【横断検索】7件のDBが追加で検索できるようになりました

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2020年3月17日

「生命科学データベース横断検索」から7件のデータベース(下表参照)が追加で検索できるようになりました。

今回追加したデータベースの名称および概要。概要は「Integbioデータベースカタログ」より転記。

TADB 2.0 バクテリアおよび古細菌のtoxin-antitoxin(TA)遺伝子データベースです。菌を殺す毒素(Toxin)遺伝子とその作用を相殺する抗毒素 (Antitoxin)遺伝子についての情報をペアで掲載しています。塩基配列、アミノ酸配列、ゲノム上の位置情報、Replicon情報があります。生物種名、TA family、遺伝子やタンパク質名による検索の他、WU-BLAST2を用いた検索ができます。ゲノム配列上のTA lociを予測するツールも提供しています。
Virus-Host DB ウィルスとその宿主をNCBI taxonomy IDのペアとして整理したデータベースです。NCBI/RefSeq、またはアクセッション番号がEBI GenomesにリストされたGenBankに完全長ゲノム配列が置かれているウイルスを対象にしています。宿主情報としてはRefSeq、GenBank、UniProt、ViralZoneなどのデータベースからの情報に、文献からのマニュアルキュレーションによる情報を加えています。タキソノミー、RefSeq番号、文献情報、KEGG BRITE、ICTV、ViralZone、Plant Viruses Onlineなどのデータベースへのリンクが収録されています。ウィルス名、ウィルス系統、宿主名、宿主系統が一覧で表示され、それぞれの項目で検索できます。
微生物有害情報リスト 微生物(細菌、真菌)の危険度/有害性の判断基準となる国内外の情報を一元化したリストです。各微生物のバイオセーフティーレベル(BSL)分類や国内法規制の適用の有無などの情報を、学名(旧名、異名を含む)から検索することが可能です。Web版の他に、ダウンロード可能なExcel版が搭載されています。
Rubber Genome & Transcriptome Database パラゴムノキの遺伝子・転写関連データベースです。決定したドラフトゲノム配列や天然ゴム高生産株・病害抵抗株の遺伝子発現情報、世界の関連研究成果をまとめて掲載しています。各レコードには遺伝子名、遺伝子位置、塩基配列、他のデータベースによるアノテーション情報、遺伝子予測、共発現をする遺伝子などの情報が収録されています。キーワードによる検索の他、生合成、転写因子、耐病性による絞り込み、RAN-seqによる発現検索、生合成マップからの検索、BLAST検索も可能です。
MeKO シロイヌナズナ変異体の代謝に関するデータベースです。野生種に近い表現形を持つ変異体50種類について変異遺伝子の情報、表現形、ガスクロマトグラフィー/マススペクトロメトリー(GC-MS)による代謝プロファイルを収録しています。変異遺伝子名のリストによるブラウズが可能です。クロマトグラム、マススペクトラム、形質、実験メタデータなどが一括してダウンロードできます。
FioreDB 「花きCRES-Tプロジェクト」において、シロイヌナズナの様々な転写因子を標的にしてキメラリプレッサー遺伝子サイレンシング法 (CRES-T法)により作成した形質転換体の表現型を収録したデータベースです。形質転換体の表現型から転写因子をサーチする他、形質転換体を作成した遺伝子コンストラクトのリストからもサーチできます。各転写因子について、アノテーション、遺伝子情報、マイクロアレイデータ、CRES-T法による形質転換体の形質などが整理されています。シロイヌナズナ以外の植物での形質転換体の形質に関する情報もあります。
Type Collection Database 東京大学 総合研究博物館で保存している植物タイプ標本のデータベースです。種および種以下で分類されたタイプ標本について、学名、タイプの種別、写真、採取場所、関連文献のデータが整理されています。収録データは、総合研究博物館の資料レポート (1981-2002年)、およびタイプ標本のカタログに基づいています。

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