【統合化推進プログラム】植物研究用の超高速な遺伝子アノテーションツール「Hayai-Annotation Plants」の論文が公開されました

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2019年5月31日

概要

2019年5月15日、かずさDNA研究所 先端研究開発部のAndrea Ghelfi特任研究員らは、植物研究用の新たな遺伝子アノテーションツール「Hayai-Annotaion Plants」を開発し、論文発表を行いました。

Hayai-Annotaion Plantsは、ローカル環境で動作し、実行速度が極めて速く、正確かつ包括的なアノテーションが可能です。本ツールの配列相同性検索はUSEARCHに基づき、UniprotKBで有胚植物上門(Embryophyta)に分類されているデータを利用してアノテーションを行います。

論文の掲載先は、国際計算生物学会(International Society for Computational Biology、ISCB)が発行する学術誌「Bioinformatics」です。論文中では、本ツールのパイプラインについて説明するとともに、主要な解析ツールBlanst2GO、TRAPIDと比較した性能評価を行っています。
本研究開発成果の詳細は、かずさDNA研究所によるプレスリリースをご覧ください。

また、Hayai-Annotaion Plantsのソースコードは、以下からダウンロードいただけます。

GitHub - kdri-genomics/Hayai-Annotation-Plants: R-package for an Ultra-Fast and Comprehensive Gene Annotation in Plants

本研究開発は、NBDC「統合化推進プログラム」の研究開発課題「個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築」(研究代表者:田畑 哲之)の一環として実施されました。

論文情報

Hayai-Annotation Plants: an ultra-fast and comprehensive functional gene annotation system in plants

Andrea Ghelfi, Kenta Shirasawa, Hideki Hirakawa, Sachiko Isobe

プレスリリース

ゲノム配列から同定した遺伝子の機能予測を最速で行うプログラムを 開発しました 〜Hayai-Annotation Plants〜(2019年5月27日付)

研究開発課題

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