【横断検索】2件のデータベースが検索できるようになりました

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2014年10月7日

「生命科学データベース横断検索」から2件のDBが追加で検索できるようになりました。

  • 「KNApSAcK MetalMine[アーカイブデータ]」:MetalMineは金属イオン結合タンパク質のデータベースです。最近MetallomeやMetallomicsのような言葉が出てきたことに示されるように、生命システムにおける金属イオンの重要性はますます注目を集めています。しかし我々の知る限り、公に利用できる金属結合タンパク質の完全なリストはありませんでした。そこで私たちは、タンパク質の機能的な金属結合部位を整理するためにこのデータベースを作成しました。PDB databaseから金属結合部位を自動抽出すると、生物的機能のない多くの金属結合部位を含んでしまいます。このような結果は、結晶化を促進するために加える塩のような、実験条件に由来する典型的なものです。それは区別することが難しいことがしばしばですが、私たちはマニュアルでキュレーションを行うことによって、人工的な配位を除外することを試みました。 食・長寿・エコをめざした生物機能研究プラットフォームであるKNApSAcK Familyに統合されたデータベースのうちの1つ。KNApSAcK Familyはメタボロミクスによる食物あるいは生薬としての植物のヒトへの効果を分子レベルで解明する為に構築されました。
  • 「eDDASs[アーカイブデータ]」:eDDASs(イーダス)は,eDNA Database for Agricultural Soilsの略称です。全国各地の農耕地で収集された土壌物理・化学性、作物栽培様式、 およびその畑土壌由来のeDNA(environmental DNA)解析情報を収納した「国内初の農耕地eDNAバンク」であり、 独立行政法人農業環境技術研究所で運営されています。高品質な作物生産を行う上で、安定した地力の確保、連作障害等の病害の克服が重要であ り、それを実現するためには、 土壌の物理性、化学性、生物性を適切に把握する必要があります。物理性、化学性については、これまで多くの知見が得られ、 土壌診断の項目にも取り入れられていますが、生物性の評価法は確立されていません。 土壌病害の発生や有機質肥料からの養分供給には微生物が関与しており、土壌診断には、生物性の評価が不可欠です。 eDDASsは,近年著しく発展しているDNA解析技術を用いて、土壌中に生息する膨大な微生物の一端を解析し、 その情報を解析者のみならず、土壌微生物研究等に関わる多くの方々に提供することを目的としています。 eDDASsの大きな特徴は、「細菌」・「糸状菌」・「線虫」を同時に比較できることです。 このように微生物を網羅したデータベースは国内では初めてです。eDDASsの特徴は、各地で収集された農耕地eDNA情報を相互に比較できる点にあります。 eDDASsでは、近年広く世界中で普及しているDGGE(濃度勾配変性ゲル電気泳動)法というDNA解析手法を用いて、 全国各地の農耕地からeDNAを取り出しその中の生物の多様性を解析した結果を提供します。 しかし、DGGE解析にも問題点はあります。 それは、(1)用いるプライマーが異なると得られる結果が異なること、 (2)ゲルが異なると同一DNAサンプルを用いた場合でもDNAパターンが異なることです。 この問題を克服するために、(1)では同一のプライマーを用いる、 (2)では全てのゲルに同一マーカー(マーカーDNA)を付けることによって、 データを相互に比較できるようにしました(標準化)。 eDDASsで用いる標準法は、「土壌eDNA解析マニュアル(細菌・糸状菌相・線虫相)」にまとめられています。

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