースの作成、維持、管理にかかわる新たな職種です。

    お問い合わせ・ご意見

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