2013年度 ユーザー評価 各サービスへのコメント
【】内は代表機関等
NBDCヒトデータベース「ガイドライン整備及びデータベース運用」へのコメント
本ガイドラインは、貴機関でヒトデータを扱う際やヒトデータベースを運用するにあたり役立ちますか（参考になりますか）
- このアンケートからすぐに当該ガイドラインを参照できるようにしていただきたかった。しかしヒトに関する情報のDBの個人情報保護等ELSI関係のガイドラインそのものはたいへん意義があり、重要である。
- 記載されている情報だけでは内容がよくわからない。変化の速度が速いので最新の情報を反映したものにすることを優先して integration はできるだけ避ける方が良いと思う。
- 「関係学会や各種バイオバンクとの連携」というコメントに賛成です。学会は人類遺伝学会をはじめ、遺伝学会、分子生物学会、遺伝子診断学会などデータ提供・供給・利用に関係する学会と連携できるとよいと思います。バイオバンクおよびゲノムコホート研究プロジェクトとの連携も有用と思います。
- 次世代シーケンサー（ＮＧＳ）を用いたヒトゲノム配列の取り扱いに関するガイドラインの整備および実際のデータの受入は、国内の研究促進のためにも重要だと思われます。研究論文の投稿に伴い公共ＤＢへの登録が求められるだけでなく、研究結果を集約し検索・参照可能にすることで、新たな知見につながる貴重なリソースとなると思われます。既に主にＮＧＳを用いる幾つかの国家プロジェクトが進められているので、その受け皿として発展することを期待しております。
- 如何に知られて実際に使われるか次第だと思います（少なくと私は知りませんでしたので、NBDCに関係している人以外にはほとんど知られていないのではないでしょうか？）。実際に使われなければ絵に描いた餅で終わります。NBDCが研究プログラムに研究費を配布する形式は意味が無く、他の用途や研究プログラムの自己満足に使われてしまうと思います。その予算を、NBDCが研究プログラムと共同してデータベース化を行うのに使用したほうが、データ共有が進むと思います。
- 現状では利用者向けのみが十分な情報があるように見える。また、このガイドライン自体は有効になるケースもあるかもしれないが、実際にはユーザにこれだけ高い情報リテラシーを期待する事にある程度困難があり、提供側の工夫がもう少し必要。あるいは、具体的にユーザにどういう対策をとるか（暗号化ならどういう暗号化をどういうソフトウェアで使うか）など明示しなければ実用的にはならないと思われる。
- データを一箇所に集約・共有すればよい、というほど単純なものではない。
- 目指そうとする狙いは賛成です。データ提供が増えて規模が拡大して我が国の中核なレポジトリーデータベースになることを期待したい。日本人類遺伝学会等の関係学会の協力・支援や各種バイオバンクとの連携ができれば発展するのではないでしょうか。
- これまでに参考とすべきものを見つけられなかったから。
- オミックス情報として、試料からデータまで、大規模なものを扱っているため。
ご自身がヒトのデータを提供する立場の場合に、本ガイドラインで示すセキュリティの方針で具体的に変更したほうがいいと考えられる点
- 本ガイドラインの対応外だとは思うが、データセンターからのデータ漏えい等のインシデントが発生した場合の対応や、被害をできるだけ最小にするための仕組みや取り組みについても考慮するのがいいのではないかと思います。
- データ（ファイル）自体の暗号化も必要事項（提供者側の）とするべきかと思います。利用者は、通常は共用サーバなどのコンピュータで扱うと思われますが、適切なアクセス制限を設けてもサーバの管理者は権限変更やファイルへのアクセスができるため、サーバ管理者（研究とは関係ない場合でも）は常に利用申請者のリストに含める必要がでてしまうので。また、データを受け入れる公共サーバにおいても同様に管理者は原理的にすべてのデータにアクセスできるため。また、通常NGSのデータは巨大（GB以上）なので、ファイルの完全性を確認するためのチェックサムもあるといいと思います。「書式２）データ利用申請書（制限公開データ用）、参考用」にはデータ使用期間を記載する形なので、共有ガイドライン「５－３－２ 制限公開データ」の利用者の遵守事項に「利用期間」の明示（申請期間を超えての使用禁止？）があったほうがよいのではないでしょうか。
- NBDCがデータ提供側に直接コミット出来る場合以外、データ提供側に「それを守ってやってね」と求めるのは無理があるのでは。
- ガイドラインの基準としてはそれなりに適切であろうが、ユーザに高すぎるリテラシーを要求しているように見え、結果的にユーザが守れないのではないか。提供側・利用側を含めてもっと実用的なシステム作りが望ましい。
- いずれ、個人の全ゲノム配列情報が解読されるようになり、だれの配列か、わかるようになることを踏まえた方針が必要と感じる。
- Could not connect to MySQLのエラーが出てガイドラインを参照できないため、「判断不能」とした。
ご自身がヒトのデータを利用する立場の場合に、本ガイドラインで示すセキュリティの方針で具体的に変更したほうがいいと考えられる点
- 予期せぬ疾患関連変異の発見（incidental findings)などについても、どのように扱うか検討していただきたい。ACMG(American College of Medical Genetics and Genomics) の声明など参考になると思われます。http://www.acmg.net/docs/IF_Release.pdf
- 利用申請に「研究目的」などがあるので、申請期間の終了後に成果についての報告義務を加えてもよいように思います。
- データ利用者側にガイドラインを守るように求めるのは無理がある。
- 利用側ではなく提供側で対処すべき事がもっとある（匿名化など）。データが漏洩することを守る場合ガイドラインよりもテクノロジーの方が有効ではないか。
- ガイドラインの内容ではありませんが、被験者向け・カウンセラー向けの解説があると良いと思います。
- このようなヒトの総合的な大規模データを扱える状況は新しいので、どのような事が起るのか想定が難しく、適切であるかどうかが判断出来ない
ヒトに関するどのようなデータがあれば有用だと思いますか
