単行本「微生物資源の整備と利活用の戦略」の「微生物統合情報とリソース」の章で、MicrobeDB.jpとMicrobiome Datahubの機能を紹介
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2023年10月4日
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所の森宙史准教授らが記事を執筆した単行本「微生物資源の整備と利活用の戦略」が、2023年9月30日、出版されました。森准教授らが執筆したのは「第4章 微生物資源に関わる種々の課題」のうち「第7節 微生物統合情報とリソース」です。
この節では、微生物ゲノムの統合データベース「MicrobeDB.jp」とマイクロバイオーム研究を先導するハブを目指した特化型微生物統合データベース「Microbiome Datahub」(開発中) の収載データ、基本的な機能、微生物菌株リソースとの連携事例などを紹介しています。また、健康に関与するヒト共生細菌叢や環境中の微生物細菌叢の研究などにおいて、近年、非常に注目されているメタゲノム解析およびその対象である MAG（Metagenome Assembled Genome）についても詳しく説明しています。
MicrobeDB.jpとMicrobiome Datahubは、「統合化推進プログラム」の研究開発課題「マイクロバイオーム研究を先導するハブを目指した微生物統合データベースの特化型開発」において、森宙史准教授らが開発・運用しています。
補足説明
メタゲノム解析とMAG：糞便や土壌などで採取された試料から抽出したDNA混合物を次世代DNAシーケンサーで読み取り、コンピュータ上でそれらの配列を解析する手法を「メタゲノム解析」と呼ぶ。メタゲノム解析の中で配列をアセンブルおよびクラスタリングして得られる仮想的なゲノム配列を「MAG」(Metagenome Assembled Genome)と呼ぶ。本手法により、これまで単離や培養が困難だった微生物の、人の健康との関わりや環境中での働きを明らかにする研究が多く取り組まれるようになっている。