【統合化推進プログラム】jPOST databaseが公開されました

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2018年3月27日

2018年3月26日、京都大学 大学院薬学研究科の石濱 泰教授らのグループは、「統合化推進プログラム」における研究開発課題「プロテオーム統合データベースの構築」の研究開発の一環として、新たにjPOST databaseを公開しました。

jPOST database
http://globe.jpostdb.org/

jPOST databaseは、国内外の研究者がそれぞれ測定し、リポジトリに登録したプロテオーム・データを、統一した基準を用いて再解析したデータベースです。
jPOSTrepoなどProteomeXchangeコンソーシアムに加盟するリポジトリに登録されたデータを利用しています。

jPOST databaseには、以下のような特徴があります。

  • 生物種、細胞株などによるデータセットの絞り込みおよび絞り込み条件の保存
  • 同定されたペプチド、タンパク質翻訳後修飾等の閲覧
  • 絞り込んだデータセット(「スライス」と呼びます)同士の比較
  • 「スライス」の基本的な統計解析と可視化

jPOSTdatabase_flow

【参考】
○jPOSTrepo
https://repository.jpostdb.org/
プロテオームの質量分析や二次元電気泳動などによる測定データのリポジトリ。ProteomeXchange (PX) Consortiumに加盟しており、登録データに対し、論文投稿する際に必要となるPX IDが発行される。

○ProteomeXchange Consortium
http://www.proteomexchange.org/
世界中の質量分析プロテオミクスデータのデータ提出と普及を標準化することを目的とした国際コンソーシアム。2011年発足。欧米日中からPRIDE、PeptideAtlas、MassIVE、jPOSTおよびiProXが加盟している。

○研究開発課題の概要
研究開発課題名:プロテオーム統合データベースの構築
研究代表者:  石濱 泰(京都大学 大学院薬学研究科)
研究開発期間:2015年4月~2018年3月

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