- ジェノタイプと栄養学とを結びつけたようなデータ。ジェノタイプと疾病の関係については研究が進んでいるように感じるが、ジェノタイプによる栄養素の吸収・代謝等の違いなど、栄養学との関連データがあれば、予防医学の観点からも有用だと思う。
- 各種正常臓器・細胞の遺伝子発現データ、日本の各地域の数千人レベルの全ゲノム塩基配列データ（次世代シークエンサーの変異callの際にreferenceとして使えるデータ）。
- 複数世代にわたっての疾患歴、喫煙、食事の嗜好性その他習慣的に行っている事項。
- 性別、年齢、人種、（身長、体重、居住地域）、ジェノタイプ、フェノタイプ（病歴・検査・治療歴、健康診断結果）、生活習慣（喫煙、飲酒、運動）などを経年的に収集した情報。最低限の必須情報以外は提供者に任意に提供してもらい定期的にアップデートするのはどうでしょうか。
- まずはヒトサンプルの最小限の情報（性別、人種、疾患の種類、年齢）くらいに留めておき、更なる研究で必要な場合はデータ提供者と共同研究などを進める形でも、よいように思います。（予め臨床情報を集めるのも大変で、情報の扱いも複雑になるため。）
- 病気との関連。
- 手に入るデータ毎に、データの見方。データ可視化のためのソフト。専門知識の無い人でも自分の興味に応じて既存データと自分のデータを比較解析して示してくれるサービス機関。
- 自分自身の健康診断結果、心電図、X線画像、予防接種記録、アレルギー歴、病歴などが一括管理されたデータ。カルテのデータは患者自身のものであるべきなのに、患者がアクセスできないのはおかしい。
- 病歴、カルテなど。
- iPOP (integrated personal omics profiling) × 環境（生活習慣、薬、常在菌） × 表現形 (病気など)。
- 総合的な生体の状態を把握出来るような情報（カルテ、等）。
「展示会への出展（日本分子生物学会の合同展示）」へのコメント
生命科学系のDBやツールを紹介する合同展示において、どのような情報が入手できると良いと思いますか
- 実際に研究業務に携わっている人達に、最新の技術を紹介すると共に、一般にも分かりやすく紹介することが必要と考えますので、ともかく「分かりやすい情報」であるべきと思います。
- ユーザの研究における活用事例。存在は知っているが、実際の研究にどう役に立つか分からないことが多い。自分の研究への活用がイメージできると思う。
- せっかくの有用なDBでも、もともと知られていないということがあると思われるので、実際に使っている研究者がブースに立って解説するような時間を設けるなどするのも一案かと思います。（企業ブースでよくやられている製品紹介のように）
- ブースでチラシを配るだけではあまり効果はないように思います。
- 多数のデータベースやリソースを保持している機関なので、熟練者がブースで来客者の要望に応える、などの地道な活動をしていただきたい。
- ユースケース。
- 国内のマイナーで、作成者の自己満足的なDBやツールを紹介されても・・・。実際に有用なものに絞って、重点的に紹介した方がいいのでは。
- ユースケース。それも、データベース作成者・管理者ではないユーザの研究における活用事例。データベースよりも目的主体（例えばsmall RNAの解析にこんなデータやツールが使える、など）であるとイメージしやすい。
- はっきりいって、一般的な研究者は、「どのようなDBが存在していて、それをどのように活用すればどのような成果が得られるのか、ということをもはやほとんど把握できていない」、という可能性を考えた方がよいかもしれません。一言でいえば、一般的な研究者とDBがどんどん乖離していく一方かもしれません。この距離を縮めるのは、実は容易ではないと思います。DBは今や専門分野になっているかもしれません。したがいまして、DBに関する啓蒙活動は、DBを構築するのと同等の労力を注ぐ意義がある、このように考えていただければ有り難く存じ上げます。
- 展示よりも、使用によって、こんなに役立つことができるという、具体事例を伴った講習会の方が良いのでは
特別企画「使ってみようバイオデータベース－つながるデータ、広がる世界」に出展があればよいと思う機関やDB名についてご意見をお聞かせください
- NCBI,UCSC, Ensemblなどのメジャーどころの使い方を、一般のユーザにアピールする方が大事かも。
- NCBI, UniProt, Ensembl, Galaxy, Cytoscape, BioMart など。
- NGSを用いたBIGデータ解析と公開、さらには、保存転送など。
「講習会の開催（統合データベース講習会）」へのコメント
講習会で取り上げたらよいと思われる講習内容についてご意見をお聞かせください
- こういう研究のときにはどのようなデータベースの組み合わせで行うなど、解析したい対象をどう扱っていいか一連の流れがわかっていないことがあるので、大雑把なところで入り口から出口までの流れがわかる講習があればいいと思います。細かいところは統合TVさんでもフォローできるので。
- NCBI,UCSC, Ensemblなどのメジャーどころの実用的な使い方。データベースやツールの作成者の視点ではなく、実際の実験研究者にとって役に立つような使い方の講習。一般の実験研究者が一般的なツールを使えるようになることが第一歩かと。国内のマイナーなDB・ツールの紹介をしてもあまり意味が無い。
- 講習会といっても、ごく表面的な内容しか触れないので、本質的には研究の役に立たないと思った。内輪でしか使用されていないようなマイナーなツールの紹介が多く、意義が見出せなかった。
- ユーザが解析を行うにあたって、一つのデータベースで事足りることは少ない。実際にユーザが自身のデータをデータベースを使って解析して行く時の起こりうる複数のシナリオよりなるストーリーを作成し、それに従って実際の解析の流れをシミュレートするようなユーザ目線の講習会があっても良いのでは？
- 回答のわかっているデータと、データベースの基礎的な情報を与えて、正解にたどりつけるかを競わせるようなものも面白いかもしれない。
- 遺伝子発現DBの会が多すぎる。網羅的研究ではなく、網羅的データから数個の遺伝子に落ちた後の、文献検索、遺伝子データベースからのほかのデータベースへのリンクをたどるシナリオなど、マテメソにかかれないようなコツの話をしたほうが良いのでは？
- pubchem関連の利用法を特に化学合成の方を対象にして講習会を開いてほしい。
