【横断検索】13件のデータベースが検索できるようになりました

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2014年6月4日

「生命科学データベース横断検索」から13件のDBが追加で検索できるようになりました。

  • 「Full-Toxoplasma」:トキソプラズマより全長cDNAクローンを作成し、その解析結果を公開したデータベースです。各クローンのESTはドラフトゲノム配列(コンティグ)にマップされています。
  • 「TOMATOMA (Tomato Mutants Archive)」:筑波大学 遺伝子実験センターではNBRPトマトの中核機関として、多数のトマト栽培種や近縁野生種の種子を保有しています。また、矮性トマト品種マイクロトムのEMSおよびガンマ線変異誘発系統を大規模に作出しています。TOMATOMAでは、国内外のトマト研究の推進を目的として栽培種、近縁野生種、マイクロトム変異体の種子のリソース提供(有料)を行なっています。系統からの検索、形質からの検索が可能です。NBRP TOMATO (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc00716) の各種ページからもリンクされています。
  • 「CITRES」:カタユウレイボヤの系統、GFP導入ベクターによる蛍光発現画像や関連文献が掲載されています。各系統種やベクターの分与申し込みも可能になっています。
  • 「CiAID」:カタユウレイボヤ幼若体/成体の遺伝子発現プロファイルデータベースです。WISHデータ(約1,700)を各種関連データ(組織別ESTグラフ、ステージ別ESTグラフ、ステージ別マイクロアレイグラフ、ghost KH-ID、ghost clone-ID、ghost gene collection-ID、ghost CLSTR-ID、CIPRO-ID)と統合しています。また、CiAID (約1,700)およびCiona Ghost データベース(約28,386)に対する 2通りの検索(基本検索、組み合わせ検索)が可能であり、さらに幼若体の形態、発生関連の各種情報(360度回転観察データ、3D-CGモデル、連続切片、連続切片からの立体構築モデル)を備えています。
  • 「伝統医薬データベース」:生薬や漢方薬、および生薬に含有される化合物についての各種情報をDataBaseとして公開しています。 本邦で用いられている生薬の学術情報や本草学的情報、漢方薬の構成生薬や適応疾患・古典の記載・学術文献、 疾患別頻用漢方薬の漢方医学的分類をみることが出来ます。 また、基礎実験による生薬や漢方薬・生薬含有化合物の化学分析結果と生物活性試験結果も公開しています。
  • 「FANTOM5」:FANTOMは、理化学研究所 オミックス基盤研究領域が主催する国際研究コンソーシアムです。
  • 「MCPA2」:1997年より高解像度デジタルカメラで撮影された10,956件の哺乳類頭蓋の画像集です。6方向(前面・後面・左側面・右側面・上面・下面)からの撮影は、原則として、耳眼平面[眼窩の下縁と外耳孔の上縁によって形成される平面]が水平になるように頭蓋を固定して行い、下面のみ上顎の歯列が形成する平面[骨口蓋の部分]を水平になるようにして撮影しました。頭蓋画像は(1)系統分類一覧、(2)日本語名、(3)英語名、(4)学名 から検索することができます。各標本につき、左右前後上下方向の6つの写真(測径器付き)と、系統分類名、性別、年齢が表示されます。いくつかの種については生態写真を確認することができます。霊長類の標本には下顎骨の画像が付いています。画像および標本情報と計測値データはダウンロードが可能です。
  • 「3DPL」:カタユウレイボヤ初期胚におけるタンパク質の局在情報の3次元イメージ(免疫局在、GFP融合タンパクの発現)、および関連情報(細胞局在、染色法、発生ステージ、実験条件など)を搭載したデータベースです。CIPRO(カタユウレイボヤのタンパク質データベース)の一環として開発されました。
  • 「ARTADE」:シロイヌナズナのゲノムワイドタイリングアレイデータのアノテーションのためのプログラムです。シロイヌナズナのタイリングアレイデータにATRADEを適用した結果をデータベース化し、Webから検索できるようになっています。アカデミックユーザは、ライセンス契約同意の下で、プログラムのソースコードを自由にダウンロードできます。
  • 「佐賀大学電子図書館 植物遺伝資源検索」:佐賀大学が所有する、柑橘及びミカン亜科植物の形態、分布、特徴及び画像を収録したデータベース。
  • 「KaFTom」:矮性トマト品種マイクロトムの完全長cDNAに由来するESTおよび完全長配列のデータベースです。
  • 「VARIOUS MARINE INVERTEBRATES」:最近では、深海探査その他により、未知の無脊椎動物が相次いで発見されており、分類の新しい動物門を増やしています。無脊椎動物図鑑は古典的な分類に最近の知見を加味したものです。
  • 「KNApSAcK Bicycle(アーカイブデータ)」:藻類のタンパク質と二次代謝反応の情報を集めたデータベースです。94種類の藻類に存在する96,641個のタンパク質の情報と、これらのタンパク質が関与する化学反応 (614反応)の情報が調べられます。食・長寿・エコをめざした生物機能研究プラットフォームであるKNApSAcK Familyに統合されたデータベースのうちの1つ。KNApSAcK Familyはメタボロミクスによる食物あるいは生薬としての植物のヒトへの効果を分子レベルで解明する為に構築されました。

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