SSBD:databaseの画像データの検索、グループ化、フィルタリング、可視化を容易にするSSBD:BFF Explorerが実装
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2026年6月15日、理化学研究所 生命機能科学研究センターの大浪修一チームリーダーらが開発している生物画像データデータベースSSBD に、画像データのメタデータを使って容易にデータの検索、グループ化、フィルタリング、可視化を行えるSSBD:BFF Explorer が実装されたことが、科学雑誌「Nature Methods」に掲載されました。
SSBD はバイオイメージングデータの共有と再利用のためのプラットフォームで、バイオイメージングデータのレポジトリSSBD:repository と生物学的ダイナミクスデータの高付加価値データベースSSBD:database から構成されています。SSBD:databaseには、単一分子、細胞、組織、個体など、さまざまな生物種、データソース、分析手法で取得された数千もの生物学的オブジェクトの顕微鏡画像や定量的生物学的データが、OME-NGFF形式で公開されています。これらのデータセットには、関連する論文、生物種、イメージング手法、ライセンス情報などの豊富なメタデータが付随しています。
今回、SSBDに実装されたSSBD:BFF Explorer を用いると、メタデータ駆動型のフィルタリングとグループ化によって、さまざまな生物画像の探索を効率的に行えるようになりました。現在、SSBD:BFF Explorerでは、SSBD:databaseに収載されているOME-ZarrデータセットコレクションとOMEROデータセットコレクションのデータを検索・閲覧できるようになっています。OME-Zarr形式のデータではスケーラブルなアクセスが可能となっているため、ユーザーはファイルサイズの大きなデータ全体をダウンロードすることなく、SSBD:BFF Explorerから直接、必要な部分のデータのみをストレスなくウェブ上で可視化することができます。
大規模な公開バイオイメージングリソースの軽量インターフェースレイヤーとして機能するSSBD:BFF Explorerが実装されたことで、SSBD:databaseに収載されているOME-ZarrデータセットやOMEROデータセットをより簡便に探索して閲覧できるようになり、ユーザビリティが向上しました。研究チームは、SSBD:BFF Explorer が実装されたことで、SSBD:database の利活用が進むとともに、バイオイメージングデータ共有の国際連携を進める上での基盤づくりにも貢献すると述べています。
詳細は、掲載論文「Search, organize, aggregate, and share image data with BioFile Finder (BFF) 」をご覧ください。
SSBD は「統合化推進プログラム」の研究開発課題「バイオイメージングデータのグローバルなデータ共有システムの構築 」（研究代表者：大浪修一 理化学研究所 チームディレクター）の一環として開発・運営されています。
＜SSBD:BFF Explorerで閲覧可能なデータ＞（2026年6月）
- SSBD:database OME-Zarrデータセットコレクション 5,957件
- SSBD:database OMEROデータセットコレクション 11,618件
補足説明
・SSBD:database OME-Zarrデータセットコレクション： OME-Zarr は、国際的なコミュニティ「OME-NGFF（Open Microscopy Environment-Next Generation File Format）」で2023年に策定した生物画像データの新しい標準ファイル形式。クラウド上で多次元の生物画像データを効率的に管理・利用できる点に優れており、AIを使った解析や深層学習の学習データとしても適している。SSBD:database OME-Zarrデータセットコレクションには、時系列で取られた大規模な生物画像データなどが多く含まれている。
・SSBD:database OMEROデータセットコレクション ：OMEROは、FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, and Reusable) 原則 への対応を前提として開発された顕微鏡画像管理のオープン・プラットフォーム。SSBD:OMEROには、著者から提供された顕微鏡メーカー独自の形式やTIFFなど一般的な形式の顕微鏡画像が収載されている。
図 SSBD:BFF Explorerの画面推移
SSBD:database のタブメニューからSSBD:BFF Explorer を開き、LOADボタンを押してSSBD:database OME-ZarrデータセットコレクションまたはSSBD:database OMEROデータセットコレクションのリストを読み込む。図では、SSBD:database OME-Zarrデータセットコレクションを選択した時のスクリーンキャプチャーを示した。左側のメニューでサンプルのグループ化、フィルタリング、並べ替えを行い、中央に表示されるリストからデータを選択すると、右側に画像とメタデータが表示される。OPEN WITHボタンを押すと、使用可能な分析ツールが表示され、クリックすると、選択している画像データの解析が別ウインドウでできるようになる。