「国際開発会議BioHackathon」へのコメント
今後、『国際開発会議BioHackathon』で取り上げたらよいと思われるテーマについてご意見をお聞かせください
- 国際的な交流の場としてまた実際の開発者との情報共有の場として、とてもユニークで貴重な会議だと思います。是非今後とも頑張って下さい。
- ３回ほど参加しました。非常にエキサイティングな経験でした。まだ具体的に利用アプリケーションが次々に登場するという場にまでは至っていないのかもしれませんが、具体的な研究現場へフィードバックできる状況まであと少しという印象です。ぜひ継続していただきたいと思います。新学術領域というのは異分野交流を推進するグラントなので、年ごとに異なる新学術領域との共同開催などにつなげられるようになれば、またあらたな側面が生まれて面白いと思います。
- 交流という意味では意味があると思いますが、どれだけ実際に役に立つのか？なのですが。
- 懐疑論も多い中、５〜６年の積み重ねによって、SPARQL/RDFによる情報共有の枠組みが現実味を帯びて来たと思う。運営委員の深い先見性と継続的な努力に感服します。極めて珍しく日本が主導権を持って牽引できている分野なので、是非継続してデータ共有の未来を拓いていただきたいです。
- User friendly な Web Service。
- ソフトウェア開発/IT技術への興味に傾倒しすぎていて、実際に必要とされる研究へのフィードバックが無い。
- アメリカのビッグデータイニシアティブでは、「科学的発見の加速化」が大きなテーマとなっている。参加していないので、実際の状況はわからないが、このような視点での会が開催されていないのでれば、日本の他のビッグデータ関連のプロジェクトとも連携して、そのような会合を開催してみても良いのでは
- 海外のバイオインフォマティシャンとの交流やコラボレーションを図るのは賛成ですが、この取り組みがNBDCの戦略立案とどう関係しているのか、位置づけが今ひとつ良く分かりません。NBDCと同様のミッションを持った欧米の機関との戦略的な提携や標準化の取り組みであればわかりやすのですが。
- 私は参加するような研究もスキルもないが、とても興味深い取り組みだと思う。世界のバイオ関連データベースの技術発展の向上、国内の研究者の技術向上のためにも、是非続けていただきたい。
『国際開発会議BioHackathon』に参加してもらうとよいと思われる国内外の機関とその理由を教えてください
(2013年の参加者リストはこちら)
- Cloud storage service 提供会社。
- googleとかyahooなど、サービス提供型の大手企業の開発者が参加するようになれば、良いように思います。
- やはり毎回蚊帳の外にいるNCBIですね。
- アメリカのビッグデータイニシアティブに参加しているNSFやNIHの情報系研究者。
- 国内外で情報学データベース学分野で新規システム開発を行なっている研究者。大容量化するRDFのデータを取り扱うための技術革新があるのかどうかを知りたい。
- Galaxy, Cytoscape, TIBCO Spotfire, KNIME などエンドユーザが利用しているアプリケーションの開発者。
【NBDC】「Integbioデータベースカタログ」へのコメント
便利だと感じる点、活用事例
- どんなデータベースがあるか探す作業がなくなる分、データベースの精査に集中できる。
- 国内外のデータベースが検索できる点。どんなデータベースがあるか概要をつかむのに便利です。
- PubMedでの検索では必ずしもDB名がタイトルになっているわけではないので、データベース名で一覧検索できるのはよい。知らないデータベースに出会う機会をうまく提供している。
改善すべきと感じる点、開発者への提案
- 各カタログページについて、そのDBを利用した論文の一覧+リンクがあると実際に研究にどのように利用されているかがわかり便利だと思います。また、買い物サイトのようなユーザからのコメントとランキング（★）を登録する機能はどうでしょうか。
- カタログの内容がもっと増えてきたときに、つまり今後、意義が増す活動なのだと思います。
- こういったデータベースカタログ、必要で便利なのですが、実際の研究者には使われてないですよね。何が足りないのでしょうね。使う人にとって、今ひとつ使い勝手が良くないのでは。
- この手のデータベースカタログの仕様やURLが頻繁に変わり過ぎでは。
- keyword + database（例えば "enzyme" "database")でGoogle検索する以上の情報と手軽さがあるか、というとやや疑問。例えば、英語版サイトで"domain"で検索してPfamがヒットしなかった。そもそもこれらの分類タグとしてsequence, phylogeny/classificationとなっており実態にあわない。独自の分類をしたい気持ちもわかるが、この分野なら例えばEDAMみたいな優れたオントロジもあるのでそれを採用した方がデータ統合の観点からも利点が多いのでは。
- 単にリンクが集まっているだけで、取捨選択に困り、結局役にたたなかった。
- HPからは大量のDBがただ羅列されているだけの印象をうける。ビッグデータについては、大量データを縮約し可視化することが研究課題となっているが、項目を絞りこんでも数百に及ぶデータベース群についても、階層化や可視化を工夫して、効率的な利用をはかるシステムを開発すべきではないか。
- 登録されているデータベースを利用者が評価、ランキングする仕組みがあると良いのではないか。
- データベースの相関関係を図示化したマップからも選べるようになるとカッコいいと思います。
- カタログのデータ項目は良いのですが、検索インターフェイスのファセットをつかって「ヒトのSNPデータベース」にたどり着けない。検索でたどり着くことができるが、その結果が網羅性があるものか不安な結果であった。いまのままであるのなら、各省庁の人が研究費を実施した結果の成果物を検索するには、あと研究費の項目があると便利であるし、実験研究者がDBを検索するには、（海外の）定番DBが入れば便利だといえる。
【NBDC】「生命科学データベース横断検索」へのコメント
便利だと感じる点、活用事例
- 日本語検索がすばらしいです。
