【横断検索】10件のデータベースが検索できるようになりました

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2014年4月3日

「生命科学データベース横断検索」から10件のDBが追加で検索できるようになりました。

  • 「GenLibi(アーカイブデータ)」:遺伝子文献情報連携システム「GenLibi」は、JST文献情報JDream IIから得られた遺伝子機能や関連する疾患/表現型を提供するシステムです。遺伝子関連疾患名や表現型から関連する文献情報を得ることができます。オリジナルサイトでは、EntrezGene, RefSeq, HGNC, KEGG PATHWAY, Reactome, KEGG SSDB, JDream IIより情報を得て、ヒト、ラット、マウスの遺伝子について、遺伝子、蛋白質、多型、パスウェイ(代謝経路や生命現象の回路図)、疾患/表現型、オーソログ/アミノ酸配列を合わせて提供していました。
  • 「Massbank」:代謝物質(基礎代謝、植物二次代謝標準物質)を高分解能質量分析によって測定したマススペクトルを収集したデータベース。国内外12機関のデータをまとめて検索、閲覧が可能であり、マニュアルが充実しています。
  • 「Full-Anopheles」:ハマダラカ完全長cDNAデータベースにはBLASTやGenomeBrowserを使用できるようになっています。その中ではゲノム配列のみならず、アミノ酸配列情報も掲載されています。ダウンロードページが機能していません。
  • 「Full-Babesia」:バベシア完全長cDNAデータベースにはBLASTやGenomeBrowserを使用できるようになっています。その中ではゲノム配列のみならず、アミノ酸配列情報も掲載されています。
  • 「Full-Cryptosporidium」:クリプトスポリジウム完全長cDNAデータベースにはBLASTやGenomeBrowserを使用できるようになっています。その中ではゲノム配列のみならず、アミノ酸配列情報も掲載されています。ダウンロードページでは配列情報がFASTA形式で取得できます。
  • 「Full-Echinococcosis」:エキノコックス完全長cDNAデータベースには、クローンシーケンス情報がBLASTN(nt),BLASTX(nr),BLASTN(Em EST)と比較した結果と共に掲載されています。また、BLASTSearchも使用することができ、本DBの配列と比較することが可能になっています。
  • 「Full-Tsetse」:ツェツェバエ完全長cDNAデータベースにはBLASTやGenomeBrowserを使用できるようになっています。ダウンロードページが機能していません。
  • 「KEGG MEDICUS」:KEGG MEDICUS は疾患・医薬品・環境物質など社会的ニーズの高いデータを、ゲノム情報を基盤とした生体システム情報として統合したリソースです。日本と米国の医薬品添付文書が KEGG DRUG や KEGG DISEASE と統合されており、研究者コミュニティはゲノム関連研究の成果を医療や創薬で活用するために、医療従事者や一般の人々は添付文書を入口として病気や薬に対する科学的知識を得ることができます。(アーカイブ版では医薬品添付文書情報は含まれません。)
  • 「PGDBj 登録生物種リスト・マーカーリスト・QTLリスト・DBリンク・ゲノム解析手法」: DNAマーカーと遺伝地図は、遺伝解析による有用遺伝子の同定やゲノム構造比較の他、マーカー選抜育種やDNA鑑定などの応用研究にも利用されます。本データベースでは、モデル植物と作物を含む29植物種について、DNAマーカーと、重要な農業形質に関わるQTLおよび地図情報を文献や外部データベースから収集・整理し、公開しました。また、55植物種について、基本情報、ゲノム解析手法、関連ウェブサイトのリンク情報を収集・整理し、公開しました。本データベースでは、病害抵抗性、環境ストレス耐性、収量などの形質に着目した情報整備を行っています。このため、これらをキーワードとしたDNAマーカーやQTLの検索が可能です。また、DNAマーカーを用いたタイピングの実験条件に関する情報収集と整備も行っており、利用者が有する材料で実験する際の条件検索も可能です。
  • 「PGDBj 登録生物種リスト・マーカーリスト・QTLリスト・DBリンク・ゲノム解析手法」:「オルソログ」とは、共通の祖先遺伝子から種分岐に伴って派生した遺伝子間の対応関係、もしくは、そのような対応関係にある遺伝子群を指し、生物種間のシンテニーに基づいたゲノム進化や遺伝子機能を推定する上で重要な手掛かりとなります。PGDBjオルソログDBは、異なる生物種間におけるアミノ酸配列の類似性に基づいた遺伝子のオルソログ情報を蓄積したデータベースです。現在、緑色植物20種とラン藻111種のオルソログ情報が含まれています。PGDBjオルソログDBは、生物種間の進化系統を反映させた階層的なデータベースであり、生物種間の「ハブ」として国内外の様々な植物ゲノムデータベースが連結されています。これにより、利用者が本DBに対して入力したキーワードやアミノ酸配列に基づいて、生物種や系統群を超えたデータの検索が可能であり、モデル植物から作物を含む多様な生物種における遺伝子の機能や特性に関する情報を一度に取得することができます。

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