【横断検索】18件のデータベースが検索できるようになりました

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2015年3月13日

「生命科学データベース横断検索」から18件のDBが追加で検索できるようになりました。

  • 「UR-DBMS」:琉球大学医学部医科遺伝学(遺伝医学)により作成された奇形症候群を中心とする遺伝性疾患の総合データベースです。「UR-DBMS」は、奇形症候群や染色体異常を中心とし、遺伝性疾患全般を含む遺伝性疾患総合データベースです。各疾患について、症状(写真入り)や責任遺伝子、診断、発生機序、文献情報等がテキストベースで詳細にまとめられています。「Syndrome Finder」はUR-DBMSの症状データから診断候補を検索するソフトウェアです。こちらは医師専用で、利用の際にはユーザ登録が必要です。
  • 「国際基準に基づく小奇形アトラス」:国際基準に基づく小奇形アトラスは、奇形徴候の記載法に関する国際的なコンセンサスに基づき、頭蓋顔面の形態異常と四肢の形態異常 (頭部・眼囲・外耳・鼻・口囲・手足) の用語と定義や写真が掲載された解説集です。このサイトでは、日本小児遺伝学会の有志により日本語に翻訳された内容が公開されています。
  • 「染色体異常をみつけたら-説明」:山口大学名誉教授 梶井正医学博士により作成された,染色体異常の報告を受けた医師のための解説サイトです。染色体数の異常,出生前診断等項目別に詳しい解説を参照することが出来ます。
  • 「Orphanet」:Orphanetは希少疾患患者の診断と治療の向上を図ることを目的とした、希少疾患や希少疾患用医薬品について様々な情報を参照可能にしたデータベースです。疾患や薬に関する一般的な情報をはじめとして、臨床試験情報、関連する論文や、有病率、発症歴、症状、地域情報などを検索可能です。
  • 「ClinicalTrials」 :ClinicalTrials.govは,米国国立公衆衛生研究所 (NIH) と米国医薬食品局 (FDA) が共同で、米国国立医学図書館 (NLM) を通じて、現在行われている治験及び臨床研究に関する情報を提供しているデータベースです。これらの情報を集積するレジストリとしての役割も果たしています。
  • 「RGP: The Latest High-Density Rice Genetic Map, Including 3267 Markers[アーカイブデータ]」:このデータベースでは、1998年の高密度RFLP連鎖地図公開以降に生成された1000近いRFLPマーカーを含む、3267個のRFLPマーカー情報で構成される連鎖地図(2000年版)を提供します。連鎖地図データは12の染色体毎に表で表示され、各染色体毎に短腕のテロメア末端からの地図上の位置(遺伝的距離をcMで表示)、マーカー名、RFLP分析でプローブとして使用した挿入断片である5'末端と3'末端配列のDDBJ accession番号(入手可能な場合のみ)が含まれます。 このアーカイブは下記の最終更新日のデータを元に作成されており、現状とは必ずしも一致しない場合があります。
  • 「OpenPML[アーカイブデータ]」:遺伝型-表現型データ記述形式の標準化規格PML について記述したものです。あわせてPaGE-OMの説明、スキーマやサンプルスクリプトなどを公開しています。ゲノムの多様性と表現型の多様性の関係についての研究には、大規模且つ多様なデータを多くの協力者や研究者の間で共有することが不可欠です。そのためには各々の研究者がデータの互換性を担保した統一のとれた方法でデータを記述することが重要となります。 PaGE-OM (Phenotype and Genotype-Object Model)とはデータ記述のためのデータモデルです。遺伝型-表現型データベースを作成するときに、国際標準規格に基づいた形式で記述することができます。ゲノム多型と表現型のデータベースを開発する際に、国際標準形式で作成することができます。また、PMLで作成されたデータは再利用しやすいことになります。
  • 「TMBETA-GENOME[アーカイブデータ]」:TMBETA-GENOMEはゲノム配列の解読が完了している生物種のゲノム中に含まれるβ−バレル型膜タンパク質のデータベースです。各ゲノム配列に対して、機械学習と統計的手法を用いた計算が実行され、それらのアノテーション結果がデータベースに格納されています。ゲノムの各配列についてβ-バレル型膜タンパク質と判定された配列をFASTAフォーマットで取得することができ、さらなる解析に用いることができます。また"TMBETA-DISC"や"TMBETA-SVM"などの予測ツールを提供しており(アーカイブ版には含まれません)、アミノ酸配列を入力してβ-バレル型膜タンパク質の判別解析を行うことができます。
  • 「RGP: A HIGH-DENSITY RICE GENETIC MAP[アーカイブデータ]」: 「Genetics」(1998年1月)に掲載された高密度RFLP連鎖地図より、印刷物として掲載できなかった大量のデータをここで提供します。イネ連鎖地図は、Nipponbare (japonica) と Kasalath (indica) のF2交雑でマッピングされた2,275個のRFLPマーカー情報から構成されています。データはアイソザイム遺伝子座、各プローブの塩基配列および親サザン画像に対応した表、関連するクローン情報のデータを含んでいます。表にはマッピングされたクローンの類似検索の結果も含みます。このアーカイブは下記の最終更新日のデータを元に作成されており、現状とは必ずしも一致しない場合があります。
