NBDCにおける事業活動のユーザー評価

2013年11月13日

NBDCでは2014年3月までの3年間を第1段階として、4つの柱を軸としたライフサイエンスデータベース統合推進事業に取り組んでまいりました。このたび、本事業の第2段階の事業活動のあり方を検討するにあたり、事業開始から評価時現在までのNBDCの事業活動についてユーザー評価を実施いたしました。
(評価期間:2013年7月8日~29日)

多くの方から貴重なご意見をいただきましたこと、御礼申し上げます。

実施概要

概要

バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)は、生命科学分野のデータが広く研究者コミュニティや社会において共有され、活用できる環境を提供すべく2011年4月に科学技術振興機構に設置されました。NBDCでは2014年3月までの3年間を第1段階として、4つの柱を軸としたライフサイエンスデータベース統合推進事業に取り組んでまいりました。

このたび、本事業の第2段階の事業活動のあり方を検討するにあたり、事業開始から評価時現在までのNBDCの事業活動についてユーザー評価を実施いたしました。
(評価期間:2013年7月8日~29日)

対象とした取り組みあるいはサービスは以下の通りです。

NBDCにおける取り組みとサービス

  • 戦略立案(NBDC)
    • NBDCヒトデータベースにかかわる取り組み
    • 広報・普及活動(展示会+講習会)
    • 国際開発会議BioHackathonの開催
  • ポータルサイトの構築・運用 (NBDC)
    • Integbioデータベースカタログ
    • 生命科学データベース横断検索
    • 生命科学系データベースアーカイブ

データベース統合化基盤技術の研究開発 『基盤技術開発プログラム』(代表機関)

  • データベース統合に関わる基盤技術開発の取り組み(情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS) )
    • TogoStanza
    • 生命科学文献アノテーションワークベンチPubAnnotation
    • プラットフォーム型Activeワークフロー
    • データベース間のリンク情報 LinkDB
    • 統合遺伝子検索GGRNA

バイオ関連データベース統合化の推進 『統合化推進プログラム』(代表機関)

  • ヒト脳疾患画像データベース統合化研究の取り組み(東京大学 岩坪G)
    • ヒト疾患脳画像データベース
  • メタボローム・データベースの開発の取り組み(奈良先端科学技術大学院大学 金谷G)
    • MassBank
    • Bio-MassBank
    • KNApSAcK Family
  • ゲノム情報に基づく疾患・医薬品・環境物質データの統合の取り組み(京都大学 金久G)
    • KEGG MEDICUS 疾患・医薬品統合リソース(英語版)
    • KEGG MEDICUS 疾患・医薬品統合リソース(日本語版)
    • KEGG お薬手帳
  • ゲノム・メタゲノム情報を基盤とした微生物DBの統合の取り組み(東京工業大学 黒川G)
    • 微生物統合データベース「MicrobeDB.jp」
  • ゲノム情報に基づく植物データベースの統合の取り組み(かずさDNA研究所 田畑G)
    • Plant Genome Database Japan(PGDBj)
  • ヒトゲノムバリエーションデータベースの開発の取り組み(東京大学 徳永G)
    • GWAS-DB
    • Human Variation DB
  • 生命と環境のフェノーム統合データベースの取り組み(理研 豊田G)
    • フェノタイプからのバイオリソース検索1(文献テキストからの検索)
    • フェノタイプからのバイオリソース検索2(表現型で体系化されたマウスリソースの閲覧)
    • フェノタイプからのバイオリソース検索3(表現型異常分類から検索)
  • 蛋白質構造データバンクの国際的な構築と統合化の取り組み(大阪大学 中村G)
    • Protein Data Bank Japan (PDBj)
  • 糖鎖統合データベースと研究支援ツールの開発の取り組み(産総研 成松G)
    • 糖鎖に特化した横断検索
    • 化学構造式を利用した糖鎖構造検索
    • 糖鎖の特徴的な部分構造の組合せによる糖鎖構造検索機能
  • 大規模ゲノム疫学研究の統合情報基盤の構築の取り組み(京都大学 松田G)
    • Human Genetic Variation Browser
  • 生命動態システム科学のデータベースの統合化の取り組み(理研 大浪G)
    • Worm Developmental Dynamics Database

上記の取り組みならびにサービスについては、主に2013年7月時点で公開されているものを対象に評価していただきました。研究開発期間は一部を除き2014年3月末までとなっているため、開発のために一時的にサイト等が非公開になっているものもあります。

評価結果

参考

文部科学省委託研究開発事業「統合データベースプロジェクト」(2006~2010年度)のユーザー評価

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