ChIP-seq SRAの統合的可視化とバイオデータベースとの連携

カテゴリ

  • 終了
  • 統合化推進プログラム(統合データ解析トライアル)
  • 2015年度採択

研究代表者氏名・所属

沖 真弥

九州大学大学院医学研究院 助教

研究開発の概要

国際塩基配列データベースに登録されている、ChIP-seq解析(次世代シークエンサを用いたクロマチン免疫沈降法)の生データ全てをスパコンで計算処理する。その結果をウェブサイトを通じて公開し、どのタンパク質がゲノム上のどこに結合しているかが一目でわかるように可視化させる。また、全てのデータについて抗原名や細胞組織名などの情報を付加することで、絞り込み検索を可能にするだけでなく、統合化推進プログラムで開発されたデータベースとの連携を充実させる。

主な研究開発対象データベース

研究開発期間

2015年5月~2016年3月

資料

発表資料

報告書

評価

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