【横断検索】13件のDBが追加で検索できるようになりました

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2021年2月16日

「生命科学データベース横断検索」から13件のデータベース(下表参照)が追加で検索できるようになりました。

今回追加したデータベースの名称および概要。一部のデータベースを除き、概要は「Integbioデータベースカタログ」より転記。

KAKEN 科研費のデータベースです。採択課題、研究成果の概要、研究成果報告書及び自己評価報告書を収録しています。
AMED 研究成果情報 AMED(国立研究開発法人日本医療研究開発機構)の研究開発課題の研究成果報告書、プレスリリース、その他研究成果に関するトピックスを収録したサイトです。
MEDLEY 病気の情報、薬の解説、医療機関、論文など医療に関する情報を集約したサイトです。
シロイヌナズナ転写因子クローン(TF clone)データベース 産業技術総合研究所と理化学研究所環境資源科学研究センターより寄託されたTF clone(シロイヌナズナの転写因子のORF clone)の総合カタログです。公開済みの理研RARTF cloneのデータもここに含まれています。AGIコード、アノテーション、クローンID、クローンの入手先などの情報を、RARTFで定義された遺伝子ファミリーや、キーワードにより検索できます。クローンの配布についてはContactタブから情報へリンクされています。
樹木実生図鑑 大阪府立大学キャンパスおよび森林、公園、緑化現場などで出現した樹木の実生画像約170種を紹介しています。
MCG CNV Database 日本人の健常者集団を対象として独自に開発したBACアレイ(MCGアレイ)ならびにSNPアレイ(illumina, HumanOmniExpress Beadchip)を用いた解析を行い、検出されたCNVとLOHを収録したデータベースです。日本人健常者集団におけるCNVやLOHの出現頻度を示し、ゲノム解析において検出されるゲノム変化が病態と関連するかどうかを判断するための基盤情報となります。
BGDB ソバのゲノムデータベースです。NGSによって得られたショートリード配列を用いてドラフトゲノムを決定し、遺伝子予測解析により決定されたCDSについて、NCBI NRまたはTAIR 10データベースによるBLAST解析によって機能予測を行なっています。InterProに対するドメイン検索の結果も収録しています。BLAST検索、キーワード検索が可能です。
府大キャンパス デジタル樹木図鑑 大阪府立大学のキャンパスに生育する200種以上の樹木を紹介しています。種名・科名・花やたねおよび風景の写真から樹木の検索ができます。
FiMSeA 東南アジアの淡水魚を中心とする標本データベースです。ラオス、タイ、カンボジア、ベトナム、マレーシア、ミャンマー、および日本に生息する淡水魚、水生昆虫、貝類の生態写真や標本写真、遺伝子情報、タキソノミー、英語名、和名、タイ語名、生息地などの情報を収録しています。地図からの検索や種名による検索、タキソノミーツリーによるブラウズと検索が可能です。
AtMetExpress LC-MS シロイヌナズナ二次代謝産物の液体クロマトグラフィー/質量分析(LC-MS)によるプロファイルデータベースです。シロイヌナズナ野生型(Col-0)の部位別、発生段階別代謝物プロファイルデータベースAtMetExpress Development LC-MSと、20種のシロイヌナズナエコタイプにおける代謝物プロファイルデータセットAtMetExpress 20 Ecotypes LC-MSの2種類のデータを提供しています。
PCIDB 植物代謝産物とそれに相互作用するヒトタンパク質情報やヒトに対する効能情報を統合したデータベースです。KNApSAcKの植物とそれに由来する代謝産物の情報、ChEMBLの化合物とタンパク質の相互作用情報にOMIMやKEGG DISEASEからヒト疾患に関する情報を関連づけた情報、CTDのヒトタンパク質と相互作用する物質や病気との関係などの情報を統合しています。KNApSAcKの化合物ID、代謝物名、生物種名等から検索できる他、代謝物の階層分類等からデータを参照することも可能です。
REPAIRtoire DNAの損傷と修復機構に関わる因子のデータベースです。タンパク質、損傷原因因子、DNA修復タンパク質の異常に起因する疾患、ホモログ情報、損傷修復パスウェイ、キーワード、論文の各カテゴリごとに情報がまとめられています。DNAやDNA-タンパク質複合体の模式図を作成するオンラインツールも公開しています。ログインをすればユーザが情報を登録することができます。
ChemTHEATRE 環境内、特に生物中の化学物質濃度情報を収集したデータベースです。論文や公的機関によるレポートによる情報を統一された書式で登録しています。各データセットには実験方法に関する情報(器具、抽出方法、浄化方法など)、生物試料に関する情報(採集日、採集地、Taxonomy ID、組織名など)、および計測データが含まれています。

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