【横断検索】16件のDBが追加で検索できるようになりました。

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2020年1月21日

2020年1月9日より、「生命科学データベース横断検索」から16件のデータベース(下表参照)が追加で検索できるようになりました。

今回追加したデータベースの名称および概要。名称の末尾に「アーカイブデータ」と附記したものは、「生命科学系データベース アーカイブ」に寄託されたデータセットを検索対象としたもの。概要は「Integbioデータベースカタログ」より転記。

富山大学薬学部附属薬用植物園 薬用植物データベース 富山大学薬学部附属薬用植物園で栽培されている植物をはじめ、多方面から収集、蓄積された薬用植物に関連する情報を収録しています。各植物の写真と学名、和名、薬用部位等が閲覧できます。和名、学名、生薬名、薬用部位、キーワードでの検索が可能です。
SuperSweet 人工、天然の甘味料化合物のデータベースです。甘味を感じさせる炭水化物および類似化合物の情報と、ヒト甘味受容体構造モデルについての記述を収録しています。化合物の情報は分子構造、ショ糖を1とした甘さ、代謝やカロリー等の情報が含まれています。谷本係数を基にした甘味料の類似構造検索が可能です。
ウェブ版血管炎病理アトラス 血管炎病理画像のデータベースです。各疾患ごとに病理画像と解説が収録されています。画像はダウンロードして使用することが可能です(使用許諾ルール)。
JaLTER Metacat サービス 長期生態学研究の促進を目的とした、生態系観測データの検索サービスです。データセットごとにデータのメタデータ、データセットの所有者連絡先や地理情報、サンプリング等の方法、データセット利用条件が提供されています。プロジェクト名、生態系タイプ(森林、海等)、測定項目(気象, 水文, 水質, フラックス等)、日本各地のJaLTERサイトの名称による絞り込みが可能です。
ユスリカ標本DNAデータベース DNAバーコーディングを進める上で得られた、ユスリカのDNA塩基配列、種、採集地などの情報を収録したデータベースです。各詳細データには標本番号、種名、採集地、アクセッション番号 (DDBJ)、ハプロタイプおよび標本写真が含まれています。DNA情報を形態学的・生態学的な情報と併せることで種判別を行えます。GBIFへデータを提供しています。
REFOLDdb REFOLDdbは、論文等で公開された組み換えタンパクのリフォールディング手法を収集したデータベースです。文献、タンパク質情報、実験情報を組み合わせ、文献に基づくリフォールドの最適な条件を探すことができます。各種統計情報からのデータの閲覧、Blast検索、データの一括ダウンロードもできます。Monash Universityが2006年から公開していたREFOLD database(http://refold.med.monash.edu.au)のデータもMonash Universityの研究チームと協議の上、このデータベースで利用できるようにしています。
Soybean Proteome Database(アーカイブデータ) 二次元電気泳動および電気泳動を介さない方法によるダイズのプロテオーム解析の結果を主に収録しているデータベースです。ダイズの各器官に存在するタンパク質や細胞内局在性を示すタンパク質やストレス応答性を示すタンパク質を経時的にダイズ写真等から閲覧することが可能です。またトランスクリプトーム解析、メタボローム解析のデータ、及び各種実験のプロトコルPDFも公開しています。
DDPC DDPCは実験的に検証された前立腺がん関連遺伝子の知識統合データベースです。前立腺がん遺伝子に関して、遺伝子情報、実験的エビデンス、関連タンパク質、オントロジー、関連パスウェイ、関連疾患、オルソログ情報、転写調節因子情報、テキストマイニングの結果が閲覧できます。また、DrugBankからの前立腺がんに関連する医薬品の情報も収録しています。
脳科学辞典 脳科学分野で使用される用語を解説したデータベースです。大きな領域である脳科学分野において、学生や研究者が自分の専門以外の分野を容易に理解でき、最近の研究動向についての知識もある程度得られるように記述されています。脳科学辞典の作成は、2015年2月より日本神経科学学会の事業として位置づけられています。
広島大学デジタル自然史博物館(公開維持系統データベース) 広島大学が保有する植物、動物、化石、岩石、鉱物などの学術標本資料や、生物教材を閲覧できます。植物では、広島大学の植物学研究を特色づけたコケ植物に関する様々な情報や標本、文献データベースを提供しています。動物では、瀬戸内の海産プランクトンや魚、水生昆虫を紹介しています。また、広島大学が世界に誇るカエルの系統維持と研究成果を紹介しています。化石、岩石、鉱物では、岩石と鉱物の分類を、美しい画像と分かりやすい解説で紹介しています。日野化石コレクションも画像付きで提供しています。生物教材では、教育現場に直結した広島大学オリジナルの生物画像や映像を提供しています。※生命科学データベース横断検索のこのノードでは公開維持系統データベースを検索できます。