- 国内外のデータベースが、日本語・英語で自動的に翻訳されて検索できる点。概要をつかむのに便利です。
- 初見の生命科学用語についてざっくり情報を知りたい時に使っています。日本語で検索できる点が便利です。
- 入力サジェスト機能（左上テキストボックス）が高パフォーマンス。裏側の単語数はかなりのはずなのに。
- 日本語で検索できるので、学部低学年の授業で大変便利に使わせてもらっています。ただ、検索結果の順位付けや、全体的なユーザインタフェイスがイマイチなので、自分の研究ではほとんど使いません。
- 何も考えずにとりあえずキーワードを入れるとなんでも出てくるので簡単。エゴサーチにも便利。
- クエリの日本語・英語自動展開は便利だしインテリジェントを感じます。
改善すべきと感じる点、開発者への提案
- 文献情報が充実すると使う頻度は高まるかもしれないが、情報の信頼性が保証できないと予備的に利用するだけになりそう
- 検索速度が遅いです。「ただいまアクセスが集中しているか、もしくはエラーが発生しました。しばらくしてから、もう一度検索してください。」が出っぱなしです。
- Hatena arenicola を検索してみたけどWikiの共生説のページがひっかかるだけで、文献にはたどりつけない（PubMedでは１件ですが見つけてくれます）。ヒラタイミドリガイも全然ヒットしません。また、ANDやORなどがとれないように見えます。コンテンツ、検索機能ともにまだ改良の余地があるように思います。
- 情報の精査には使っていない。日本語で検索できる対象を横断的に出来る点は良いが、PubMedの結果も同じ一覧に最初から加えてもらえると有り難い。
- 必要性は認めますが、大抵の場合google検索で済ませてしまいますね。
- 普段の研究業務のなかでは、自分の知らないDBを探さなくてはならない状況は１年に１回程度なので、いつまでたっても慣れない。
- 「お気に入りセット」機能：セット1「DB01〜DB15、DB21」セット2「DB01、DB03、DB10」のように、検索対象DBを絞りたい、その絞りこみセットを簡単に切り替えたいというニーズはあるとおもいます。現状だと1セットしか作れない、お気に入りに入れるか/入れないかの選択しかできない。
- 日本語対応がメリットと思うので、表記ゆれの吸収：ニクロム酸（ニ＝カナ）入力で二クロム酸（二＝漢数字）を検索など。
- 何度も中の人に提案させていただいていますが、データベース横断検索系だと旧Entrez(現GQuery、ただしアイコン表示がなくなってしまった）のようにデータベース毎にヒットの概要を一覧で見せるインタフェイスが適しています。NCBIには確実にユーザベースで負けるので、日本語化は非常に良いことですが、それ以外にもUIを磨くべきだと思います。
- このアンケートで初めて知りました。使いこなすには難しそうで、敷居が高い感じがします。
- デフォルトのカラム数は全て必要だろうか？初見だと操作に戸惑う人もいるのではないか。高速化のための技術的な工夫はしていると思うが, 体感的にストレスを感じる。 (左カラムでの絞り込み時)
- 確かに適切なソートがあるといいかも。
- PubMedの検索のように、最近実行した自分のクエリを見えるようにしたりして、クエリを成長させるための支援がほしい。一個の単純なクエリは、次の複雑なクエリの準備であることはよくある。いかに複雑な（有用な）クエリへユーザを導くかが、コンピューターの有効利用であると思います。
- ・ごちゃごちゃしている。・ソート機能などがないように思う。（と感じたのでそれ以降あまり使っていない）
【NBDC】「生命科学系データベースアーカイブ」へのコメント
便利だと感じる点、活用事例
- Retrospective meta-analysisが大規模に可能になり、観察研究の高度化が図れる。
- 維持が困難になったデータベースの受け皿があるのは大変助かります。
- こういう受け入れ先があることは、職場を転々とせざるを得ないポスドク・任期付仕事の人間には大変助かるし、安心感があります。たとえば数年間ある領域を離れていて戻ってきたときに、もとの職場がデータベース等をきちんと維持してくれていることはほとんどないからです。継続していただきたく思います。
- ライセンスが明記されていること、データのダウンロードを容易にしている点。データベース自身の情報が構造化されていること。簡易検索を試用したかったが評価時にアクセスできなかった。
- こういうサービスがあることを知らない人が多いのではないでしょうか。
- 使用頻度は低くてもいいので、続けることが大切。
- 簡易検索機能は良いと思います。
- アーカイブは大切な事業ですので、続けていることが一番だと思います。
改善すべきと感じる点、開発者への提案
- 実験科学の場合、データの特性、実験系やデザイン上の限界、biasやerrorなど、data producerとの対話が不能なため、他人の過去のデータに頼った解析は大きな間違いを犯す可能性がある。十分なdocumentationと品質管理が必要だろう。また、自ら検証できる系を持っていないと危険。
- 役にたちそうだからいいのですが、データベースではないものも含まれているように思います。アーカイブで保存される基準が何なのかが良くわかりません。データを保存しておくことは意味があると思いますが、賞味期限が切れたものも出て来ると思いますので、そのような場合（もしそのようなものがあるのであれば）alternativeを示唆できる仕組みも必要なように思います。
- このサービスの存在をもっと広く知らしめることがなにより重要だと思います。
- 必要な気もしますが、続ける（とっておく）ことにどれだけ意味があるのか・・・
- データベースアーカイブのDBは他のDB横断検索などでは検索対象から外されているのですか？どのような状態になったDBがアーカイブ入りであるのか、こちらのサイトからでは分かりづらい。
- データベースをアーカイブすることは非常に意義があることだと思いますが、そのための入口を新たに作ってしまうところに非常に問題を感じます。NBDCでやっている仕事なのであれば（アンケートで）先にでてきたIntegBioで検索させれば良いところを新たな入口を作ってしまうところに大きな問題があると思います。
- このアンケートで初めて知りました。より積極的な宣伝が必要なのか、と思いました。
