【横断検索】3件のデータベースが検索できるようになりました

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2014年11月13日

「生命科学データベース横断検索」から3件のDBが追加で検索できるようになりました。

  • 「KAIKOcDNA(アーカイブデータ)」:カイコゲノム研究プログラム(SGP)で蓄積されているcDNA(EST)情報が格納されたデータベースです。DDBJのような公的機関に登録し、公開されたカイコの部分的cDNA配列に簡単なアノテーションを付けたデータベースです。このデータベースは、クローン名、BLAST検索スコア、GO(Gene Ontology)ターム、キーワードなどで検索することができ、検索結果からはESTの注釈(アノテーション)やクラスタリング情報を参照できます。「cDNA libraries」には、cDNAライブラリの特性情報、カイコの種類、組織、発育段階などが記載されています。
  • 「RGP gmap(アーカイブデータ)」: 「RICE GENETIC MAP IN NATURE GENETICS」は、イネ連鎖地図作成に使用された1,381個のDNAマーカのデータベースです。イネ連鎖地図は「Nature Genetics volume 8, 365-372, December 1994」に掲載されています。イネ連鎖地図は、Nipponbare (japonica) と Kasalath (indica) のF2交雑でマッピングされた1,381個のRFLPマーカー情報 (1993年版) から構成されています。このアーカイブは下記の最終更新日のデータを元に作成されており、現状とは必ずしも一致しない場合があります。
  • 「RPSD(アーカイブデータ)」: イネなど7種類の植物のタンパク質の立体構造を決定し、その成果と関連情報をまとめました。Protein Data Bankを情報源としたタンパク質の基本情報、構造決定に用いた実験手法、文献情報、配列、立体構造の画像等を掲載しています。本研究では、イネ植物機能の総合的な解明と有用遺伝子の効率的な利用方策の開発に向けて、イネゲノムプロジェクトによって得られた遺伝子情報や完全長cDNA等を活用し、学術上または農業・産業上の重要性が想定される遺伝子について、「タンパク質の立体構造と機能/表現型」の相関と機能発現機構を原子レベルの分解能で解明することを目的としています。このサイトでは、タンパク質の立体構造を、植物ごとに一覧して検索できます。

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