カイコ参照トランスクリプトームデータ(アーカイブデータ) 既存の化学物質の環境中濃度に関する情報は,学術論文あるいは公的機関の報告書として電子化されてはいますが,そのほとんどはテキストファイルやエクセルファイルとして保存されており,モデリングやリスク解析を行う上では決して使いやすい形式とはいえません。気候変動研究に比べて地球規模の本データ集はカイコの新規参照ゲノム配列(Kawamoto et al., 2019, Insect biochemistry and molecular biology )とカイコP50T系統における複数の器官由来のRNAseqデータから確立した参照トランスクリプトームデータとその関連データである。参照トランスクリプトームメタデータは新規参照ゲノム配列上での各転写産物の位置情報を示している。組織別発現データでは先述のカイコから取り出した各器官毎の各転写産物のtpm値を示している。トランスクリプトームアノテーション情報は各転写産物をヒトとショウジョウバエのタンパク質のデータセットに対してBLAST検索し、アノテーションを付与したデータを含んでいる。参照トランスクリプトームデータの予測アミノ酸は参照トランスクリプトームデータから予測されたアミノ酸配列のマルチfasta fileである。化学汚染の予測が大きく遅れているのは,予測モデルの入力データや検証材料になり得るモニタリングデータが整備されていないことが一因だと考えられます。このように多額の研究費を投じて得られた貴重な研究成果が十二分に活用されていないのは大きな損失です。これらの貴重な情報を将来にわたって有効活用するためには,汎用性の高いデータベースの構築が必須の課題だと考えます。そのため我々は,環境中化学物質の濃度情報に関するデータベースを構築し,あらゆる化学物質のモニタリング情報を収録・閲覧できるプラットフォーム(ChemTHEATRE)を創出したいと考えています。このプラットフォームを活用することで,化学物質のトレーサビリティが確保され,環境中での挙動・運命予測が容易になる上,化学物質排出量や毒性情報等に関する外部のデータベースとの連携により高精度かつ透明性の高い化学物質の生態リスク評価が可能となります。また,情報の高度な可視化技術との連係によりモニタリング研究の社会への還元,とくに環境教育への寄与やオープンサイエンス化が期待できます。
PoSSum(アーカイブデータ) タンパク質の類似リガンド結合部位データベースです。
浮遊性有孔虫データベース 世界の海洋に生息する単細胞の原生動物プランクトン浮遊性有孔虫のデータベースです。種の分類や殻、口孔、棘状突起などの形態的特徴の解説に加えて光学顕微鏡画像、電子顕微鏡(SEM)画像、飼育された生体の動画が収録されています。分類インデックスによるブラウズやキーワードによる検索が可能です。
広島大学デジタル自然史博物館(コケ植物用語集) 広島大学が保有する植物、動物、化石、岩石、鉱物などの学術標本資料や、生物教材を閲覧できます。植物では、広島大学の植物学研究を特色づけたコケ植物に関する様々な情報や標本、文献データベースを提供しています。動物では、瀬戸内の海産プランクトンや魚、水生昆虫を紹介しています。また、広島大学が世界に誇るカエルの系統維持と研究成果を紹介しています。化石、岩石、鉱物では、岩石と鉱物の分類を、美しい画像と分かりやすい解説で紹介しています。日野化石コレクションも画像付きで提供しています。生物教材では、教育現場に直結した広島大学オリジナルの生物画像や映像を提供しています。※生命科学データベース横断検索のこのノードではコケ植物用語集を検索できます。
AOE(アーカイブデータ) EBI ArrayExpress に登録されている遺伝子発現データを容易に検索、閲覧するためのインターフェースです。ArrayExpress のメタデータから集計した統計値をインタラクティブなグラフにまとめてあり、生物種別、手法別の登録件数が一覧できます。また、生物種、手法、登録年によるデータリストの絞り込みが可能です。各データは EBI ArrayExpress にリンクしています。NCBI Gene Expression Omnibus (GEO) の登録データを容易に利用するためのインターフェースであったGEO目次の後継サイトです。
薬剤の制ガン作用と関連する遺伝子発現変化・公開データベース 化合物の制がん作用と関連する遺伝子発現変化の情報を提供するデータベースです。5種類のヒトがん細胞株(結腸がん HT-29,卵巣がん SKOV3,白血病 K562,肺がん H2228,肺がん PC-9)をさまざまな抗がん剤で6時間ないし16時間処理し、マイクロアレイによる網羅的遺伝子発現解析によって変動遺伝子群(シグニチャー)を抽出しています。シグニチャーのリストはダウンロード可能です。また、抗がん剤の入手先、溶媒、標的分子、用いた処理濃度等のリストもご覧になれます。

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