機械学習を用いたタンパク質－リガンド結合部位予測ツールの自動生成パイプラインの開発
カテゴリ
- 終了
- 統合化推進プログラム（統合データ解析トライアル）
- 2013年度採択
研究代表者氏名・所属
番野 雅城
東京大学 大学院農学生命科学研究科 応用生命工学専攻 生物情報工学研究室 大学院生
研究開発の概要
利用者が指定したリガンド（糖、脂質、金属イオンなど）に対し、そのリガンドが結合するタンパク質の部位（リガンド結合部位）を予測するツールの自動生成パイプラインを開発する。すでに開発したリガンド結合部位データベースにほかの最新データを統合することで、機械学習に基づく高精度な予測ツールを生成する。生成される予測ツールは立体構造未知なタンパク質も予測可能で計算コストも小さく、ゲノムワイドな予測が可能である。
主な研究開発対象データベース
- UTProt Galaxy
- PLBSPResidue
- UTProt CKAN
- Ligand Binding Residue Predictor Generator in UTProt Galaxy
研究開発期間
2013年9月～2014年1月
