【統合化推進プログラム】植物ゲノム統合ポータルサイト「Plant GARDEN」β版を公開しました。

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2019年3月28日

2019年3月11日、かずさDNA研究所の田畑 哲之所長らのグループは、新たに植物ゲノム統合ポータルサイト「Plant GARDEN」のβ版を公開しました。

Plant GARDEN

plant garden

背景およびPlant GARDEN の概要

近年、NGS(次世代シーケンサー)が普及し、様々な植物種の新たなゲノム情報が次々と公開され、異なる品種・変異株が持つゲノムワイドな多型情報を迅速・安価に収集できるようになりました。今後、植物科学分野においても、同一植物種のゲノム関連情報の集約、種を超えた比較、多型・ハプロタイプ検出が重要になると考えられます。

Plant GARDENは、このような時代の到来に先んじて、次の機能を提供します。

  1. ゲノムブラウザに、様々な植物種のゲノム関連情報(SNP、ハプロタイプ、DNAマーカー、QTL等)を集約し、閲覧する
  2. 植物種を超えて遺伝子配列類似性情報を閲覧・比較する
  3. ユーザーが持つ研究データを解析し、公開情報と比較する

現時点で公開している植物種および情報は以下の通りです。

  • ミヤコグサ:ゲノム配列、遺伝子、マーカー、形質連関マーカー、SNPs、連鎖地図
  • ゲノム配列のみ:オランダイチゴ、キクタニギク、シロイヌナズナ、ダイコン、ダイズ、トマト、ヨーロッパブドウ、落花生

また、解析機能・ツールは一部のみ(SNP検出、遺伝子アノテーション)提供しています。

ご意見・ご要望の募集

今後、利用者からの感想・意見を伺って改良を重ね、2019年度内に正式公開を予定しています。また、格納するデータや解析ツールの拡充は順次行っていきます。

お気づきの点やご要望、優先的に格納してほしい情報などございましたら、下記までご連絡下さい。

かずさDNA研究所 PlantGARDEN開発チーム

plantgarden_at_kazusa.or.jp

関連情報

Plant GARDEN かずさDNA研究所が2012年に公開した植物ゲノム統合データベースPGDBj:Plant Genome DataBase Japan」の収録データを再整理し、また新たな情報・機能を追加したものです。

Plant GARDENの概要は、動画でもご覧頂けます。本動画は、2018年11月28日、Plant GARDENの開発者の一人である平川英樹施設長(かずさDNA研究所)が、日本分子生物学会年会にて発表したものです。

本データベースの開発は、「統合化推進プログラム」における研究開発課題「個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築」の一環として実施されています。

研究開発課題の概要

  • 研究開発課題名:個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築
  • 研究代表者: 田畑 哲之(かずさDNA研究所 所長)
  • 研究開発期間: 2017年4月~2022年3月
  • 概要・報告書など:https://biosciencedbc.jp/funding/project/17934006.html

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