国立研究開発法人 科学技術振興機構
ポスター発表

【14】遺伝子共発現データベースCOXPRESdb

発表者

○大林武(東北大)、加賀谷祐輝(東北大)、青木裕一(東北大)、田高周(東北大)、木下賢吾(東北大)

※氏名の前の「○」は、代表発表者であることを表します。

DOI

doi:10.18908/togo2020.p014

概要

遺伝子共発現データは遺伝子発現パターンの類似性であり、遺伝子機能予測に有用であること、また遺伝子ネットワークとしての相性の良さから、様々なデータベースが構築されている。我々が2007年から継続的に開発しているCOXPRESdb(https://coxpresdb.jp)は、ヒト、マウスを始めとする動物11生物種について、共発現情報を各種ツールとともに提供する。共発現情報のプラットフォーム間比較、種間比較を通じて、個々の共発現の信頼性を吟味するアプローチと、注目する遺伝子群について大域的な関係を調べるツール(ネットワーク描画 NetworkDrawer、平均共発現度検索 CoExSearch)を提供している。2018年9月に最新の共発現データ更新を行い、マイクロアレイに基づく共発現(Xxx-m)とRNAseq(Xxx-r)に基づく共発現のどちらも過去最高精度を達成しているだけでなく、両者を統合した共発現(Xxx-u)の提供を開始した。複数の共発現情報をまとめたことで、外部情報との連携がより容易になった。

発表資料

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