国立研究開発法人 科学技術振興機構
ポスター発表

【16】遺伝子共発現データベースCOXPRESdb

発表者

○大林 武(東北大)、木下賢吾(東北大)

※氏名の前の「○」は、代表発表者であることを表します。

概要

遺伝子共発現データベースCOXPRESdb(https://coxpresdb.jp)は、遺伝子発現プロファイルの類似性を提示するデータベースであり、ヒトをはじめとする11のモデル動物を対象に、2007年から継続して開発を行っている。公共リポジトリに蓄積するRNAseqとマイクロアレイデータの増加に加えて、共発現関係の導出手法の継続的な改善を行うことにより、COXPRESdbで提供している遺伝子共発現情報の性能は、改善し続けている。共発現情報の利用においては、共発現関係の種間比較がコア技術となる。従来より提供してきた局所的な共発現関係の比較だけでなく、大域的な比較もできるように、現在開発を進めている。本発表では、APIやRDFによるデータ提供体制を含めて、今後の展望を述べる。

発表資料

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