- Integbioデータベースカタログ中の全データベースのアーカイブ化。可能な限りのオープンデータ化。
- 簡易検索機能が論文のデータ公開に利用されるようにプロモーションしたり、共同研究すると良いですね。
- 簡易検索機能がすべての登録データベースに提供されて、さらに高速化されると良いです。
- 検索を試したところ、DB名と完全一致でないと検索できません。あいまい検索や、取り扱っている内容で検索できないと、既にそのDBの名前を知っている人しか利用できないように思います。
【DBCLS】「TogoStanza」へのコメント
便利だと感じる点、活用事例
- TEST SEARCHで表示されるフォーマットが見やすくてよい。
- 全体のデザインは良いとおもいます。特にTEST SEARCHのほう。
- 色使いやデザインが良い。
- 外部のDBやWebサイトに埋め込んで再利用できる点。二次データベースを設計する際に有用だと考える。
改善すべきと感じる点、開発者への提案
- データを利用するコミュニティーの造成。ユーザーと開発者を結びつける場がないと、いくら良いツールでも発展して行かないように思います。事例が増えれば、他のユーザーも興味を持てるので、まずは具体的な課題を持っている研究者を開発グループと結びつけるのはどうでしょうか。
- まず、TogoGenomeが何を目的として作られているのか分かりませんでした。検索窓や遺伝子リストがあるだけでは、これまでに利用しているDDBJ/EMBL/GenBankやUniProtKB等を使うので良いと感じてしまいます。統合サービスは初心者に対して分かりやすくないと、いけないと思いますので(経験者はある程度自分でDBをお気に入りにしていますから）見栄えよりも使いやすさ、分かりやすさに重点を置いた方が良いと思います。
- 方向性は賛成するが、UCSCゲノムブラウザなどと比べて、情報のintegrationや可視化の点で見劣りがする。
- 実際に検索してみると、検索候補はでてくるのですが、検索結果がNo matching records foundになるのが多いです。データ拡充はこれからだとおもうので頑張っていただきたいです。
- 実際の研究者がどれだけ使うか疑問です。
- セマンティック・ウェブ技術によるデータ統合は大事な技術の一つだと思うが、見せ方として、私が欲しい情報が抽出され、アクセスできる状況になっているのか、不明だった。あるいは、どんな情報が用意されているのか不明だった。
- どう使えばいいのか分かりません。思いついたキーワードを入れてもヒットしないことが多いです。
- 今後の展開に期待します。
- 公開後はマニュアルや実例を充実させて欲しい。ライフサイエンスだけに留めておくにはもったいない技術と考える。科学全般に波及させることはできるか？
- 使い方に関して、素人には具体的なイメージが持てない。もう少し分野外のユーザーにもフレンドリーなHPが望まれる。
【DBCLS】「生命科学文献アノテーションワークベンチPubAnnotation」へのコメント
便利だと感じる点、活用事例
《コメントなし》
改善すべきと感じる点、開発者への提案
- 利用する場面が想像できない。
- 折角日本語対応にしているのですから、説明も日本語があった方が良いと思います。文献からのデータマイニングが容易になりそうな期待感はあるので、開発者目線では無く、実際にいろんな人にあえて使ってもらって、改善していく方が良いと思いました。
- なるほどとは思いますが、実際に使うことがあるか疑問です。
- 使い方がわからない。基本的にほとんどのユーザはPubMedを見続けると思うので、このサイトに誘導するような仕組み（bookmarkletなど？）が必要かと。
- とても面白そうで、かつ、役に立ちそうなプロジェクトだけに、使い方がわかりにくいのがとても惜しまれる。トップページから直感的に使えるようにしてくれると、きっと多くの人が使ってくれると思います。「スケーラブルかつ共有可能なテキストアノテーションストレージ」と言われても一般の人にはなんのことやらわからないと思います。
- ローカルインストールできるなら利用したい。実働できるVMイメージなどの提供を希望します。
- 結果の表示が間延びして見づらいように感じてしまう。トップページからのユーザーナビゲートも直感でないように感じた。
- 使い方に関して、素人には具体的なイメージが持てない。もう少し分野外のユーザーにもフレンドリーなHPが望まれる。
【DBCLS】「プラットフォーム型Activeワークフロー」へのコメント
便利だと感じる点、活用事例
- 既存の解析ツールを選択しワークフローをグラフィカルに作成実行できる点。実行中のプログラムの状態も分かりやすい。
改善すべきと感じる点、開発者への提案
- ほとんどの人が「何ができるのかわからない」と感じるのでは。
【DBCLS】「データベース間のリンク情報 LinkDB」へのコメント
便利だと感じる点、活用事例
《コメントなし》
改善すべきと感じる点、開発者への提案
- 入力に、データベースに加えて、エントリ名が必要なのが使いづらいように感じた。
- KEGGにたくさんのリンクをつけただけ？
- RDFでダウンロードできるのなら素晴らしいです。ぜひ利用したいです。
【DBCLS】「統合遺伝子検索GGRNAへのコメント」
便利だと感じる点、活用事例
- 検索スピードが速く、使い方も容易である点。
- 検索が高速な点。
- 配列検索が高速でできるのは便利ですね。
- わかりやすいUIで高速で大変便利。
- UIが洗練されている。
- 検索が高速なのは大変すばらしいです。
- 検索スピードが高速。結果のハイライト表示が視覚的に見やすい。教育用としても有用ではないか。
改善すべきと感じる点、開発者への提案
- 出力形式を選べると、なおよいと思います。
- 同義語の問題が解決していないのでは？cyclooxygenaseではヒットがあったが、"prostaglandin endoperoxide synthetase"ではヒットがなかった。これはどうでもいいことですが、名称や説明が遺伝子検索なので、遺伝子だけが出て来るのかと思ったら、mRNAも検索結果に出て来ているので、結局何を検索しているのかがよくわからなかった。
- 検索結果の絞り込み機能。
- 生物種の拡充。
- Galaxyから利用できるツールをGalaxy Tool Shedに登録していただけると助かります。