  • 「DBCLS SRA」:SRA, ENA, DRAに登録された次世代シークエンサからの出力データを対象とした目次を提供しています。具体的にはデータ生産の目的、プラットフォームの種類、生物種別に登録情報を閲覧、検索することができます。
  • 「RAFL cDNAs」: シロイヌナズナの完全長cDNA情報のデータベース。シロイヌナズナ完全長cDNAの解析を行い、機能注釈を付ける作業を進めた成果を公開しています。155,144の完全長 cDNAsの3'末端ESTsを、14,668の非冗長のcDNAグループのクラスタに分類し、また、14,034種のシロイヌナズナ遺伝子について、5'末端の配列データを得、制御領域(プロモーター)データベースを構築したものです。
  • 「RARTF」: PSI-BLAST検索により検出されたシロイヌナズナの全転写因子1,978件と転写因子ファミリーの情報を扱うデータベースです。完全長cDNA配列、Ds-tagged 変異体、ファミリー間のマルチプルシークエンスアライメント、系統樹、機能モチーフなどが収録されています。
  • 「Porphyra yezoensis (susabinori) EST datase」: かずさDNA研究所で決定したスサビノリのEST配列と、非冗長タンパク配列データベースとの間で行ったblastx検索の結果が収録されています。
  • 「SHOGoin」:ヒト正常細胞に関する情報を統合的に整備したデータベースです。ヒト成人細胞、幹細胞と成熟前の先駆細胞約2300種類について、独自に開発したノイズ画像に強い細胞形態測定ツールを用いて測定した染色画像データ等による形態情報、物理的位置や機能、遺伝子発現、細胞オントロジー等、細胞に関する情報を網羅的に集めて、細胞情報の系統的検索や可視化が可能な辞書を作成しました。将来的には、細胞分化や再生医療等の細胞医療をサポートする情報を提供することを目的としています。
  • 「Repbase Reports」:Repbase Reports (RR) is an electronic journal (ISSN# 1534-830X) established in 2001 by Genetic Information Research Institute (GIRI). It will be published monthly. RR will publishes consensus sequences of Transposable Elements and other repetitive DNA, unreported anywhere else. They must be properly classified. A brief description is welcome. All data published in RR will remain permanently archived and can be quoted like any other article published in the scientific journal. In addition, the sequence data and the accompanying commentaries will be automatically reprinted in Repbase Update (RU) and distributed worldwide.
  • 「分子プローブライブラリー」:放射線医学総合研究所において実際に製造、利用できるPETプローブのデータベースです。検索画面または一覧からプローブを探すことができます。
  • 「魚類写真資料データベース」:本データベースは魚類の生態写真や標本写真から構成されています。 本データベースは神奈川県立生命の星・地球博物館の魚類写真資料データベースに登録されている画像に基づいて構築されています。データの検索機能は同博物館と国立科学博物館との共同開発です。閲覧やダウンロードした画像の個人的な利用を除き、資料の利用に際しては神奈川県立生命の星・地球博物館および国立科学博物館の許可が必要です。個々の写真の著作権は撮影者に属します。
  • 「Transposon tag line Database Search」:理研ゲノム科学総合研究センター植物ゲノム機能情報研究グループ植物変異開発研究チームより寄託を受けたトランスポゾンタグライン(第1および第5染色体上に存在するDs因子の転移により挿入変異が生じたライン)の検索ページです。本カタログにはTail PCRにより得られた配列情報についてblast searchを行い、上位2番目までの挿入位置の候補について、近傍にあるMIPSのAGI code numberにより表示を行っています。多くの場合は1番目に記載された位置が正しいと予想されます。検索はGSCのカタログに掲載されているライン番号、ないしはAGI code numberで行ってください。

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