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統合化推進プログラム採択課題

平成29年度採択(2017年4月~2022年3月)

研究開発課題名 エピゲノミクス統合データベースの開発と機能拡充
研究代表者 沖 真弥
所属・役職 九州大学 大学院医学研究院 助教
概   要  本研究開発課題では、ChIP-seqデータの統合解析データベース(ChIP-Atlas)のデータ追加と機能拡充を目指す。特に、Bisulfite-seq データの追加、収集対象生物の拡充、サンプルメタデータに対するキュレーション業務の効率化や規格化、積極的な広報活動とニーズの吸収を積極的に推し進める。
 本研究開発を通じ、ChIP-Atlas を国際的に中核的なエピゲノミクス統合データベースとなし、知識発見や予測のために幅広い生命科学系分野で使われることを目指す。
研究開発課題名 ゲノム・疾患・医薬品のネットワークデータベース
研究代表者 金久 實
所属・役職 京都大学 化学研究所 特任教授
概   要  ゲノムの情報から疾患や医薬品に関する知見を得るための新しいデータベースとして、ヒトゲノムのバリエーション(多様性)を、生体システムを構成するネットワーク要素のバリエーションとして蓄積した KEGG NETWORK を開発する。 KEGG MEDICUS には疾患情報、医薬品情報、ネットワーク情報が統合され、クリニカルシーケンスデータの解釈など、ゲノム情報有効利用のための新たなレファレンスリソースとして提供する。
研究開発課題名 糖鎖科学ポータルの構築
研究代表者 木下 聖子
所属・役職 創価大学 理工学部 教授
概   要  本研究開発課題では、システム糖鎖生物学の基盤となる GlyCosmos Portal を構築する。本ポータルには糖鎖構造リポジトリ GlyTouCan と、新規開発の複合糖質リポジトリ GlyComb を設置する。また、2つの統合データ(糖鎖の分子構造および糖鎖遺伝子に関するパスウェイ情報)を格納する GlyCosmos Database を構築するとともに、ゲノム、プロテオーム、メタボロームなどのデータベースと連携する。
 糖鎖を含むかたちで情報伝達経路や代謝経路を閲覧・解析できるようにすることで幅広い生命科学分野における糖鎖情報の活用を目指す。
研究開発課題名 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化
研究代表者 栗栖 源嗣
所属・役職 大阪大学 蛋白質研究所 教授
概   要  本研究開発課題では、PDB(蛋白質立体構造データバンク)と BMRB(NMR実験情報データバンク)を、日米欧の国際協力によりハイブリッド法など新たな手法に拡張し、国際組織である wwPDB の枠組みの下で構築・公開する。その際、特にデータ品質管理のための検証レポートの拡充とセマンティック化を図る。また、生体高分子と複合体を形成している低分子化合物に対して化学分野のデータベースである CSD(ケンブリッジ結晶構造データベース)との統合化も図る。また、たんぱく質の種々の機能情報が利用できるようにツールを高度化するとともに、データベースの利用を促進するための講習会などの活動を幅広く行う。
研究開発課題名 データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発
研究代表者 黒川 顕
所属・役職 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生命情報研究センター 教授
概   要  本研究開発課題では、フル RDF による微生物統合データベース MicrobeDB.jp の徹底的なデータ統合および高度化をさらに推進するとともに、「統合化されたデータをどのように渡り歩き、どのような新規知見を得るか」というデータサイエンスを加速させる統合 DB の利活用方法の開発に重点を置き、MicrobeDB.jp の実用化を目指す。
研究開発課題名 疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オーミクスデータの統合
研究代表者 菅野 純夫
所属・役職 東京大学 大学院新領域創成科学研究科 教授
概   要  本研究開発課題では、ヒトゲノム多型・変異に生物学的機能注釈を与えるべく、変異近傍の多層オーミクスデータの統合を目指す。データ統合はがんを対象としたものを中心に、最終的に疾患の枠を超えた統合を目指す。特に、培養細胞やマウスなどの動物モデル系から得られたデータに特色を求める。また、IHEC(国際エピゲノムコンソシアム)データの本邦での受け皿となる。
 本研究開発を通じ、臨床検体で乏しいエピゲノム情報を充実、同時に生物学的機能解析の場としてのモデル系のオーミクス情報の整備を行う。独自性の高い疾患多層オーミクス情報の統合データベースの構築を目指す。
研究開発課題名 個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築
研究代表者 田畑 哲之
所属・役職 かずさDNA研究所 所長
概   要  本研究開発課題では、 PGDBj において種、属、科などの階層間のゲノム関連情報を容易に比較できる仕組みを整備し、特定の種で得られている知見を他の種で参照できる基盤を構築する。現 PGDBj の諸機能を基軸に、新たな配列データを柔軟に取り入れ、ユーザが必要とする情報を抽出できるデータベースの開発を目指す。さらに個体ゲノムの時代が植物にも到来することを見据え、ユーザ自身が分析した NGS データを投入できる多型・ハプロタイプ検出システムを開発・実装する。
(五十音順に掲載)

平成27年度採択(2015年4月~2018年3月)

研究開発課題名 プロテオーム統合データベースの構築
研究代表者 石濱 泰
所属・役職 京都大学 大学院薬学研究科 教授
概   要  国内外に散在している種々のプロテオーム情報を標準化・統合・一元管理し、多彩な生物種・翻訳後修飾・絶対発現量も含めた世界初の横断的統合プロテオームデータベースjPOST(Japan ProteOme STandard Repository&Database)を開発し、ライフサイエンス統合データベースに欠けている「たんぱく質」という必要不可欠な生命素子情報を広く国内外に公開することを目指す。
発表資料 サイトビジット(2015年5月28日)(PDF:2.05MB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
トーゴーの日シンポジウム2015(PDF:1.8MB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
サイトビジット(2016年7月7日)(PDF:3.7MB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
報告書 平成27年度(PDF:0.3MB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
平成28年度(PDF:0.4MB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
研究開発課題名 生命動態情報と細胞・発生画像情報の統合データベース
研究代表者 大浪 修一
所属・役職 理化学研究所 生命システム研究センター チームリーダー
概   要  生命動態システム科学のデータベースの統合を発展させるため、統合データフォーマットやデータベースツールの充実化、新規データの統合を図りつつ、当分野の研究手法のより広い生命科学研究への適用を促進することを目指し、細胞生物学と発生生物学の画像データの当分野の統合データベースへの統合を進める。さらに、他の統合データベースとの連携の深化、国際的な連携体制の構築やデータベース管理の効率化も実施する。
発表資料 サイトビジット(2015年5月28日)(PDF:2.34MB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
トーゴーの日シンポジウム2015(PDF:16.4MB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
サイトビジット(2016年7月6日)(PDF:5.2MB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
報告書 平成27年度(PDF:0.3MB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
平成28年度(PDF:0.4MB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
(五十音順に掲載)