【横断検索】11件のデータベースが検索できるようになりました。

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2015年4月13日

「生命科学データベース横断検索」から11件のDBが追加で検索できるようになりました。

  • 「PCDq[アーカイブデータ]」:PCDq は、予測複合体を含めたヒト蛋白質複合体のデータベースです。BIND、DIP、MINT、HPRD、IntActおよびGNP_Y2Hの6つの蛋白質間相互作用(PPI)データを整理統合し、PPIネットワークの密な領域から蛋白質複合体が予測され、それらを文献と比較し修正することで、既知の複合体情報と予測された複合体情報の両方を格納しています。既知と予測のサブユニットを区別・活用するため、品質管理指数(complex quality index: CQI)を、各複合体に付与しています。また、複雑なネットワークを簡素に示す図を表示・編集できる機能PPI-Mapがあります。*慣行に従い、PCDqを研究等で利用する場合は、「論文等」に記載されている論文を引用してください。
  • 「RGP : A YAC-Based Rice Transcript Map Containing 6591 EST Sites[アーカイブデータ]」:このデータベースは、「Wu et al, Plant Cell 14, 2002」に掲載したYACベースのイネ転写産物地図に関する情報を提供しています。イネ転写産物地図作成に使用された6,591個のEST部位情報が含まれています。表や図(ダウンロード用のMicrosoft ExcelフォーマットおよびPDFフォーマットあり)の形式で、YACベースのイネ転写産物地図の詳細を提供します。表には、クローン特異的なESTプライマーを用いた、PCR法によるYACスクリーニングの詳細な結果が含まれています。 図には、割り当てられたEST部位でのイネの遺伝地図、および、YAC物理地図が含まれています。このアーカイブは下記の最終更新日のデータを元に作成されており、現状とは必ずしも一致しない場合があります。
  • 「RIKEN Arabidopsis Full-Length Clone Database Search」:理研ゲノム科学総合研究センター(GSC)より寄託を受けたシロイヌナズナ完全長cDNAクローン(RAFL clone)のキーワード検索ができます。キーワードには、リソース番号、NCBI Accesion Number、AGI code、cDNA clone nameの指定が可能です。
  • 「Schizosaccharomyces pombe Postgenome Database」:理研吉田化学遺伝学研究室で得られた分裂酵母Schizosaccharomyces pombe全遺伝子のクローニングに関する情報と、全タンパク質の細胞内局在情報、画像などが閲覧できます。現在、Sanger研究所のGeneDBにもリンクしています。また、分裂酵母の発現ベクターや株の提供を行っています。
  • 「BGPlants」 :施設に保存されている研究用植物のデータベース。日本全国の植物園などの施設に系統保存されている植物データの登録・公開を行っています。
  • 「CoP」:植物遺伝子の発現相関データベースです。
  • 「KomicMarket」:KomicMarket (Kazusa Omics Data Market)は、代謝物を含むシステムバイオロジーやマルチオミックス解析に強く興味を持つ研究者により開発、運用されています。 KomicMarketは、LC-FT-ICR-MS法(液体クロマトグラム-フーリエ変換-イオンサイクロトン質量分析)で検出された代謝物のピークのアノテーション(精密質量に基づく組成式や化合物名候補など)を主に格納しています。
  • 「Metabolonote」:ダイズの全ゲノム配列 (Glyma1.0モデル)から転写因子と予測された遺伝子および網羅的なアノテーション情報を公開しています。現在のところ61ファミリーに分類される転写因子モデル5,035件をエンコードする遺伝子座4,342件が収録されています。 検索機能が優れており、転写因子ファミリーの名称やキーワード、遺伝子ID、GOターム、cis-モチーフなどで検索できます。BLASTによるホモロジー検索やゲノムブラウザによる表示、データのダウンロードも可能です。
  • 「SoybeanTFDB」: ダイズの全ゲノム配列 (Glyma1.0モデル)から転写因子と予測された遺伝子および網羅的なアノテーション情報を公開しています。現在のところ61ファミリーに分類される転写因子モデル5,035件をエンコードする遺伝子座4,342件が収録されています。 検索機能が優れており、転写因子ファミリーの名称やキーワード、遺伝子ID、GOターム、cis-モチーフなどで検索できます。BLASTによるホモロジー検索やゲノムブラウザによる表示、データのダウンロードも可能です。
  • 「RaDaP」:文献で報告されたPET分子プローブの標識合成法やPET核種で標識された化合物の情報をまとめたデータベースです。化合物の分類や著者名などのリストから化合物の構造式や詳細情報を容易に検索できます。 文部科学省分子イメージング研究プログラムの一環として放射線医学総合研究所と理化学研究所が共同で開発したデータベースです。
  • 「知のアーカイブ」: 放射線医学総合研究所でこれまでに蓄積されてきた調査研究の成果から、日本社会が直面している環境中の放射能とそれによる健康影響の問題の理解に役立つと思われる内容のものを選びまとめたデータベースです。内容を項目別(線量、影響、リスクなど)に分類し、出来るだけ無加工な状態でデータを公開しています。

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