国立研究開発法人 科学技術振興機構

【統合化推進プログラム】PDBjが新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)のタンパク質立体構造データを集約した特集ページを開設

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2020年3月12日

2020年3月11日、大阪大学 蛋白質研究所 栗栖源嗣教授らの研究チームは、PDBjにおいて、新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)が持つタンパク質の立体構造データを集約した特集ページを開設しました(大阪大学プレスリリース「新型コロナウイルスの蛋⽩質構造情報を集約して3/11 から公開」(2020年03月10日))。

タンパク質立体構造は創薬研究の基盤となる重要なデータです。新型コロナウイルスのタンパク質立体構造データの迅速な登録・公開は、創薬研究の手助けにつながると期待されます。

PDBは、そうしたタンパク質立体構造データの世界的なリポジトリです。日米欧の3極体制からなる国際蛋⽩質構造データバンク(worldwide Protein Data Bank:wwPDB)というコンソーシアムによって維持・管理が行われています。
⼤阪⼤学蛋⽩質研究所の⽇本蛋⽩質構造データバンク(Protein Data Bank Japan: PDBj)はwwPDBの設⽴時からのメンバーであり、アジア・中東地区からのデータ処理・登録を分担しています。

1月26日に中国の研究者から新型コロナウイルス関連の最初のタンパク質立体構造情報が登録されました。この構造情報をPDBjが処理し、2月5日に公開されました。新型コロナウイルス関連データは、その後も次々公開され、3月11日時点で24件のデータが公開されています。

PDBには、世界中から登録された様々な生物由来のデータが、毎週、数百個ずつ公開され、これまでに公開されたデータは合計16万個を超えます。なかには新型コロナウイルスに類似したウイルスのデータも登録されていることなどから、新型コロナウイルスだけの情報を漏れなく全て見つけることは簡単なことではありません。今回公開された特集ページは、新型コロナウイルスのデータを間違いなく迅速に手に入れて研究開発に活かしたい研究者、企業の期待に応えると考えられます。

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