【横断検索】「NBDCヒトデータベース」、「Experimental Animal Database Search」、「CDT-DB」、「DBGET Search - DGENES」、「Q-TARO[アーカイブ]」が検索できるようになりました。

  • 更新情報
  • ヒトDB
2014年1月14日

「生命科学データベース横断検索」から5件のDBが追加で検索できるようになりました。5件のDBの詳細は以下です。

  • 「NBDCヒトデータベース」:本サイトはヒトに関する様々なデータを共有するためのプラットフォームです。次世代シークエンサーをはじめとした解析技術の発達に伴い産生されつつある膨大な量のヒト関連データを整理・格納し、個人情報の保護に配慮しつつデータの共有や利用を推進するためのルールや仕組みを備えています。科学技術振興機構 (JST) バイオサイエンスデータベースセンター (NBDC)により設立され、国立遺伝学研究所 DNA Data Bank of Japan (DDBJ)との協力によりデータの公開を進めています。本サイトを通じてヒトに関するデータの利用及びヒトに関するデータの提供を行なうことができます。
  • 「Experimental Animal Database Search」: 実験動物の情報データベースです。日本実験動物協会が収集及び提供する動物実験関連情報を検索することができます。
  • 「CDT-DB」:マウス小脳の生後発達ステージにおける時空間的遺伝子発現プロファイル(トランスクリプトーム)をまとめた総合的な神経科学データベースです。データは、ディファレンシャル・ディスプレイ、RT-PCR、GeneChip、cDNAマイクロアレイ、in situハイブリダイゼーション等のゲノムワイドな解析により収集し、これらをオントロジーや文献情報などに基づいたアノテーションをつけて体系化しています。この体系的な発現データのマイニングで、これまでに知られていなかったり、解析されていなかった脳発達関連遺伝子が多く同定されました。独創的な手法で同定されたこれら新規遺伝子の機能と発現の詳細な解析は、脳発達の分子メカニズムの解明に大きく貢献するものと期待されます。
  • 「DBGET Search - DGENES」:KEGG DGENESは、公共データベースからドラフトゲノム中の遺伝子情報を抽出し作成したデータベースです。
  • 「Q-TARO[アーカイブ]」:文献から集めたイネのQTL情報のデータベースです。種々の文献検索サイトよりイネのQTL研究に関した文献情報を抽出し、最終的には1214件の論文から5096件のイネQTL情報を得ました。その上で、統計上検出された遺伝子座間相互作用あるいは遺伝子×環境間相互作用のQTLは排除しました。さらに染色体上の同一カ所に検出されたQTLを整理し、QTL物理位置の同じ形質名を持ち同じインターバルに検出されたQTLを統一することによって、冗長性の少ない代表的QTL情報を得ました。代表的QTLは、463件の論文に由来する1051件のQTL情報から構成されています(2008年3月31日現在)。これらの代表的QTL情報はSQL言語を用いて構造化され、表およびゲノムブラウザから関連情報を得ることができるQ-TARO (QTL Annotation Rice Online)データベースとして整理されました。2012年現在、新たなQTL情報の追加は行っていません。イネの表現型については、農業形質に関わる重要な形質を中心に、その変異を遺伝的に明らかにする研究が多く行われてきました。その代表的な研究手法がQTL解析ですが、現在までQTL解析で得られた多くのQTL情報が整理されていないことから、QTLの関係(冗長性)やその染色体上の位置などの情報が明らかになっていませんでした。そこで、我々の研究グループでは、過去20年間のQTLに関する研究論文を1214件収集し、QTL情報を収集し位置情報を得るためのDNAマーカー情報とあわせて整理を行いました。その結果、全体で5096件のQTL情報から、冗長性を極力除いた1051件の代表的QTL情報のデータベースを作成し、ゲノム上に可視化しました。このデータベース(Q-TARO;QTL Annotation Rice Online)を利用することで目的とする染色体上のQTLの位置や情報だけでなく、関連するマーカー情報を得られることが期待されます。

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