【岩坪G】「ヒト疾患脳画像データベース」へのコメント
便利だと感じる点、活用事例
《コメントなし》
改善すべきと感じる点、開発者への提案
- 評価するに足る情報が出ていない気がします。
- 画像以外の情報（血液DNAや臨床情報）がどのようなものなのか、死後脳は画像だけなのかが不明で、判断できない。
- データベース化する意義がどれだけあるのか疑問。
- ダウンロードが限定的にできるだけのようなので評価できないが、これは「データベース」なのだろうか？単なるデータアーカイブにしか見えない。
- プロジェクトの評価時にデータを公開できないものは、このプログラムの趣旨を考えると支援するべきではないと思いました。評価のしようがありません。
【金谷G】「MassBank」へのコメント
便利だと感じる点、活用事例
《コメントなし》
改善すべきと感じる点、開発者への提案
- マススペクトルのデータベースかもしれないけど、メタボロームのデータベースではないですよね？
- 何がnewな部分なのかわからない。
- UIも良くデータも貴重なものが集まっていると感じるが、MassBank自体はBIRDの頃からあったわけなので、この統合推進課題で何ができるようになったのか、何を統合しようとしたのかが全くわからず評価できない。
【金谷G】「Bio-MassBank」へのコメント
便利だと感じる点、活用事例
《コメントなし》
改善すべきと感じる点、開発者への提案
- MassBankに対して、こちらはメタボロームデータベースになっていると思います。パスウェイDBにリンクをはることや、一つの試料全体の可視化などを工夫していただければと思います。
- MassBankに統合すべきでは。別にする意味は？
- MassBank Projectによって管理されている、と書かれているが、UIなどがMassBankに比べ使いにくい。
【金谷G】「KNApSAcK Family」へのコメント
便利だと感じる点、活用事例
- ユニークなデータベースが揃っているので、研究者のみならず一般人が利用するようになることを期待しています。
改善すべきと感じる点、開発者への提案
- 検索を試したところ、動物で生合成されるわりと一般的な化合物が出て来なかったりします。カバーできている範囲を明示していただいた方が、利用者として（事務局注：以下入力が切れていました）
- 何に使うのかわかりづらい。
- 非常にUIがわかりづらい。ちょっと試してみた感じでは全く検索できなかった。
【金久G】「KEGG MEDICUS 疾患・医薬品統合リソース（英語版）」へのコメント
便利だと感じる点、活用事例
《コメントなし》
改善すべきと感じる点、開発者への提案
- 3Dは単純に二次元の構造を三次元表示しているだけなので、あまり意味があるとは思えません。分子記述子の情報が、それぞれの化合物についているとありがたいと思いました。また、ターゲットについて、具体的なタンパク質名だけでなく、それが属すファミリー（GPCRとかタンパク質リン酸化酵素とか）の情報、またADMEに関わるタンパク質や副作用などの情報があると良いかと思いました。
- 以前からある気がしますが、以前とどこが変わったのでしょうか？
- 医薬品情報や疾患情報をどこまでカバー出来ているのか、実用的なニーズにどこまで応えきれているのか不明である。
- RDF（やRDBへインポートできる形式）でダウンロードできるなら利用したいです。とくに階層分類を使ってみたいです。
【金久G】「KEGG MEDICUS 疾患・医薬品統合リソース（日本語版）」へのコメント
便利だと感じる点、活用事例
《コメントなし》
改善すべきと感じる点、開発者への提案
- 以前からある気がしますが、以前とどこが変わったのでしょうか？
- 医薬品情報や疾患情報をどこまでカバー出来ているのか、実用的なニーズにどこまで応えきれているのか不明である。
【金久G】「KEGG お薬手帳」へのコメント
便利だと感じる点、活用事例
- スマートフォンを持っている人であれば、有効かもしれないが、私はケータイを持たないので範疇外です。
改善すべきと感じる点、開発者への提案
- 試みとしては面白いが、NBDCの事業として行うことであるのか疑問を感じる。
- ひたすら「KEGG～」でKEGGを少しずつ拡張して打ち出の小槌のようにお金を取ってますね。
- 使う人いるのかな？
- 大変チャレンジングなものだと思います。このようなお薬手帳は現在さまざまなこころみが行われています。それらとの関係なども視野にいれているのでしょうか？また、これは市民のいとなみと学術研究をエンゲージする可能性を秘めたものです。たとえば、慢性疾患の患者さんは自己の疾患についてとても勉強しています。そのような方々への学術に存在するファクトデータへの入り口として機能することが期待できます。薬から治験の論文や疾患の研究の進捗など、もちろん英語の壁はありますが、それらをリンクしているというベースラインをこのようなアプリケーションや統合データベースプロジェクトが提供することを期待しています。
- 既に持っている「お薬手帳」を統合できるのでしょうか？手書きは嫌だなと思います。薬剤師会との連携にかかっているかもしれません。大変チャレンジングな試みだと思います。（薬学部教員）
【黒川G】「微生物統合データベース「MicrobeDB.jp」」へのコメント
便利だと感じる点、活用事例
- 環境や菌株といった、メタ情報についても網羅し整備しようとしているところがありがたい。継続いただきたいと思います。
改善すべきと感じる点、開発者への提案
- 活用事例の紹介などしていただけると助かります。
- 使い方や、何ができるのかについて説明がほしい。
- 各情報がどのようなソースから構築されているかの情報が欲しいです。
- ドキュメントやヘルプが多いと助かります。
- 検索結果でblank部分が非常に多い。先にでてきたTogoStanzaというのと重複している部分が多いと思われるが、こちらはUI/デザイン面で劣る。
- ヘルプ機能があると完璧になります。
- 使い方に関して、もう少し説明があった方が良い。
【田畑G】「Plant Genome Database Japan（PGDBj）」へのコメント
便利だと感じる点、活用事例
- オルソログ検索。
- オルソログデータベースはうまく使うことができれば面白いと思う。どうやって自分の研究に役立てていくかの見通しがない。
