【統合化推進プログラム】植物ゲノム統合ポータルサイト「Plant GARDEN」β版を公開しました。
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2019年3月11日、かずさDNA研究所の田畑 哲之所長らのグループは、新たに植物ゲノム統合ポータルサイト「Plant GARDEN」のβ版を公開しました。
Plant GARDEN
背景およびPlant GARDEN の概要
近年、NGS（次世代シーケンサー）が普及し、様々な植物種の新たなゲノム情報が次々と公開され、異なる品種・変異株が持つゲノムワイドな多型情報を迅速・安価に収集できるようになりました。今後、植物科学分野においても、同一植物種のゲノム関連情報の集約、種を超えた比較、多型・ハプロタイプ検出が重要になると考えられます。
Plant GARDENは、このような時代の到来に先んじて、次の機能を提供します。
- ゲノムブラウザに、様々な植物種のゲノム関連情報（SNP、ハプロタイプ、DNAマーカー、QTL等）を集約し、閲覧する
- 植物種を超えて遺伝子配列類似性情報を閲覧・比較する
- ユーザーが持つ研究データを解析し、公開情報と比較する
現時点で公開している植物種および情報は以下の通りです。
- ミヤコグサ：ゲノム配列、遺伝子、マーカー、形質連関マーカー、SNPs、連鎖地図
- ゲノム配列のみ：オランダイチゴ、キクタニギク、シロイヌナズナ、ダイコン、ダイズ、トマト、ヨーロッパブドウ、落花生
また、解析機能・ツールは一部のみ（SNP検出、遺伝子アノテーション）提供しています。
ご意見・ご要望の募集
今後、利用者からの感想・意見を伺って改良を重ね、2019年度内に正式公開を予定しています。また、格納するデータや解析ツールの拡充は順次行っていきます。
お気づきの点やご要望、優先的に格納してほしい情報などございましたら、下記までご連絡下さい。
かずさDNA研究所 PlantGARDEN開発チーム
plantgarden_at_kazusa.or.jp
関連情報
Plant GARDEN かずさDNA研究所が2012年に公開した植物ゲノム統合データベース「PGDBj:Plant Genome DataBase Japan」の収録データを再整理し、また新たな情報・機能を追加したものです。
Plant GARDENの概要は、動画でもご覧頂けます。本動画は、2018年11月28日、Plant GARDENの開発者の一人である平川英樹施設長（かずさDNA研究所）が、日本分子生物学会年会にて発表したものです。
本データベースの開発は、「統合化推進プログラム」における研究開発課題「個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築」の一環として実施されています。
研究開発課題の概要
- 研究開発課題名：個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築
- 研究代表者： 田畑 哲之（かずさDNA研究所 所長）
- 研究開発期間： 2017年4月～2022年3月
- 概要・報告書など：https://biosciencedbc.jp/funding/project/17934006.html
