国立研究開発法人 科学技術振興機構

PDBjが、wwPDBの新たな定款でRDFが公式フォーマットの一つとなったことを報告

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2021年7月6日

PDBjは、2021年6月25日、国際蛋白質データバンク(wwPDB)の新たな定款が合意され、RDFが公式フォーマットの一つに定められたことを報告しました。

PDBjは、国際蛋白質データバンク(wwPDB)の下で、国際的に統一化された生体高分子の立体構造データベースを共同運営しています。運営の体制や方法は定款(Charter)に定められています。

2021年に合意されたwwPDBの新しい定款ではフォーマット規定が作られ、PDBx/mmCIFフォーマットがPDBアーカイブの正式な一次フォーマットとして記載されるとともに、RDF (Resource Description Framework) フォーマットが二次ファイルフォーマットとして記載されました。

上記以外にも、現状を踏まえ、具体化や変更が行われています。例えば、電子顕微鏡構造解析(3DEM)によるマップやトモグラムをアーカイブしているElectron Microscopy Data Bank (EMDB)が、wwPDBの正メンバーとして記されました。また、中国やインドなどを念頭に国や地域がwwPDBに新しく参加する枠組みとして、准メンバーというカテゴリーが設置されました。

詳細は、PDBjのお知らせ「[wwPDB] wwPDBの定款を更新し,RDFを公式フォーマットの一つと定義しました | PDBj」をご覧ください。

PDBjは、「統合化推進プログラム」の研究開発課題「蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化 - 採択課題」の一環として開発・運営されています。

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