【横断検索】7件のデータベースが検索できるようになりました。

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2015年12月18日

「生命科学データベース横断検索」から7件のDBが追加で検索できるようになりました。

  • 「FANTOM5」:FANTOMは、理化学研究所のマウスゲノム百科事典プロジェクトで収集された完全長cDNAのアノテーション(機能注釈)を行うことを目的に、林崎良英博士が中心となり2000年に結成された国際研究コンソーシアムである。その役割はトランスクリプトーム解析の分野を軸に発展・拡大してきた。また、プロジェクトの研究対象は、ゲノムの転写産物という「要素」の理解から、転写制御ネットワークという「システム」つまり「生命体のシステム」の理解へ、より高次の階層に向けて着実に進められている。 FANTOM5では、FANTOM3ならびにFANTOM4の研究成果を発展させ、様々な種類の細胞について、ヒトゲノムにコードされているプロモーターと転写因子制御ネットワークを明らかにすることを目指している。現在、ヒトの主要な組織、200種以上の癌細胞、30種類の細胞分化やマウス発生の経時解析用サンプル、200種以上の初代培養細胞、などから抽出したRNAについて、Heliscope1分子シーケンサーによるdeepCAGE解析を進めている。FANTOM5での研究により、人体を構成する正常な細胞の性質を制御する遺伝子制御部位について、その活性を細胞の種類ごとに測定した包括的データが得られた。これは、ゲノムから読み解かれる情報を用いた網羅的かつ体系的な「正常細胞の定義」の基礎となるものである。臨床において病理診断で用いられる組織像などによる細胞の分類には限界があり、細胞の種類を定義づける決定的な方法が存在しなかったが、本研究で得られた細胞の定義を今後さらに充実させることで、ヒトゲノムが生成し得る細胞の全体像が明らかになると期待できる。従って今回の成果は、細胞の多様性がどのように制御されているかという問題の解決だけでなく、病的な状態を定義するために必要な「何が正常なのか」という「正常細胞の定義」の基本になるといえる。がんなどの細胞を「正常細胞の定義」で比較することで、どのような異常が発生しているのかを詳細に解析することが可能になり、有効な抗がん剤などの評価に貢献すると期待できる。
  • 「ASTRA」:6真核生物種のゲノム中の選択的スプライシングと選択的転写開始のパターンデータベース。ゲノム配列への完全長cDNAのマッピング結果より選択的スプライシングと選択的転写開始によって構造変化を起こしている遺伝子を検索、そのパターンを表示し、アミノ酸配列を出力する。
  • 「MassBase」:質量分析装置による代謝産物の分析データについて、分析データそのもの(生データ)を、生データに近い形で蓄積・公開するためのデータベースです。分析機器から出力された直後の生データを、必要最低限なサンプル情報とともに公開しています。様々な生物種の質量分析装置による分析生データを取得し、in silicoスクリーニングなどの解析を行うことができる。また、KOMICS(http://www.kazusa.or.jp/komics/)で配布している解析ツールを用いることで、代謝物アノテーションや比較解析などを行うことができる。
  • 「DTA DATABASE」:DTA法によってタンパク質を解析した結果を集めたデータベースです。DTA (二面角の推移分析)により定性された高解像度、包括的、非冗長タンパク質のモーションや主なチェーン二面角の大規模な変化に関する情報を収録しています。データは様々な方向からの並べ替えや検索が可能です。またタンパク質のペアリストも利用できます。
  • 「貝類データベース」:貝類のデータベースです。貝類の画像(主に貝殻)と和名、学名、採集地、分布範囲、参考文献などが収録されています。データは画像を使って形から、もしくは学名や和名から検索できます。
  • 「日本核医学会学会誌」:日本核医学会の機関誌として、年4回発行している和文誌「核医学」と、年10回発行している英文誌「Annals of Nuclear Medicine」のサイトです。「核医学」のオンラインでの閲覧は会員専用サイトへのログインが必要です。「Annals of Nuclear Medicine」はログインなしでFull textが閲覧できます。
  • 「SKIP 幹細胞情報データベース」:ヒト由来のiPS細胞や疾患iPS細胞、ES細胞などの幹細胞を中心に、細胞の基本情報を収録したデータベースです。由来組織、ベクター、PubMed、キーワード等、様々な項目から検索でき、誰もが簡単に目的とする幹細胞情報にアクセスすることができます。また、研究者が樹立した細胞情報を自身で登録し、研究者(研究室)独自のデータベースを構築して利用することも可能です。登録した幹細胞情報を研究者間で共有したり、一般に公開することも可能です。

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