【横断検索】17件のデータベースが追加で検索できるようになりました。

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2014年3月6日

「生命科学データベース横断検索」から17件のDBが追加で検索できるようになりました。17件のDBの詳細は以下です。

  • 「KAIKOcDNA」:カイコcDNAの塩基配列データベースです。
  • 「PCDq(Protein Complex Database with complex quality index)」: 予測複合体を含めたヒト蛋白質複合体、それらの相互作用、さらにヒト蛋白質間相互作用情報のデータベースです。6つの既存の蛋白質間相互作用 (PPI)データベース (BIND、DIP、MINT、HPRD、IntActおよびGNP_Y2H)を整理統合し、それらのPPIネットワークの密な領域から蛋白質複合体を予測しました。さらに、それらを文献をもとに既知の複合体情報と照合し情報の付加や修正などの人手によるアノテーション (注釈づけ)を行いました。アノテーションの際には独自の蛋白質複合体の信頼性指標として品質管理指数 (complex quality index: CQI)を各複合体に付与しています。また複雑なネットワークを簡素に示す図を表示・編集できる機能PPI-Mapを提供しています。
  • 「RAvariome(Rheumatoid Arthritis variome)」:自己免疫疾患、関節リウマチ (RA) に関わる遺伝子多型情報を収集し、個人の遺伝的リスク予測や分子標的創薬を支援するデータベースです。本データベースでは、GWASなどの疾患関連解析の研究成果を包括的に評価し、複数の研究で再現性が認められている信頼の高い遺伝子多型の情報を提供するとともに、これらの信頼できる遺伝子多型の情報を基にして関節リウマチに対する遺伝的なリスクを予測するツールも提供しています。
  • 「RefDIC」:代表的な免疫関連細胞の標準的な状態(無刺激、もしくはごく一般的な刺激後)のmRNAプロファイル、タンパク質定量プロファイルデータを閲覧、ダウンロード、解析できるデータベースです。測定プラットフォームは、Affymetrix GeneChip、Luminex、二次元電気泳動です。
  • 「The Plant Organelles Database 2 Organelles Movie Database」:植物の細胞小器官の動画を提供しているサイトです。系統、小器官名、Accession番号、その他キーワードで検索することが可能です。
  • 「Trypanosomes Database[アーカイブデータ]」:このトリパノソーマデータベースは、トリパノソーマ症に対する薬剤開発において、効果的なターゲットとなり得るピリミジン生合成や酸化還元反応を触媒する酵素について、包括的な情報を提供するデータベースです。トリパノソーマはさまざまなホストに感染する、トリパノソーマ属の寄生性原生動物です。さまざまな病気(アフリカ睡眠病、南アメリカシャーガス病といったトリパノソーマ症)を引き起こし、毎年10万人以上の人々がトリパノソーマ症に苦しんでいます。それは家畜にも感染し、年間10万頭以上の畜牛が死んでいます。 現在までに、トリパノソーマ症をコントロールできる薬剤開発に効果的なターゲットが見出されてきました。そのようなターゲットの1つがトリパノソーマのDNA/RNA生合成系を調節する酵素群であり、もう1つのターゲットがトリパノソーマの酸化還元系を調節する酵素群です。実際にトリパノソーマの場合、これらの酵素は両方の反応系に関わっており、トリパノソーマの生死に大きく影響します。このトリパノソーマデータベースは、キーワード検索やmRNA、タンパク質の配列による検索、モチーフ検索のようないろいろな検索機能を提供しています。また、タンパク質構造やタンパク質機能などの予測ツールも提供しています。 このように、トリパノソーマデータベースはトリパノソーマ症に対する薬剤開発において効果的なターゲットとなり得るピリミジン生合成や酸化還元反応を触媒する酵素について、包括的な情報を提供しています。
  • 「KNApSAcK Biological Activity (Natural Activity)[アーカイブデータ]」:Natural Activityデータベースは食用/薬用植物と活性との関係を整理したデータベースです。食用/薬用植物には健胃薬などヒトの健康に貢献する作用ならび抗菌作用などの多様な生物活性が報告され、食用/薬用としての人類の知恵を把握することが植物の機能性研究において必要とされます。このデータベースでは生物種と健康・薬用・効能の情報とが関連づけられており、33,703対の生薬(1,399)- 生物活性(2,418)を収録しています。食・長寿・エコをめざした生物機能研究プラットフォームであるKNApSAcK Familyに統合されたデータベースの1つ。メタボロミクスによる食物あるいは生薬としての植物のヒトへの効果を分子レベルで解明する為に構築されました。
  • 「KNApSAcK DietDish[アーカイブデータ]」:DietDishは、食材間の食べ合わせ情報を整理したデータベースです。栄養学、薬膳、医薬学に関わる文献より抜粋した、食材間の食べ合わせの正または負の効果の有無が調べられます。食べ合わせによる効能についての情報もあります。食・長寿・エコをめざした生物機能研究プラットフォームであるKNApSAcK Familyに統合されたデータベースのうちの1つ。KNApSAcK Familyはメタボロミクスによる食物あるいは生薬としての植物のヒトへの効果を分子レベルで解明する為に構築されました。
