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【統合化推進プログラム】DBKEROの論文が公開されました。

 2017年11月8日、東京大学大学院新領域創成科学研究科の鈴木穣教授、菅野純夫教授らによるDBKEROの論文が、Nucleic Acids Researchから公開されました。

 DBKEROは、ヒトゲノム多型・変異に生物学的機能注釈を与えるべく、ゲノム変異位置、近傍のエピゲノム情報、トランスクリプトーム情報をヒトゲノム情報に統合したものです。本論文では、兄弟サイトであるDBTSSとともに、収録データセットやその位置づけ、DBKEROの利用例が紹介されています。
 本データベースは、NBDCが推進するライフサイエンスデータベース統合推進事業(統合化推進プログラム)における研究開発課題の一環として開発されました。
 論文、データベース並びに研究開発課題の概要は以下の通り。

○論文情報
DBTSS/DBKERO for integrated analysis of transcriptional regulation.
Ayako Suzuki, Shin Kawano, Toutai Mitsuyama, Mikita Suyama, Yae Kanai, Katsuhiko Shirahige, Hiroyuki Sasaki, Katsushi Tokunaga, Katsuya Tsuchihara, Sumio Sugano, Kenta Nakai, Yutaka Suzuki
https://doi.org/10.1093/nar/gkx1001

○データベース情報
DBKERO
http://kero.hgc.jp/
本データベースはヒトゲノム多型・変異に生物学的機能注釈を与えるべく、ゲノム変異位置、近傍のエピゲノム(ヒストン修飾、DNAメチル化パターン)、トランスクリプトーム情報(発現量、スプライスパターン)をヒトゲノム情報に統合したものです。
DBTSS (https://dbtss.hgc.jp/) の兄弟サイトであり、DBKEROでは特に、培養細胞系あるいは生物種を超えてマウスをはじめとする動物モデル系から得られたオミクスデータに焦点を当てています。
なお、収録データのRDF版は、以下から検索・ダウンロード可能です。
DBKERO RDF [NBDC RDFポータル] http://integbio.jp/rdf/?view=detail&id=kero

○研究開発課題の概要
研究開発課題: 疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オーミクスデータの統合
研究代表者:    菅野 純夫(東京大学 大学院新領域創成科学研究科 教授)