- 一度利用法を覚えてしまえば、ここをスタートとしてデータベースや情報が横断的に閲覧できるようになると思います。特にデータベース分類は研究者の視点に立っていると感じます。
- 植物のオーソログ情報が他のサイトではほとんど利用できないので貴重。
- 植物種間で横断的に検索できる点で便利だと感じる。ある目的遺伝子を検索したときに、その分野ではあまり論文に登場しない植物において面白い傾向（Homologue数など）が見つかった。
改善すべきと感じる点、開発者への提案
- 便利だと思います。さらにデータ数が増える事を期待します。
- 具体的な活用事例をのせてほしい。
- Cluster ID等が数字だけなので、その値の意味するところがなかなか理解できないです。検索結果などが膨大であると、表示に時間がかかったり時には止まってしまうため、結果表示数を変えるなどユーザビリティの向上を期待します。植物研究のポータルサイトとして、認知度を上げる必要があると感じました。
- オーソログの定義の説明がほしい。現在の記述は不十分だし、その手法がオーソログの定義として確立しているのかもよくわからない。（ゲノムデータでのオーソログ定義が怪しいことは多々あるので、このサイトだけの問題ではないかもしれません）検索結果の一括ダウンロードなどの機能があるとありがたい。DNAマーカー・連鎖地図はまだ完成していないのか？リンク集というところも使えなかった。
- 遺伝子によってオーソロググループが大きすぎたり小さすぎたりすることがあるので、状況に応じて類似性の閾値を変化させることができると使いやすいと思います。
- 植物関連の学会HPトップにPGDBjのリンク・バナーを置いてもらってはどうでしょうか？
- 最初のページだけ力を入れていて、検索結果が全くデザインされていないのが残念。
【徳永G】「GWAS-DB」へのコメント
便利だと感じる点、活用事例
《コメントなし》
改善すべきと感じる点、開発者への提案
- データベースとしてはコンテンツが貧弱な印象。
- 必要性があるのか？
- disease名alzheimer（あるいはalzheimer's）でヒットしない！404エラーがでるhttps://gwas.biosciencedbc.jp/cgi-bin/vrdb/search.cgi が勝手にポップアップするし、全く検索をテストすらしていない様子。
- とりあえず Data を公開しただけといった印象。『User Friendly なサイトにして、自分たちの Data を他の研究者に活用して頂く』といった心意気で Database を構築する必要がある。
- UCSC browser、dbSNP、GWAS catalogueの方が網羅的であり、かつ信頼性が高い。GWAS-DBの必要性が見出せない。
- どこまで認知されて使われているのか、ユーザニーズをどのようにフィードバックしているのかが気になります。
- UCSC Genome BrowserでSNPデータを表示するほうが便利に感じます。データの独自性が中心的価値であるなら、表示ツールにはポピュラーなものを導入してもよかったのでは？
【徳永G】「Human Variation DB」へのコメント
便利だと感じる点、活用事例
《コメントなし》
改善すべきと感じる点、開発者への提案
- 利用者を制限しているのか、まったく検索機能が使えなかったので、評価できない。
- 必要性があるのか？使われているのか？使われそうなのか？
- とりあえず Data を公開しただけといった印象。『User Friendly なサイトにして、自分たちの Data を他の研究者に活用して頂く』といった心意気で Database を構築する必要がある。
- UCSC browser、dbSNP、GWAS catalogueの方が網羅的であり、かつ信頼性が高い。Human Variation DBの必要性が見出せない。
- https://gwas.biosciencedbc.jp/cgi-bin/hvdb/hv_ngsinfo.cgi?id=YRI_1KPJ&kind=0 などリンクされているものがNot foundになっていました。テスト不足に見えます。
【豊田G】「フェノタイプからのバイオリソース検索１（文献テキストからの検索）」へのコメント
便利だと感じる点、活用事例
- 遺伝子と形質の統合は基礎及び応用に重要。遺伝子から検索できて良い。
- 推論検索ができるところがよい。文献情報も使って検索してくれるところがいい。
改善すべきと感じる点、開発者への提案
- 入力は人手によるとあるので、大変な作業だと思うが、個別にみると間違いがあるように見える。prostaglandin Dを検索すると、mouseでは、検索結果中に合成酵素としてはhematopoietic PGD synthaseしか出てこず、lipocalin type PGD synthaseが見出しには出てこない。hematopietic PGD synthaseをクリックすると、ゲノム上の位置などが出てくるが、文献情報の中に、lipocalin typeが混じっているよう見える。エラーありということを認識した上での利用するのであれば、面白いツールだと思った。
- iPSなどの細胞リソースも検索対象に含めてほしい。
- どれだけ使える・使うのか疑問です。
- 現状では、PubMed とEnsembl があればよいと思う。PosMed を使うメリットはない。
- 検索結果のマウス系統にヒト培養細胞やiPSCなどへのリンクがつくと使ってみたくなります。（できるのかわかりませんが）
【豊田G】「フェノタイプからのバイオリソース検索２（表現型で体系化されたマウスリソースの閲覧）」へのコメント
便利だと感じる点、活用事例
- 株名が分からなくてもフェノタイプから検索できるのがよい。
改善すべきと感じる点、開発者への提案
- マウスのみならず横断的検索。
- どれだけ使える・使うのか疑問です。
- 理研内のバイオリソースを基にしたサービスであれば、理研の運営費交付金で実施すれば良いように思います。NBDC施策として実施する意義は、たとえば開発されたアプリやツールをオープンソースとして他の機関が保有するバイオリソースにも同様にして広く使っていただくための位置づけなら理解できます。
【豊田G】「フェノタイプからのバイオリソース検索３（表現型異常分類から検索）」へのコメント