  • 「KNApSAcK DietNavi[アーカイブデータ]」:DietNaviは食材と生活習慣病関係性のデータベースです。生活習慣病の観点から食材を選ぶことを目的として、食品や二次代謝物と 健康との繋がりを整理しました。 肥満、高血圧、高脂血症などの生活習慣病を防ぐにはどのような食材や 成分が有効であるかを文献情報とともに提供しており、 329種の食材と、382種の食材に含まれる代謝物が収録 されています。食・長寿・エコをめざした生物機能研究プラットフォームであるKNApSAcK Familyに統合されたデータベースのうちの1つ。KNApSAcK Familyはメタボロミクスによる食物あるいは生薬としての植物のヒトへの効果を分子レベルで解明する為に構築されました。
  • 「KNApSAcK Core[アーカイブデータ]」:KNApSAcK Coreは二次代謝物と生物種の関係を蓄積したデータベースである。 50,048種の代謝物と101,500対の生物種とその生物において報告された代謝物の関係を収録している。食・長寿・エコをめざした生物機能研究プラットフォームであるKNApSAcK Familyに統合されたデータベースの1つ。メタボロミクスによる食物あるいは生薬としての植物のヒトへの効果を分子レベルで解明する為に構築された。
  • 「KNApSAcK FoodProcessor[アーカイブデータ]」:FoodProcessorはレトルト・カレーと配合食材の関係をもとに構築された、加工食品の成分に関するデータベースです。加工食品(レトルトカレー)に使用された食材について、食材名、オントロジー、学名などを収録しています。製造者名や生産されている場所についての情報もあります。食・長寿・エコをめざした生物機能研究プラットフォームであるKNApSAcK Familyに統合されたデータベースのうちの1つ。KNApSAcK Familyはメタボロミクスによる食物あるいは生薬としての植物のヒトへの効果を分子レベルで解明する為に構築されました。
  • 「KNApSAcK JAMU (IndonesiaHerb)[アーカイブデータ]」:JAMU (IndonesiaHerb) はインドネシア薬用植物のデータベースです。1,133種の植物と5,310種のジャム(インドネシア伝統薬)配合処方、効能を整理し、収録しています。食・長寿・エコをめざした生物機能研究プラットフォームであるKNApSAcK Familyに統合されたデータベースのうちの1つ。KNApSAcK Familyはメタボロミクスによる食物あるいは生薬としての植物のヒトへの効果を分子レベルで解明する為に構築されました。
  • 「KNApSAcK KAMPO[アーカイブデータ]」:278種の生薬と1,581種の漢方処方の関係効能を整理・収録した漢方生薬データベースです。 複数の生薬からなる配合生薬を漢方処方といいます。漢方薬はもともとは中医学の知識をもとにつくられましたが、江戸時代の鎖国により中国の生薬が使えなくなり、当時の漢方医の努力で日本の薬草に置き換えられ、さらに単純なシステムに改良が加えられました。つまり、漢方薬は日本の独自の文化です。漢方処方名から配合生薬、配合生薬から、それが含まれる漢方処方名を検索することを目的にKAMPOデータベースを構築しました。食・長寿・エコをめざした生物機能研究プラットフォームであるKNApSAcK Familyに統合されたデータベースのうちの1つ。KNApSAcK Familyはメタボロミクスによる食物あるいは生薬としての植物のヒトへの効果を分子レベルで解明する為に構築された。
  • 「KNApSAcK Lunch Box & Tea Pot[アーカイブデータ]」:食用植物、健康促進や薬用効果のある植物についてのデータベースです。収録されている情報は文献情報に基づいており、食用や健康促進/薬用に関する情報についてまとめられています。食・長寿・エコをめざした生物機能研究プラットフォームであるKNApSAcK Familyに統合されたデータベースのうちLunch Box とTea Potのデータをまとめたもの。KNApSAcK Familyはメタボロミクスによる食物あるいは生薬としての植物のヒトへの効果を分子レベルで解明する為に構築された。
  • 「KNApSAcK Biological Activity (Metabolite Activity)[アーカイブデータ]」:Biological Activity (Metabolite Activity) は、代謝物における生物活性情報を得ることを目的としたデータベースです。個々の代謝物が生物へ与える影響を整理し、代謝物質名、生物活性 (機能)、標的となる生物種および参考文献の情報を収録しています。食・長寿・エコをめざした生物機能研究プラットフォームであるKNApSAcK Familyに統合されたデータベースのうちの1つ。KNApSAcK Familyはメタボロミクスによる食物あるいは生薬としての植物のヒトへの効果を分子レベルで解明する為に構築されました。
  • 「KNApSAcK WorldMap[アーカイブデータ]」:World Mapは世界の48,256対の薬用生物と使用国(217カ国)の関係を整理し、収録したデータベースです。薬用/食用植物を使用している国々、あるいは、ある国で使用されている薬用/食用植物を調べることができます。食・長寿・エコをめざした生物機能研究プラットフォームであるKNApSAcK Familyに統合されたデータベースのうちの1つ。KNApSAcK Familyはメタボロミクスによる食物あるいは生薬としての植物のヒトへの効果を分子レベルで解明する為に構築されました。
  • 「KNApSAcK Motorcycle[アーカイブデータ]」:Motorcycle DBは、薬用植物の有効成分の生合成過程を理解する為に作成された二次代謝反応データベースです。関連する酵素と反応の情報、反応の各酵素に関する遺伝子情報を格納しています。食・長寿・エコをめざした生物機能研究プラットフォームであるKNApSAcK Familyに統合されたデータベースのうちの1つ。KNApSAcK Familyはメタボロミクスによる食物あるいは生薬としての植物のヒトへの効果を分子レベルで解明する為に構築されました。

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