【横断検索】8件のデータベースが検索できるようになりました。

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2015年8月5日

「生命科学データベース横断検索」から8件のDBが追加で検索できるようになりました。

  • 「Rice Genome Mapping and Sequencing Data from RGP, STAFF/NIAR, Japan[アーカイブデータ]」:RGPのDNAマーカーで選抜されたYACクローンのデータファイルを示します。RGPのイネYACライブラリーは、日本晴(Oryza sativa L. cv. Nipponbare)の培養細胞から構築され、平均挿入長350kbのクローンを6934個含んでいます。RGPのDNAマーカーで選抜されたYACクローンのデータファイルを染色体ごとに図や表で参照することができます。表では、染色体ごとにRGPのDNAマーカーで選抜されたYACクローンを、DNAマーカー、遺伝的距離とともにまとめています。図では、染色体での区分領域ごとにYAC物理地図を示します。このアーカイブは下記の最終更新日のデータを元に作成されており、現状とは必ずしも一致しない場合があります。
  • 「Jatropha Genome Database」:ヤトロファのゲノムデータベースです。アセンブルにより得られた全ゲノム配列、スキャフォールド、アミノ酸配列、InterProによるモチーフ予測結果などを公開しています。キーワード検索やBLASTによる相同性検索、データのダウンロードが可能です。
  • 「KaTomicsDB(Tomato Marker)」:ナス科のモデル植物であるトマトのゲノムデータベースです。トマトのDNAマーカーやSNPのアノテーション(機能性マーカー)、Selected BAC clone Mixture (SBM)により得られたコンティグやスキャフォールド、予測遺伝子とそのアノテーション情報を公開しています。DNAマーカーデータベースでは、EST-SNP, EST-SSR, Genome-SSR, Intron-SNPなどのDNAマーカーや、トマト3系統の連鎖地図情報を公開しています。
  • 「KaTomicsDB(Tomato Functional SNP DataBase)」:ナス科のモデル植物であるトマトのゲノムデータベースです。トマトのDNAマーカーやSNPのアノテーション(機能性マーカー)、Selected BAC clone Mixture (SBM)により得られたコンティグやスキャフォールド、予測遺伝子とそのアノテーション情報を公開しています。DNAマーカーデータベースでは、EST-SNP, EST-SSR, Genome-SSR, Intron-SNPなどのDNAマーカーや、トマト3系統の連鎖地図情報を公開しています。
  • 「瀬戸内海海藻類標本データベース」:神戸大学内海域環境教育研究センター(兵庫県津名郡淡路町)に保存されている海藻類標本をデータベース化しました。センターに保存された標本の中から、代表的な標本約529点(228種)の画像と採集情報を公開しています。
  • 「KEGG RCLASS」:KEGG RCLASSは、KEGG RPAIRのメインペアを化学構造変化パターンで定義した化学反応クラスです。RC番号を識別子としています。
  • 「TOT-DB」 :寄生性原虫Theileria orientalisの全ゲノムを対象にしたデータベースです。G-integraプラットフォームのゲノムブラウザによって、発現データおよび遺伝子予測ソフトウェアからアノテーションされた遺伝子領域が表示されます。 病原性の強いT. parvaやT. annulataとのゲノム比較ができます。またゲノムブラウザ上で閲覧するだけではなく、BLASTによる相同性検索やデータの一括ダウンロードも行えます。全ゲノムの配列はホールゲノムショットガンと手動のギャップクロージング、自動および手動のアノテーションとを組み合わせて決定されています。
  • 「南半球の魚図鑑」:(独)水産総合研究センター開発調査センターが発行した魚類図鑑のうち、絶版 (完売)となった3種の図鑑に掲載されている全869種をデジタル化し全文掲載(和英併記)しています。【1.パタゴニア海域の重要水族、2.スリナム・ギアナ沖の魚類、3.スリナム・ギアナ沖の甲殻類および軟体類】

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