【横断検索】7件のデータベースが検索できるようになりました

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2014年7月4日

「生命科学データベース横断検索」から7件のDBが追加で検索できるようになりました。

  • 「XDB」:アフリカツメガエル(Xenopus laevis)のEST、そのアセンブリ、WISH画像が登録されています。アセンブリは、NCBI-NR, UniGene(X.laevis), TIGR-XGI, Xenopus protein databse (NIH) を対象にしたBLAST検索、およびInterProScanによってアノテーションされています。WISH画像は、発生ステージごとに各向きから撮影されています。
  • 「真菌・放射菌ギャラリー」:本データベースは、ナショナルバイオリソースプロジェクト(NBRP)の一環として収集、保存、研究された病原性カビ、酵母、キノコおよび病原性放線菌の画像を公開しています。
  • 「LIPS」:植物の孔辺細胞中に存在するオルガネラや細胞内構造の研究促進を目的に構築されたデータベースです。23,000枚以上の孔辺細胞の光学切片像を収録、公開しています。顕微鏡画像は、各種オルガネラのマーカー蛍光タンパク質を発現するシロイヌナズナ形質転換体を作出、収集し、孔辺細胞の画像を網羅的に取得したものです。各画像につき、ターゲット構造、マーカータンパク、プロモーター、文献等の情報が掲載されています。
  • 「wiki.jscpb.org - Who's Who」:"日本比較生理生化学会が提供する研究者データベースです。2012年11月現在テスト運用中です。研究者名および種名の50音検索やキーワードに加えて、「動物の分類から探す」を利用することで系統樹に従って研究者を探し出すことができます。各研究者のページでは所属や研究テーマなどのプロフィール、研究者からのコメントの掲載欄があります。また「動物の生きるしくみ事典」もあわせて公開中です。"
  • 「微生物系統保存施設」:独立行政法人国立環境研究所 微生物系統保存施設では、シアノバクテリア、真核微細藻類、原生動物、絶滅危惧藻類の系統保存と分譲を行っています。また環境問題やその他の研究に重要とされる培養株の寄託の受け入れも行っています。 保存株は各種キーワードや分類別リストから検索が可能で、詳細情報は画像付きで公開しています。目的の株および一部の培地をオンラインで注文することができます。その他、文献検索も可能です。
  • 「PepBase」:シロイヌナズナの蛋白質修飾部位データベースです。高精度質量分析計を用いたショットガンプロテオーム解析で取得したペプチド配列やスペクトル、修飾部位などの同定情報が収録されています。ペプチド配列、アクセッション番号、蛋白質機能などで検索できます。
  • 「MCPASEVENS(アーカイブデータ)」:7本膜貫通ヘリックス型タンパク質のGPCR遺伝子を網羅的に収めたデータベースです。56の真核生物のゲノムからバイオインフォマティクス手法(GPCR遺伝子発見パイプライン)で、遺伝子を高精度に同定しています。遺伝子探索ツール、配列アラインメントツール、モチーフ・ドメイン同定ツール、transmembrane helix(TMH)予測ツールで構成されたGPCR遺伝子発見パイプラインを利用して、2つのステージで同定処理を行いました。1)遺伝子探索ステージ NCBやUCSC、Ensembl、Broad Institute、Baylor College of Medicine、dictyBase、IRGSPのftpサイトから得たデータを利用して、GPCR遺伝子候補数を抽出しました。2)GPCR遺伝子スクリーニングステージ BLASTPによる配列検索、Pfamを用いたドメインの決定、PROSITEによるモチーフの決定、TMwindowsやSOSUIを用いたTMH予測の結果を利用して、前ステージのGPCR候補遺伝子を4レベル(A~D)に分類しました。

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