【統合化推進プログラム】jPOST databaseが公開されました
- その他
- ファンディング
- 統合化推進プログラム
2018年3月27日
2018年3月26日、京都大学 大学院薬学研究科の石濱 泰教授らのグループは、「統合化推進プログラム」における研究開発課題「プロテオーム統合データベースの構築」の研究開発の一環として、新たにjPOST databaseを公開しました。
jPOST database
http://globe.jpostdb.org/
jPOST databaseは、国内外の研究者がそれぞれ測定し、リポジトリに登録したプロテオーム・データを、統一した基準を用いて再解析したデータベースです。
jPOSTrepoなどProteomeXchangeコンソーシアムに加盟するリポジトリに登録されたデータを利用しています。
jPOST databaseには、以下のような特徴があります。
- 生物種、細胞株などによるデータセットの絞り込みおよび絞り込み条件の保存
- 同定されたペプチド、タンパク質翻訳後修飾等の閲覧
- 絞り込んだデータセット（「スライス」と呼びます）同士の比較
- 「スライス」の基本的な統計解析と可視化
【参考】
○jPOSTrepo
https://repository.jpostdb.org/
プロテオームの質量分析や二次元電気泳動などによる測定データのリポジトリ。ProteomeXchange (PX) Consortiumに加盟しており、登録データに対し、論文投稿する際に必要となるPX IDが発行される。
○ProteomeXchange Consortium
http://www.proteomexchange.org/
世界中の質量分析プロテオミクスデータのデータ提出と普及を標準化することを目的とした国際コンソーシアム。2011年発足。欧米日中からPRIDE、PeptideAtlas、MassIVE、jPOSTおよびiProXが加盟している。
○研究開発課題の概要
研究開発課題名：プロテオーム統合データベースの構築
研究代表者： 石濱 泰（京都大学 大学院薬学研究科）
研究開発期間：2015年4月～2018年3月