便利だと感じる点、活用事例
《コメントなし》
改善すべきと感じる点、開発者への提案
- 1～3の3つに分けている意味がわかりません。統合して1つで十分では。
【中村G】「Protein Data Bank Japan (PDBj)」へのコメント
便利だと感じる点、活用事例
- 日本語版の「今月の分子」は立体構造の面白さを伝えるとても重要なドキュメントだと思います。
- 検索要求によってPDB、PDBe、PDBj それぞれ使い分けている。wwPDB/RDFとchem_comp(PDB Ligand)の閲覧とデータ配布が有用。
- 一般向けの講座で使用した。日本語なので、素人の方にも紹介しやすい。
- 学生に見せるときに少し便利だけど、英語のHPを避ける学生の気持ちを尊重してよいのか、疑問に思う。
改善すべきと感じる点、開発者への提案
- サービス＆ソフトウェアのリンク先の中に、実際の使用にはもう少し詳しい使用方法等の説明が必要なものがある。また、機能別にリストアップするなどの表示をしてもらえると便利である。
- 状況に応じて動くツールと動かないツールがあるように見えるので、ビューアーの環境依存性が無くなると非常に嬉しいです。
- 今回の「国際的な構築と統合化の取り組み」で何が変わったのかわかりません。
- より積極的に宣伝、普及、啓蒙活動をしていただけると大変ありがたいです。
- wwPDB/RDF版のURIで一部誤りがある（UniProt taxnomy、enzymeへのリンクにおいて、対象のIDが変更された記述をもつ箇所）。PDBML/XMLにあり、RDFに含まれていないレコードを対応させて欲しい。
- PDBjならではの機能が今後も増えると嬉しいです。中国、台湾、韓国からの利用が今後増えると思いますので、大変でしょうが応援しています。
- PDBとの差別化を更に進めてもらいたい。
【中村G】「PDBj-BMRB（Biological Magnetic Resonance Bank）」へのコメント
便利だと感じる点、活用事例
- NMRで構造決定するユーザーは少ないですが、有用な手段だと思うので継続してほしい。
- 現在、減少傾向にある生体高分子のNMRを行う研究者の育成のための活動も期待する。
- とにかくまずは使ってみます。
改善すべきと感じる点、開発者への提案
- データベースの存在自体をこのアンケートで知りました。このような状況なので、積極的に情報を発信していただけると助かります。
【成松G】「糖鎖に特化した横断検索」へのコメント
便利だと感じる点、活用事例
《コメントなし》
改善すべきと感じる点、開発者への提案
- 横断検索で、個々のデータベースについての件数が出てくるだけなので、後は個々のデータベースを掘っていくしかなく、もう少し使い勝手がよい方がありがたい。
- 単糖を選んで、それをつなぐ結合を選んで、のような感じで糖鎖構造を簡単に選択できて、それをクエリにできるといいです。
- もう少しユーザーにフレンドリーなHPが望まれる。
【成松G】「化学構造式を利用した糖鎖構造検索」へのコメント
便利だと感じる点、活用事例
《コメントなし》
改善すべきと感じる点、開発者への提案
- MILESをクエリーとして、糖鎖構造検索できるのか分からなかった。利用の例をもっと分かりやすくしてほしい。
- WURCSでの糖鎖構造の表記標準化の際、汎用的な化合物を示すIDとの対応付けも進めて欲しい。それらを糖鎖構造情報のRDFにも含めて欲しい。また、糖鎖科学のデータを記述するためのオントロジー研究にも期待している。
【成松G】「糖鎖の特徴的な部分構造の組合せによる糖鎖構造検索機能」へのコメント
便利だと感じる点、活用事例
《コメントなし》
改善すべきと感じる点、開発者への提案
- TEST Searchを試したが、これは構造検索なのか構造表示なのか使い方が分からなかった。
- 単糖を選んで、それをつなぐ結合を選んで、のような感じで糖鎖構造を簡単に選択できるようなUIを作って、それをJCGGDBと共通に使えるようにしてほしい。
【松田G】「Human Genetic Variation Browser」へのコメント
便利だと感じる点、活用事例
- 疾患とは別の切り口での研究結果により示された特定のゲノム領域について、疾患情報を得るのに、役立つ。また、個人では大規模なGWASをすぐに計画することは無理なので、これまでのGWAS結果を利用し、従来注目されてこなかったゲノム領域と表現型の関係を抽出するのに、役立つと期待される。
改善すべきと感じる点、開発者への提案
- 使用できないため、どの程度の情報が得られるのか判断できない。
- 必要性があるのか？
- 海外も含め既存のデータと進行中プロジェクトのデータとの速やかな連携がカギとなると思われる。
- 公開されないなら評価できない。
- 同様の内容について、より網羅的かつ信頼性の高いものが欧米を中心に公開されており、本プログラムの必要性が見出せない。
- 評価時に公開できないものは、本プログラムの趣旨に合わないと考える。この取り組みはデータの独自性が本質であるので、データ獲得の予算の範囲でなされることでは？ツールやデータベースとしての独自性を主張するなら、すでに公開されているデータを利用して公開版をつくることも可能であっただろう。
【大浪G】「Worm Developmental Dynamics Database」へのコメント
便利だと感じる点、活用事例
《コメントなし》
改善すべきと感じる点、開発者への提案
- 遺伝子名が間違っているのか、遺伝子が登録されていないのか、検索を試しても例題しかヒットしなかった。また、このDBをどのように利用すると動物の発生過程の理解に結びつくのかがよくわからない。
- どのような使い道を想定しているか？
- とりあえず公開した感が強い。
- このようなモデル生物のデータベースが作成されたときに、ほかのモデル生物やヒトのオーソログ遺伝子へリンク、もしくは、ヒト遺伝子からワームのオーソログ遺伝子の検索が作られている状態が統合データベースプロジェクトの成功した状態だとおもいます。そこでなにが必要だったか、基盤システムとしてなにが必要だったのか、という議論を続けてほしいです。
- ヒトのオーソログがなかなか出てきませんね。登録されている遺伝子数が少ないのでしょうか？それとも検索ワードの設定のせいなのでしょうか？
