【横断検索】8件のデータベースが検索できるようになりました。

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2015年10月14日

「生命科学データベース横断検索」から8件のDBが追加で検索できるようになりました。

  • 「KaTomicsDB(Tomato SBM DataBase)」:ナス科のモデル植物であるトマトのゲノムデータベースです。トマトのDNAマーカーやSNPのアノテーション(機能性マーカー)、Selected BAC clone Mixture (SBM)により得られたコンティグやスキャフォールド、予測遺伝子とそのアノテーション情報を公開しています。DNAマーカーデータベースでは、EST-SNP, EST-SSR, Genome-SSR, Intron-SNPなどのDNAマーカーや、トマト3系統の連鎖地図情報を公開しています。
  • 「Carnation DB」:カーネーション (Dianthus caryophyllus、ダイアンサス カリオフィラス)のゲノム情報のデータベースです。遺伝子ごとに配列データに加えてGOなどによるアノーテーション情報やUniProtなどの既存データベースに対するBlastpによる解析結果がまとめられています。BLAST検索や収録データの一括ダウンロードも可能です。
  • 「中毒情報データベース」:家庭用品、自然毒による急性中毒に関する毒性や症状、処置などの情報が掲載されているデータベースです。保健師、薬剤師、看護師などの医療従事者が市民に対応することを想定し、作成されています。
  • 「DDIDA」:DDIDAは薬、低分子化合物とその身体的応答(疾患/症状)の関係性についてのメカニズムに基づいた情報を提供するために開発されたデータベースです。医薬品、低分子化合物、表現型応答、薬の副作用、薬とターゲットの関係性、低分子化合物と疾患の関係性情報を統合しています。データは、DailyMed、 DrugBank、 KEGG、 GenBank、 OMIM、 MeSH、 AERS、 国際疾患分類 (ICD) といった複数のリソースから取得しており、最終的には専門家によりチェックされ、継続的に更新されています。
  • 「PiSITE - 蛋白質の相互作用部位データベース」:タンパク質立体構造データベースPDBを利用して、タンパク質複合体の相互作用部位を網羅的に集めたデータベースです。相互作用部位を集める際に、異なる複数のタンパク質と相互作用出来るタンパク質の相互作用部位を同時に考慮している点が特徴です。また副産物として、多くの異なるタンパク質と一時的な相互作用することが出来るSociable proteinのリストも提供しています。
  • 「Neuraminidase Structure DB」:抗インフルエンザウイルス薬開発において第1の標的タンパク質とされる、ノイラミニダーゼの立体構造予測モデル情報を格納しています。構造予測は、ホモロジーモデリング法に基づく立体構造予測のソフトウエアFAMS(ファムス)を用いました。インフルエンザウイルスの増殖にはウイルス由来のノイラミニダーゼと呼ばれるタンパク質が必須であり、特に全世界での新型インフルエンザの流行の可能性という緊急性から、その情報を全て公開することにしました。ノイラミニダーゼは9種類(N1~N9)の亜型に分類されますが、データベースには全種類含まれており、立体構造モデル数は1603件です。
  • 「TMIG-2DPAGE Proteome Database」 :ヒト由来培養細胞4種類と、病理解剖組織1種類の二次元電気泳動画像と同定されたタンパクの情報を公開しています。
  • 「KOP」:ヒト蛋白質発現クローン(Flexi ORF clones)データベースです。ORF配列やアミノ酸配列、InterProScanの結果、transmembrane regionの予測結果、OMIM databaseの疾病遺伝子に対するホモロジー検索の結果が登録されています。遺伝子名検索やキーワード検索、ホモロジー検索が可能です。機能別に分類された一覧も用意されています。

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